LAMMPS识别纳米液滴轮廓——统计全部dump轨迹

已于 2023-03-05 11:07:36 修改
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分类专栏： 分子动力学—LAMMPS后处理及编程技巧 文章标签： matlab python
于 2021-03-21 10:21:44 首次发布
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本文链接：https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/115043131
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本文介绍了如何通过MATLAB处理LAMMPS的dump轨迹文件，根据密度信息绘制纳米液滴的轮廓。内容涵盖dump文件的读取以及计算步骤，提供了数据处理的MATLAB代码，并输出到Excel文件供Python绘图使用。
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实验电镜距离测量之Matlab处理
Rockyoung
06-29 577
在拍摄电竞的时候，我们通常会对图片进行处理，比如，测量距离等等。那么如何根据现有图片结果，快速测量呢？
lammps教程：官方自带eam_database程序拟合EAM势方法介绍
lammps_jiayou的博客
05-16 3244
使用lammps模拟金属体系，最常用的势函数为eam、meam势。 对于大多数金属或者合金来说，可以从网上下载相对应的eam或meam势力场文件。 而对于一些新的合金材料，可能就找不到相对应的力场文件。 解决的方法有两种，一是采用混合势（pair_style hybrid），第二种方法是自己拟合势函数文件。 混合势的写法在前面文章中已经介绍过，本文介绍一种拟合EAM势的方法。 该方法是运行Xiaowang Zhou编写的一个拟合程序，该程序可自动生成所需要的合金势。 这个程序能够拟合的合金元素有： Cu,
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Lammps 关于初始化速度的分布问题
ditigao0965的博客
04-08 1973
我也觉得这个地方很绕，lammps中给出的是满足高斯分布，然而很多地方都说原子的初始速度符合波尔兹曼分布，不理解啊。？ 高斯分布只是实空间下三个方向的分量，两个分布其实等价； FRENKEL的书上写道，在一定温度下的速度是满足玻尔兹曼分布的，但为什么在初始化的时候给的是满足高斯分布的随机数呢？其实，初始速度怎么给都行，这个不重要，初始速度只要让系统有个温度就可以了，接下来就按照...
在lammps模拟过程中的常用势函数设置
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SPCE_lammps_电场液滴变形_源码
10-04
《SPCE_lammps_电场液滴变形_源码》是关于使用LAMMPS（Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator）软件进行电场作用下水滴形态变化模拟的研究资料。LAMMPS是一种广泛应用的分子动力学模拟软件，...
LAMMPS液滴润湿表面铺展长度——全部帧统计平均
Rockyoung
03-05 2306
计算液滴润湿固体基板的铺开长度 之前有朋友邮件问到我，如何计算液滴润湿固体基板的铺开长度。一直没时间做，这个博客说一下这个问题。朋友们有新的问题，可以发我邮件一起讨论。 目前的博客内容可以参考： https://blog.csdn.net/qq_43689832/article/details/113648897 这里我先简单说一下计算思路： 1、首先我们要把体系投影在一个平面（如投影在x-y平面）得到数密度分布； 2、根据数密度分布要筛选出液体，这里我采用水分子（spec水），注意水盒.
[by-llma] 将Materials Studio中的pdb文件转化为LAMMPS需要的data坐标文件的小程序
07-15
压缩包中是一个python小程序，用于将Materials Studio中的pdb文件转化为LAMMPS需要的data坐标文件
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12-05
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10-01
分子动力学中lammps软件中的力场参数文件
势函数程序
12-25
用势函数算法进行分类，需要分类器，需要训练样本，应用于欠定混合信号盲分离
LAMMPS循环文件、后处理并写出文件关机
Rockyoung
09-26 1751
%---------------------------------------% NOTE! ########################################################## ## 代码解决分子动力学中，后处理问题，循环文件夹批量处理！ ## ## 欢迎各位LAMMPS大佬交流： ymy2019@stu.xjtu.edu.cn ## ###########################################################
lammps教程：EAM势函数设置详解
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02-21 1万+
上期介绍了LJ势函数参数写法，本期主要介绍金属体系势函数的设置。 金属原子之间没有键连接，因此，在lammps模拟中，金属体系的势函数类型为pair_style，而不是bond_style。 模拟金属体系时，可以用LJ势描述金属原子之间的受力，不过更精确的是嵌入原子势（EAM），eam势函数公式为： eam势由两部分组成，在原子对势（pair）的基础上添加了电子云密度相关项，比单纯的对势精确度更高。 eam势函数写在一个以“.eam”为后缀的文件中，lammps自带的势函数包含一部分eam势文件，也可以到
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