R拓展包的下载与安装

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前言

个人学习《R语言与Bioconductor 生物信息学应用》的一些记录。你也不需要一次性运行所有代码，就需要的时候翻翻吧。不知道的就不要理它，等你需要的时候碰到就知道了。

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1.在线安装

#示例eggplot2包指定镜像安装，选择中国境内的CRAN镜像，之后会出现下载的程序包进度条，下载后自动完成安装
#示例leaps包的安装

> options(CRAN= "http://cran.r-project.org"); #指定镜像网站
> install.packages("ggplot2"); #ggplot2包的安装
> install.packages("leaps"); #leaps包的安装

2.下载到本地安装

tip：前提是先在Windows系统下载好".zip"格式的包文件

> install.packages("C://ggplot2.zip",contriburl=NULL) #其中"C://ggplot2.zip"是ggplot2.zip在Windows上的路径，你要改的，不要傻傻的运行这个代码啊，在你电脑上是行不通的

3.使用第三方提供的脚本在线安装（以Bioconductor为例）

tips：我的R版本4.0.3，Windows64bit

> if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager") #安装biocManager
> BiocManager::install() #更新已安装的biocManager
> BiocManager::install(c("GenomicFeatures", "AnnotationDbi")) #安装特定的软件包，例如"基因组功能"和"注释Dbi"，这里下载了两个包。

tips：已安装过biocManager，不需要调用library(BicoManager)，直接使用BiocManager::install()函数下载

> BiocManager::install("GenomicFeatures") #使用BiocManager安装GenomicFeatures包

总结

欢迎指正。一个人的学习路上太孤单，希望每个人都可以分享一点自己的所得，互相学习。有问题一起探讨。需要联系方式私信。