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1原创 生物信息学基础知识Day5
文章目录前言注释、统计与可视化1.2.总结前言个人关于《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》的一些摘录，方便自己日后查阅。注释、统计与可视化1.如何用最精简的语言来概括生物信息学（狭义的）主要工作，那就是注释、统计和可视化。这里的注释是指通过计算机程序自动化批量注释，它往往是数据处理的第一步；统计基于多条序列注释的结果；可视化贯穿整个数据的处理过程，是生物信息学的一个重要组成部分。广义的生物信息学还可以涉及更多的方向，如数据库构建和数据挖掘领域、计算机生物学领域（三级结构预
2021-01-10 17:05:29
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原创 生物信息学基础知识Day4
文章目录前言一.基因表达的检测方法二.基因表达数据分析1.基因表达矩阵2.基因表达数据分析三.基因表达差异的显著性分析大概步骤四.基因本体论分析五.通路分析总结前言个人对《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》的一些摘录，方便自己日后查阅。一.基因表达的检测方法基因表达需要直接或间接测量某个生物个体（如人）内全部基因的转录产物（指侠义的转录组）在细胞中的丰度，常用的检测方法有实时荧光定量PCR（Quantitative real time PCR，qRT-PCR）、基因（表达谱
2021-01-10 03:45:43
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原创 生物信息学基础知识Day3
文章目录前言一、序列比对和相似性搜索二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言个人对《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》的一些摘录，方便自己日后查阅。一、序列比对和相似性搜索序列比对又叫做序列对齐，简单来说就是将两个或多个序列排列在一起，标明其相似之处，进而确定序列之间的相似性。 序列比对的理论基础是进化学说，如果两个序列之间具有足够的相似性，就推测二者可能由共同的祖先，经过序列内残基的替换、残基或序列片段的缺失以及序列重组等遗传变异过程演化而来。序列相似和序列同源是
2021-01-09 22:12:23
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原创 生物信息学基础知识Day2
文章目录前言一、DNA测序技术二、序列分析1.DNA序列的预处理2.序列拼接总结前言个人对《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》作的一些摘要。方便自己日后查阅。一、DNA测序技术DNA测序技术（DNA sequencing），简单来水就是确定四种核苷酸残基（A、T、C和G）的排列顺序。第一代测序技术，也称Sanger测序法；第二代测序技术，也称深度测序或高通量测序；第三代测序的核心概念是单分子。二、序列分析测序分析是生物信息学最基本的工作。当前生物实验获得的最主要数据依然还.
2021-01-09 16:00:47
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原创 生物信息学基础知识Day1
文章目录前言一、生物大分子1.DNA二、使用步骤1.引入库2.读入数据总结前言 个人学习《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》的一些笔记。一、生物大分子生物信息学研究主要围绕脱氧核糖（Deoxyribonucleic acid，DNA）、核糖核酸（Ribonucleic acid，RNA）和蛋白质（Protein）三类生物大分子展开。1.DNA*DNA的一级结构（核苷酸的排列次序）可以表示为一条由A、T、G和C组成的序列。 *DNA的二级结构是指两..
2021-01-08 23:21:26
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原创 R拓展包的下载与安装
R拓展包的下载与安装前言1.在线安装2.下载到本地安装3.使用第三方提供的脚本在线安装（以Bioconductor为例）总结前言个人学习R语言与Bioconductor 生物信息学应用》的一些记录。你也不需要一次性运行所有代码，就需要的时候翻翻吧。不知道的就不要理它，等你需要的时候碰到就知道了。1.在线安装#示例eggplot2包指定镜像安装，选择中国境内的CRAN镜像，之后会出现下载的程序包进度条，下载后自动完成安装#示例leaps包的安装> options(CRAN= "..
2021-01-08 02:01:10
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空空如也
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