基因组组装之GCE的使用

最新推荐文章于 2024-09-13 07:17:08 发布
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分类专栏： 生信软件
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版权

首先将测序获得的fragment.?.fastq文件写入一个列表并命名为read.list
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read.list 文件内容如下：
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紧接着
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输入下图命令，估计基因组大小。
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运行截图
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运行后生成两个文件E_coli.log和E_coli.table
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下图是使用H参数后所得结果
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制作kmer图
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最终结果
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使用gce进行基因组survey
weixin_69890544的博客
01-09 1229
使用gce进行基因组survey
用k-mer分析进行基因组调查：（五）用GCE分步实现
qq_40569830的博客
06-18 1258
介绍GCE，用GCE的kmerfreq做基因组调查(genome survey)的k-mer频数统计，GCE的gce做基因组特征评估。
使用 GCE 进行基因组大小评估
云之南
03-31 2809
使用 GCE 进行基因组大小评估 1. GCE 简介 GCE(Genome Characteristics Estimation) 是华大基因用于基因组评估的软件，其参考文献为：Estimation of genomic characteristics by analyzing k-mer frequency in de novo genome projects。下载地址：ftp://ftp.genomics.org.cn/pub/gce。 GCE 软件包中主要包含 kmer_freq_hash 和
terraform-google-k8s-gce:使用Terraform的GCE模块化Kubernetes集群
05-05
GCE Terraform模块上的Kubernetes集群 适用于GCE的模块化Kubernetes集群 用法 module "k8s" { source = "github.com/GoogleCloudPlatform/terraform-google-k8s-gce" name = "dev" network = "k8s" region = "${var.region}" zone = "${var.zone}" k8s_version = "1.8.1" num_nodes = "${var.num_nodes}" } 输入变量 name （必填）：kubernetes集群的名称。 请注意，节点名称将以k8s-为前缀。 k8s_version （可选）：使用的kubernetes版本。 使用
基因组survey
genetics的博客
10-26 1299
几种做基因组survey的方法 包括jellyfish、genomescope2.0、gce等软件 1.jellyfish计算k-mer频率 jellyfish count -C -m 21 -s 1000000000 -t 10 -o reads.jf *.fastq 注意：jellyfish只支持未压缩的fasta格式和fastq格式 ###################################################### # -s 内存
纯二代测序从头组装基因组(基础版）
wangprince2017
03-26 9791
基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库，将原本孤立的contig按序前后连接，其中会调整contig方向以及contig可能会存在开口(gap...
纯二代测序从头组装基因组
weixin_33737774的博客
03-09 4070
基因组组装 基因组组装一般分为三个层次，contig, scaffold和chromosomes. contig表示从大规模测序得到的短读(reads)中找到的一致性序列。组装的第一步就是从短片段(pair-end)文库中组装出contig。进一步基于不同长度的大片段(mate-pair)文库，将原本孤立的c...
用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理
qq_40569830的博客
06-14 5111
基因组调查(genome survey)指基因组特征评估，一般指通过k-mer分析二代测序数据，获得基因组大小(genome size)，杂合度(heterozygosity)，重复序列比例，GC含量等基因组信息的手段。
基因组survey评估
07-25
- *1* *2* *4* *5* [基因组组装---基因组大小评估（genome survey）](https://blog.csdn.net/cfc424/article/details/126579241)[target="_blank" data-report-click={"spm":"1018.2226.3001.9630","extra":{"utm_...
基因组组装---基因组大小评估（genome survey）
cfc424的博客
08-29 8632
基因组组装---基因组大小评估（genome survey）
GCE 开源项目使用教程
最新发布
gitblog_01162的博客
09-13 735
GCE 开源项目使用教程 gce The Game Communication Environment (GCE) is an actor model framework for online game development. ...
GCE的安装和使用
weixin_44616693的博客
10-24 944
计算重复序列占比R=1-b[1/2]-b[1]=1-0.101873-0.279256=61.89%，杂合度H=[a[1/2]/(2-a[1/2])]/kmer_value=[0.270554/(2-0.270554)]/17=0.92%#若计算的杂合度H<0.5%，则表示该物种是纯合物种，那么重复序列占比R需要重新计算，使用文件17mer_shuxi.log中的信息。R=1-b[1]=1-0.431343=56.87%#依据genome_size、a[1/2]、a[1]、b[1/2]、b[1]值。
基因组组装工具之 SOAPdenovo 使用方法
weixin_34221775的博客
06-22 1823
SOAPdenovo是一个新颖的适用于组装短reads的方法，能组装出类似人类基因组大小的de novo草图。 该软件特地设计用来组装Illumina GA short reads，新的版本减少了在图创建时的内存消耗，解决了contig组装时的重复区域的问题，增加了scaffold组装时的覆盖度和长度，改进了gap closing，更加适用于大型基因组组装。 （SOAPdenovo是为了组装大...
这才是完美的生物信息软件安装方式
xxxie_的博客
07-22 1156
安装生物信息软件一直是困扰很多人的一个问题，现在有了bioconda，可以方便的安装很多生物信息软件，但是bioconda也有一定的缺陷，首先就是链接速度太慢，而且由于python的多个版本，很多时候目录会弄的特别乱，我理想中的安装生物信息的方法，应该是像App Store安装应用一样就好了，而Ubuntu系统的Synaptic工具就可以完成这个作用，目前里面已经集成了很多生物软件，而且，它比Ap...
别人处理二代测序的流程
dianyueji9619的博客
09-03 619
做了基因组研究的summary,请各位大老帮忙看看，GCE评估180M(二倍体)，杂合率为0.0119/21kmer,用ALLPATH-LG的ErrorCorrectReads.pl进行评估83M(单倍体)，SNP率1/48,接着用canu进行组装，组装出165M的基因组，(1)直接进行FinisherSC和pilon进行升级，得150M基因组，用二代reads进行回帖，99.2%的回...
基因组组装(Genome Assembly)
热门推荐
wangprince2017
05-11 2万+
基因组组装（Genome assembly）是指使用测序方法将待测物种的基因组生成序列片段（即read），并根据reads 之间的重叠区域对片段进行拼接，先拼接成较长的连续序列（contig），再将contigs 拼接成更长的允许包含空白序列（gap）的scaffolds，通过消除scaffolds 的错误和gaps，将这些scaffolds 定位到染色体上，从而得到高质量的全基 因组序列（图1）...
使用GCE（Google Container Engine）体验容器云服务 (1)
delphiwcdj的专栏
09-09 5507
2015-09-09 wcdj 摘要：本文记录使用GCE（Google Container Engine）体验容器云服务的过程和方法。 （1）要申请一个Google账户。 （2）激活Google账单，即绑定支付信用卡，为使用Google的服务买单。激活过程中为了验证信用卡是否可用，需要支付1美元的费用。 激活支付地址：https://console.developers.g
基因组组装结果质量评估
weixin_33958366的博客
07-27 5361
参考：【干货】基因组组装你了解多少？ -- 诺禾致源 动植物基因组de novo工作，其组装指标的好坏直接影响着整个基因组的质量。而评估基因组组装结果，contigN50和scaffoldN50是第一指标，即contig/ scaffoldN50：将contig/scaffold长度从长到短进行排序并累加，当累加和达到contig/scaffold总长度的50%的时候，最后参与加和的那一条...
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