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生物信息学
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temp
Crayon小鱼干
这个作者很懒,什么都没留下…
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HDFView安装及使用教程
简介:直接用记事本打开hdf5文件的话,是一团乱码。HDFView是用来查看hdf5文件的软件,可以免费使用,好多人都有闪退的情况,这是因为没有添加环境变量。原创 2021-12-07 13:49:23 · 45907 阅读 · 41 评论 -
日本水稻(Oryza sativa Japonica rice)的基因组染色质长度 IRGSP-1.0
日本水稻品种基因组染色质长度。最终在UCSC上找到了对应的组装好的基因组,版本名为 IRGSP-1.0。UCSC链接:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/datasets/genome/GCF_001433935.1/原创 2023-11-16 18:32:39 · 325 阅读 · 0 评论 -
人类或小鼠染色体长度文件获取 hg19 hg38 mm9 mm10.chrom.sizes
人类小鼠hg19 hg38 mm9 mm10 染色体长度文件原创 2022-08-27 13:46:42 · 1893 阅读 · 0 评论 -
怎么找生物信息论文的数据,PubMed太有用了!
怎么找生物信息论文的数据,PubMed太有用了!原创 2022-07-17 23:06:22 · 2505 阅读 · 0 评论 -
如何下载、选择dbSNP数据库的变异位点vcf文件(hg19/hg38)
创作日志:下载的增强子数据文件里,没给增强子中包含的SNP信息,所以要自己写脚本补充。本来是想通过爬虫的方法在dbSNP的网站上边爬取边补充,但是谁知道dbSNP的搜索功能做得那么垃圾!于是就只能下载dbSNP的变异位点文件,然后再自己做处理。当我经历了九九八十一难终于下载并解压好了120+G的vcf文件后,打印信息的时候tmd发现自己下载错了版本,我要用的是hg19,却下载成了hg38,欲哭无泪… 文件名不标版本真的很气人。于是读了读README文档,谁让以前不读呢。具体步骤 注意:由于下载的v原创 2022-04-10 15:56:57 · 8581 阅读 · 7 评论 -
GRCm38=mm10;GRCm39=mm39;GRCh37=hg19;GRCh38=hg38
嗯就是记一下原创 2022-03-14 15:44:03 · 3326 阅读 · 0 评论 -
Linux: pip install MACS2 出现错误:ModuleNotFoundError: No module named ‘numpy‘
我要装的包是MACS2,但是报错是numpy相关的,大概意思就是缺少numpy就装不了MACS2,截图如下:这个env里,我确实还没有装numpy,就想着装一下试试呗,死马当活马医。刚开始用 pip install numpy,几次都不成功。然后去官网下载了numpy的whl文件,然后再pip install xxxxx.whl,成功了。numpy安装好后,再安装MACS2,果然可以安装成功了。...原创 2021-10-19 12:53:41 · 1209 阅读 · 0 评论 -
Gene Ontology overview 网页手动翻译
日志: 玩了一年多了,有点无聊,该干活了… 用谷歌直接翻译网页真的好多错误还不通顺,也不符合原来的逻辑,关键词都翻译地不对,怎么能正确理解呢,强迫症就自己翻译一下,不太懂的就查查资料,准确率应该还可以。原网址: http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/Gene Ontology overview 基因功能分类体系概述Ontology 是给定领域内知识体系的正式表示。Ontology 通常由一系列class(类)和它们之间的关系构成。原创 2021-08-01 16:31:42 · 397 阅读 · 0 评论