Linux下载STRUCTURE

做GWAS求Q矩阵，有很多软件可选，STRUCTURE、ADMIXTURE、PLINK、TASSEL、EIGENSOFT等，先用STRUCTURE试试看。

其实昨天下载解压完一直报错说没有structure文件或者目录，查了很多都查不到原因。就先用Admixture软件跑了一下，今天再想着看看能不能解决报错，没想到成功了。

STRUCTURE软件

功能: STRUCTURE 是一个经典的群体遗传学软件，用于分析群体结构和个体的混合比例。

特点: 它基于贝叶斯模型聚类方法，估计个体的群体归属概率，从而构建 Q 矩阵。

适用范围: 适合于具有离散群体的分析，但计算量较大，尤其是对于大数据集。

官网：Structure Software: V. 2.3.4

1.下载

wget https://web.stanford.edu/group/pritchardlab/structure_software/release_versions/v2.3.4/release/structure_linux_console.tar.gz

2.解压

tar zxvf structure_linux_console.tar.gz 

解压之后得到的文件​​​​​​。

3.运行structure

我昨天运行不了，一直提示没有structure目录或者文件，但是在路径下又是有的。又去structure官网查了一下，也没查到。今天换了个思路解决了。

报错：没有structure目录或者文件

原因：由于structure文件其实是32-bit 可执行文件，由于系统架构或库的兼容性问题，可能导致无法运行。比如说你安装的是64-bit的系统就会无法执行。

这里提醒一下各位小伙伴，如果报没有structure目录或者文件错误的话，按照我下面的步骤应该能够解决。

（1）查看structure文件类型

file ./structure

如果是像我一样用的虚拟机，还需要下载一个file

sudo apt-get --install install file

从图中可以发现，structure文件是一个 ELF 32-bit 可执行文件，适用于 Intel 80386 架构。这说明文件本身没有损坏，但是由于系统架构或库的兼容性问题，可能导致无法运行。

那么这个时候，我们就要在系统上安装32位的兼容库和32位程序常用的动态链接器。

（2）安装32位兼容库和动态链接器

sudo apt-get install libc6-i386
sudo apt-get install lib32z1

（3）运行structure

./structure

出现上面的内容说明安装成功了。

总结：本来昨天捣鼓了很久也没有解决，后面实在不想搞了，就换软件了。今天想着再来试试看，没想到解决了。出现问题一时解决不了也没关系，后面再换个思路想想办法。