R安装glmGampoi 、igraph失败的解决方案

install.packages("igraph")

用以上语句安装，结果报错

ERROR: compilation failed for package ‘igraph’
* removing ‘/home/****/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/igraph’
* restoring previous ‘/home/****/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2/igraph’

The downloaded source packages are in
        ‘/tmp/Rtmpo59lIr/downloaded_packages’
Warning messages:
1: In install.packages(...) :
  installation of package ‘glmGamPoi’ had non-zero exit status
2: In install.packages(update[instlib == l, "Package"], l, contriburl = contriburl,  :
  installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status

使用conda安装igraph（在vscode的终端里面安装，而不是在conda环境里面安装，要装在R内核里面，因为我们在用vscode jupyter或者rstudio的时候的R环境不是我们用的conda python环境）

conda install conda-forge::r-igraph

成功安装igraph

接下来就是安装glmGampoi

用语句

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("glmGamPoi")

发现安装太慢

也还是采用conda安装

conda install bioconda::bioconductor-glmgampoi

结果不行library失败

这个时候产生了问题就是明明发现conda已经安装好了，但是为什么导入错误

查阅可得是路径不对

下面用hdf5array包为例子移动路径

然后就将conda安装的路径

/home/taohy/software/miniconda3/pkgs下的

这个包打开找到HDF5Array文件夹

lib/R/library/HDF5Array

移动到我们的R内核路径之下

/home/taohy/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.2

结果成功

如果还出现版本问题，但是又没有办法更改为更高版本的R，就在conda官网下载以往版本的包然后手动添加进我们的路径当中

如果还缺依赖包就手动下载conda官网上的包解压后找到用包名命名的文件夹移动到路径当中

总结：

在相关的R包安装不上的时候，有以下做法

（有时需要套娃，找到源头安装错误的包）

1、搜索“包名称  conda‘找到conda官网上对应报的安装命令（要注意路径问题）

例如

有时候需要手动移动路径

2、下载以往版本的包

点击files就选择之前的包

3、修改R运行的路径

Sys.setenv(R_HOME = "/home/taohy/software/miniconda3/lib/R")