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RSS订阅原创 RDKit的安装
RDKit的安装1.安装anaconda2.打开Anaconda Powershell Prompt3.conda install -c conda-forge rdkit（中途安装失败出现HTTP error时可以多试几次，要有耐心）4.如果上述步骤不行，可以考虑本地安装（未具体尝试)先从RDKit官网下载安装包，然后将安装包储存到E:\Programs\Anaconda3\pkgs下...
2020-05-04 20:18:38
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原创 python学习（二）User-Agent
关于 User-Agentuser-agent是什么user agent ，中文名为用户代理（区别于爬虫时使用的代理ip），简称UA，是一个特殊字符串头，使得服务器能够识别客户使用的操系统及版本、CPU类型、浏览器及版本、浏览器渲染引擎、浏览器语言等。一些网站常常通过 UA 来给不同的操作系统、不同的浏览器发送不同的页面。UA字串的标准格式：浏览器标识（操作系统标识；加密等级标识；浏...
2020-05-04 19:57:47
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原创 转录组分析
实验记录：实验目的：下载参考基因组:hg19.UCSCRefSeqCDS.fasta和参考蛋白质 hg19.UCSCRefSeqproteins.fasta，通过tophat2和cufflinks对Hela细胞进行转录组分析，得到BAM和BED文件，使用samtools生成VCF文件，并将得到的BAM文件、BED文件、VCF文件作为R语言包customProDB输入文件利用custo...
2019-06-02 23:11:59
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原创 基因组组装之GCE的使用
首先将测序获得的fragment.?.fastq文件写入一个列表并命名为read.listread.list 文件内容如下：紧接着输入下图命令，估计基因组大小。运行截图运行后生成两个文件E_coli.log和E_coli.table下图是使用H参数后所得结果...
2019-05-07 20:28:17
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原创 Bioconda的使用
若要使用bioconda，首先应下载miniconda或Anaconda，Anaconda的安装需要root权限，我下载的是miniconda,只在该用户下安装下载 minicondawget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh安装minicondabash,sh命令...
2019-05-07 12:50:07
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原创 Linux及生物信息学习记录
作为一个生物信息方面方面的初学者，今天和大家分享一下自己学习的过程及学习中遇到的问题。一方面为了能借此回顾自己所学内容，另一方面也借此与其他初学者交流。我最初的学习分为两大部分，一是对Linux命令的基本学习，二是基因组学，转录组学等知识的学习，目前是进行的是基因组学的学习，包括测序技术的发展及测序的原理，测序主流程的构建，测序相关软件的使用。在这里我就直接简单的总结一下我看了什么，具体的内...
2019-05-03 21:59:52
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原创 Linux学习心得（一）
在记录之前，首先向大家介绍几个学习Linux教程和生物信息的网站，第一个是生信宝典，包含了Linux教程，R统计作图分析，转录组，NGS基础和软件应用等相关教程，内容详细。第二个是鸟哥的 Linux 私房菜，一个专门讲解Linux的教程。再就是是Linux菜鸟教程，最后给大家推荐一个查询命令的地方Linux命令大全 。以下是我的学习内容及心得：首先告诉大家一个学习命令使用的方法 man命...
2019-04-25 22:32:54
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空空如也
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