人类或小鼠染色体长度文件获取 hg19 hg38 mm9 mm10.chrom.sizes

Cian小鱼干

已于 2024-01-06 12:46:50 修改

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分类专栏：生物信息学文章标签：染色体长度生物信息基因组数据分析

于 2022-08-27 13:46:42 首次发布

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本文汇总了人类（hg19和hg38）及小鼠（mm9和mm10）不同染色体的长度信息，对于进行生物信息学研究和基因组数据分析具有重要参考价值。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

创作日志： scHiCluster源代码中只给了人类的常染色体长度文件，小鼠的还需自己补充。

在UCSC找到的，这里面的比较全面：

人类hg19 染色体长度链接
 人类hg38 染色体长度链接
 小鼠mm9 染色体长度链接
 小鼠mm10 染色体长度链接

比较懒的话我这里有现成的：
单位bp，只需要常染色体长度的话，把chrX和chrY的删去就好了。

hg19.chrom.sizes

chr1	249250621
chr2	243199373
chr3	198022430
chr4	191154276
chr5	180915260
chr6	171115067
chr7	159138663
chrX	155270560
chr8	146364022
chr9	141213431
chr10	135534747
chr11	135006516
chr12	133851895
chr13	115169878
chr14	107349540
chr15	102531392
chr16	90354753
chr17	81195210
chr18	78077248
chr20	63025520
chrY	59373566
chr19	59128983
chr22	51304566
chr21	48129895

hg38.chrom.sizes

chr1	248956422
chr2	242193529
chr3	198295559
chr4	190214555
chr5	181538259
chr6	170805979
chr7	159345973
chrX	156040895
chr8	145138636
chr9	138394717
chr11	135086622
chr10	133797422
chr12	133275309
chr13	114364328
chr14	107043718
chr15	101991189
chr16	90338345
chr17	83257441
chr18	80373285
chr20	64444167
chr19	58617616
chrY	57227415
chr22	50818468
chr21	46709983

mm9.chrom.sizes

chr1	197195432
chr2	181748087
chr3	159599783
chr4	155630120
chr5	152537259
chr6	149517037
chr7	152524553
chr8	131738871
chr9	124076172
chr10	129993255
chr11	121843856
chr12	121257530
chr13	120284312
chr14	125194864
chr15	103494974
chr16	98319150
chr17	95272651
chr18	90772031
chr19	61342430
chrX	166650296
chrY	15902555

mm10.chrom.sizes

chr1	195471971
chr2	182113224
chrX	171031299
chr3	160039680
chr4	156508116
chr5	151834684
chr6	149736546
chr7	145441459
chr10	130694993
chr8	129401213
chr14	124902244
chr9	124595110
chr11	122082543
chr13	120421639
chr12	120129022
chr15	104043685
chr16	98207768
chr17	94987271
chrY	91744698
chr18	90702639
chr19	61431566