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MIMIC使用笔记
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关于表格太大了jupyter无法单次处理的问题
我将其export后,它的大小是18G,差不多满足Kaggle处理文件的size原创 2023-12-26 13:36:11 · 1212 阅读 · 0 评论 -
MIMICⅣ2.2导入PostgreSQL
我的mimiciv2.2数据文件地址是R:\MIMICIV\mimic-iv-2.2,打开从GitHub上下载的mimiciv数据库代码,找到load_7z.sql文件,一般是在mimic-code-2.4.0\mimic-iv\buildmimic\postgres这个路径下。此电脑->右击->属性->高级系统设置->环境变量->在系统变量里找到Path->双击->新建->输入7zip安装位置->确定。win+R->输入cmd->输入7z。安装好后,将安装位置写入环境变量。原创 2023-06-25 10:16:20 · 1079 阅读 · 4 评论 -
jupyter连接postgresql
注意:在写sql语句的时候,select * from mimiciii.admissions;from 后面写表格名称的时候要这样写:数据库名称.表格名称,不然会报错。本来之前参照网上的一些教程,host填的主机地址,例如192.168.xx.xx这样,但一直报错,于是将host地址改为localhost便可以了。postgres:数据库名,root:用户名,123456:密码。##通过cursor方法,对数据库进行操作。原创 2023-06-01 22:05:25 · 265 阅读 · 0 评论 -
OverflowError: Overflow in int64 addition 解决方法
在MIMIC-III计算患者年龄时,直接用ADMITTIME-DOB会出现OverflowError: Overflow in int64 addition 的错误。原创 2023-05-28 22:08:03 · 214 阅读 · 0 评论 -
mimiciii视图配置
安装好mimiciii数据库(安装好postgresql与navicatpostgre内已安装好mimic数据库下载好mimic-code-master代码(链接: https://pan.baidu.com/s/1la1hrR1RxKSDrRnb0Skvbw?pwd=fdy6 提取码: fdy6 复制这段内容后打开百度网盘手机App,操作更方便哦)原创 2023-05-24 17:36:09 · 870 阅读 · 6 评论 -
MIMIC数据库连接PostgreSQL
表示执行E:/PostgreSQL_scripts/目录下的postgres_add_indexes.sql文件内建立索引的相关sql命令。E:/PostgreSQL_scripts/目录下的postgres_create_tables.sql文件内的创建表格sql命令。执行E:/PostgreSQL_scripts/目录下的postgres_checks.sql文件内数据检查的相关sql命令。可以看到26个表格全部显示PASSED,通过完整性检验!这个过程通常需要大半天,可以先去恰个饭哈哈😊。原创 2023-04-21 15:39:49 · 360 阅读 · 3 评论 -
Navicat导入MIMIC数据库(Navicat+PostgreSQL+MIMIC-Ⅲ)
Navicat导入MIMIC数据库(Navicat+PostgreSQL+MIMIC-Ⅲ)原创 2023-03-14 16:13:45 · 1551 阅读 · 0 评论