scipy报错NotImplementedError:>= and<= don‘t work with 0.

文章讲述了在处理Mowglisinglecell数据时,遇到scipy.sparse稀疏矩阵不支持>=操作符与0比较的问题。作者发现应使用<操作符代替,并提供了将(A>0).all()替换为notA.data.min()<0的解决方案,成功解决了问题。
摘要由CSDN通过智能技术生成

在学习方法Mowgli single  cell时,调用包的函数出现这个错误,发现是在包里的判断大于0的以下语句报错

然后我单独进行原始系数大于0的判断

抱同样的错,说明问题就出现在这里

查阅资料知:

 scipy.sparse 稀疏矩阵不支持 >= 操作符与0比较。这是因为在稀疏矩阵中进行这种比较是低效的,库建议使用 < 来替代。

 例如:

import scipy.sparse as sp
is_non_negative = not sp.csr_matrix(mdata["rna"].X).data.min() < 0

解决方案:

如果要检查稀疏矩阵中的所有元素是否都大于等于0,可以先对稀疏矩阵使用 < 操作符来检查是否有小于0的元素,如果没有,则所有元素都大于等于0。然后我把包里的

(A > 0).all()

替换为了

not A.data.min() < 0

结果成功运行

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