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RSS订阅原创 全基因组关联分析（GWAS）笔记1
全基因组关联分析（Genome-wide Association Study），简称GWAS，是一种用于寻找与特定性状或疾病相关的基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNPs）的研究方法。GWAS通过比较不同个体的基因组序列，分析某些基因变异在不同表型群体（如疾病患者和健康对照）中的频率差异，从而确定哪些变异与目标性状有显著关联。通过Marker（一般为SNP）与Phenotype之间的关联，来推测或者表示Gene与Phenotype的关联。下面这张图能比较清晰直接的看出来。
2024-09-03 21:10:29
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原创 必须掌握的 Linux 命令
➢ 具有实用的环境变量功能。简单来说，whereis命令也是基于updatedb命令所生成的索引库文件进行搜索，它与locate命令的区别是不关心那些相同名称的文件，仅仅是快速找到对应的命令文件及其帮助文件所在的位置。netstat 命令用于显示如网络连接、路由表、接口状态等的网络相关信息，英文全称为“network status”，语法格式为为“netstat[参数]”。mkdir 命令用于创建空白的目录，英文全称为“make directory”，语法格式为“mkdir[参数]目录名称”。
2024-08-11 12:48:37
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原创 Windows系统清理C盘的方法
这里还是建议大家养成良好的习惯，我这是18年买的电脑，重新装了系统，C盘也就分配了120G的空间，到现在还有近30G可以用，所以还是要养成良好的习惯。不过个人觉得避免C盘满了最好的方法还是养成习惯，安装软件的时候非必要不安装C盘，桌面少留点文件，暂时存储还是可以的，用完了扔到D或E盘去。系统有的时候在运行过程中会有一些缓存文件存储在C盘中，方便下次使用时直接调用，所以这些缓存文件是可以删除的。最近有个朋友和我说C盘满了，问我怎么清理，去网上查了几种方法，每种都试过了，留个笔记。（3）勾选所有的文件，删除。
2024-08-11 12:41:58
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原创 DNA的多态性（笔记）
DNA多态性是群体内某个基因座存在2个或多个等位基因形成而造成的同种DNA分子的多样性。是单一基因座等位基因变异性在群体水平的体现。凡在群体中出现频率大于1%的变异体，不论其是正常还是致病性，称多态性；频率低于1%的变异体，则考虑为突变。DNA的多态性可分为DNA片段长度多态性（FLP）、DNA重复序列（SSR）的多态性和单核苷酸多态性（SNP）等。DNA片段长度多态性（FLP）是由于单个碱基的缺失、重复和插入所引起限制性内切酶位点的变化，导致DNA片段长度的变化。
2024-07-31 18:58:23
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原创 Linux下载STRUCTURE
这说明文件本身没有损坏，但是由于系统架构或库的兼容性问题，可能导致无法运行。做GWAS求Q矩阵，有很多软件可选，STRUCTURE、ADMIXTURE、PLINK、TASSEL、EIGENSOFT等，先用STRUCTURE试试看。我昨天运行不了，一直提示没有structure目录或者文件，但是在路径下又是有的。这里提醒一下各位小伙伴，如果报没有structure目录或者文件错误的话，按照我下面的步骤应该能够解决。: STRUCTURE 是一个经典的群体遗传学软件，用于分析群体结构和个体的混合比例。
2024-07-31 14:36:52
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原创 R语言绘制条形图2
仔细看上面两个图，一个是简单条形图，用fill参数填充即可。簇状图用scale_fill_manual函数填充即可，颜色可以指定也可以用十六进制的。上一篇文章讲了用R语言绘制三种类型的条形图，这章讲一下深入一点点的细节，欢迎批评指正！像边框颜色、填充颜色、条形图宽度等参数也是可以通过修改代码来更改的。这三个也比较简单，比如说像一些正负值不同颜色等等也可以实现（再设置一个变量就可以）。2.填充颜色，增加fill参数或者scale_fill_manual参数。1.边框颜色，增加color参数即可。
2024-07-19 14:20:06
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原创 Zotero文献阅读管理器加强版
Zotero没有插件还是很不好用的，安装完插件就是直接起飞的一个状态。但对于大多数人来说，难也就是难在插件下载上，其实安装的过程还是非常简单的。添加完后选择Install Now，然后会有一个Restart Now的选项（没有的话就关掉再开）。这里不多写了，有很多调试的方法，总的来说能让你的Zotero更加好用。个人觉得比较需要调试的应该是Style插件，回头补一个。我这里已经下载完了，就不做具体的演示了，下载和安装的过程还是比较简单的，有手就行。点完设置之后，会出现以下几个选项，选笔者标注了方框的即可。
2023-10-21 23:02:41
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原创 Update和Upgrade的区别
就是版本的升级，从1.0升级为2.0，这个升级也会有功能的增加，所以upgrade在一定程度也有update的意思；类似于打游戏中把升级技能。就是功能的更新，比如说像数据库，增加一些新的功能，或者做优化之类的；类似于打游戏多加技能；根据我的观察发现，upgrade的要细一点，更新的内容也比较大；update的要粗糙一点，更新的内容比较小。最近搞Kali，老是要敲update和upgrade的命令，就在想这两个到底有什么区别。我英语还行，光从词义来说，update是更新的意思，upgrade是升级的意思。
2023-10-10 12:35:53
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原创 Kali Linux安装virtualbox
这里找到一个headers的最新版本和一个image的最新版本，Cloud是在云上的，一般在物理机上装就用amd64的。这里不要让Kali自动往下走，选Advance那个进入。输入个y，下载完成即可。
2023-09-23 18:33:39
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原创 Python的下载及安装
一.基础知识：Python的英文本义是“蟒蛇”，是一种可扩展性强大的编程语言，具有丰富和强大的库，能够把用其他语言控制的各种模块（尤其是C/C++）结合在一起，因此也被称为“胶水”语言。二.Python的主要应用领域：（1）Web开发；（2）大数据处理；（3）人工智能；（4）自动化运维开发；（5）云计算；（6）爬虫；（7）游戏开发当然，近几年随着Python的大热，也通常用于办公的自动化等等...三.Python的下载与安装（1）进入网站：Welcome to
2022-05-17 15:40:57
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空空如也
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