PAML检测选择压力codeML‘s User Guide

1、对于执行检测选择压力需要有三个文件：序列文件，以nuc格式或PML格式居多，需要通过PAMBE进行转换文件格式，通常以fasta转PML居多；假设使用序列为未必对过的原始序列，可以用MEGA进行Alignment后，则需要通过BWA,Clustalw等进行多序列比对，生成fas文件后进行格式文件转化处理，利用DMABE。

第二个文件，树文件，通常以*.trees作为文件名，在树文件中需要存在两种元素，第一种为ete3所定义的format=9的树格式，需要将物种名改为数字，且数字不包含0，接下来的是树的原始格式，包含物种名，Internal_branch_length以及External_branch_length。

第三个文件为control_file,主要包含了文件的储存位置以及所要执行的选择模式（如：零假设或者替代假设，零假设为model=0,替代假设为model=2），采用的codon_Freq为F3x4。

2、选择过程执行

        对于某一个group,其中所有speices进行零假设，则选用在其后枝上加$1，对于单个Internal_branch则选用在其后加上#1.