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原创 PAML检测选择压力codeML‘s User Guide
1、对于执行检测选择压力需要有三个文件:序列文件,以nuc格式或PML格式居多,需要通过PAMBE进行转换文件格式,通常以fasta转PML居多;假设使用序列为未必对过的原始序列,可以用MEGA进行Alignment后,则需要通过BWA,Clustalw等进行多序列比对,生成fas文件后进行格式文件转化处理,利用DMABE。第二个文件,树文件,通常以*.trees作为文件名,在树文件中需要存在两种元素,第一种为ete3所定义的format=9的树格式,需要将物种名改为数字,且数字不包含0,接下来的是树的
2021-10-12 11:22:40
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空空如也
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