医学图像
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Jorko的浪漫宇宙
这个作者很懒,什么都没留下…
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TIP2023| nnFormer:利用交织3D卷积和Transformer进行医学分割的新方案
Transformer作为自然语言处理的首选模型,在医学影像界引起了很少的关注。考虑到利用长期依赖关系的能力,Transformer有望帮助非典型卷积神经网络克服其空间归纳偏差的固有缺点。nnFormer不仅利用**交织卷积和自注意**操作的结合,还引入了局部和全局基于体积的自注意机制来学习体积表示。此外,nnFormer提出在U-Net类架构中**使用跳跃注意**来代替传统的跳跃连接中的连接/求和操作原创 2023-03-15 15:36:00 · 5034 阅读 · 5 评论 -
MICCAI 2022 | PHTrans: Parallelly Aggregating Global and Local Representations for Medical Image Seg
Transformer在计算机视觉领域的成功引起了医学影像界越来越多的关注。特别是在医学图像分割方面,已经出现了许多基于卷积神经网络(CNNs)和Transformer的混合架构,并取得了令人瞩目的性能。然而,大多数将模块化Transformer嵌入cnn的方法都难以发挥其全部潜力。在本文中,我们提出了一种新的混合架构PHTrans用于医学图像分割,该架构将Transformer和CNN在主要构件中并行混合,从全局和局部特征中生成分层表示并自适应聚合,旨在充分利用它们的优点以获得更好的分割性能。原创 2023-03-14 11:49:49 · 1107 阅读 · 2 评论 -
6.一脚踹进ViT——Swin Transformer(下)
介绍SW-MSA、Relative Position Bias并且进行coding 实现SW-MSA原创 2023-03-11 21:35:08 · 445 阅读 · 1 评论 -
MICCAI2022|A Robust Volumetric Transformer for Accurate 3D Tumor Segmentation
我们提出了一种用于3D分割的Transformer架构,这是一项具有挑战性的任务,需要在编码局部和全局空间线索时保持复杂的平衡,并沿体积的所有轴保存信息。所提出的设计的编码器受益于同时编码局部和全局线索的自注意力机制,而解码器采用并行的自注意力和交叉注意力公式来捕获用于边界细化的精细细节。经验上,我们表明,所提出的设计选择产生了一个计算效率高的模型,在医学分割十项全能(MSD)脑肿瘤分割(BraTS)任务中具有竞争性和有前景的结果。我们进一步表明,通过我们的模型学习的表示对数据损坏是鲁棒的。原创 2023-03-07 21:06:13 · 846 阅读 · 0 评论 -
(新SOTA)UNETR++:轻量级的、高效、准确的共享权重的3D医学图像分割
UNETR++:轻量级的、高效、准确的共享权重的3D医学图像分割高效配对注意(EPA)块,该块使用一对基于空间和通道注意的相互依赖的分支来有效地学习空间和通道方面的判别特征原创 2023-03-05 22:23:04 · 8107 阅读 · 12 评论 -
5.一脚踹进ViT——Swin Transformer(上)
论文解读 + 实现原创 2023-02-23 16:58:00 · 393 阅读 · 0 评论 -
Python将nii图像进行padding扩充以及crop裁剪,以及最终将图片保存为pickle(pkl)或者png格式
Python将nii图像进行padding扩充以及crop裁剪,以及最终将图片保存为pickle(pkl)或者png格式原创 2023-02-15 19:49:21 · 1378 阅读 · 0 评论 -
Python将nii.gz的3D医学图像切片为2D图像
python将NIFTI格式nii文件读取导出成2D图像NIFTI格式的文件后缀为nii没有的库就自己安装一下命令 pip install 包名转载 2023-02-15 10:17:50 · 3047 阅读 · 4 评论 -
MICCAI 2022 | CLFC:基于对比学习的多模态脑肿瘤分割与单模态正常脑图像的特征比较
大多数人强调阐述深度网络的内部结构,以增强学习肿瘤相关特征的能力,而其他有价值的相关信息,如正常的大脑外观,往往被忽视。受放射科医生在识别肿瘤区域时经常被训练为与正常组织进行比较这一事实的启发,在本文中,我们提出了一种新的脑肿瘤分割框架,通过采用正常脑图像作为参考,在学习的特征空间中与肿瘤脑图像进行比较。通过这种方式,可以突出和增强肿瘤相关特征,以实现准确的肿瘤分割。原创 2022-12-18 06:00:00 · 2690 阅读 · 5 评论 -
MICCAI 2022 | mmFormer:Multimodal Medical Transformer for Incomplete Multimodal Learning of BTS
从磁共振成像(MRI)中准确地分割脑肿瘤是多模态图像的联合学习所需要的。然而,在临床实践中,并不总是能够获得一套完整的MRI,缺失模态的问题导致现有多模态分割方法的性能严重下降。在这项工作中,我们首次尝试利用Transformer进行多模态脑肿瘤分割,该方法对可用模态的任何组合子集都具有鲁棒性。具体而言,我们提出了一种用于不完全多模态学习的新型多模态医学Transformer(mmFormer)。原创 2022-12-17 12:11:33 · 1242 阅读 · 0 评论 -
MICCAI2022 | NestFormer用于脑肿瘤分割的嵌套模态感知的Transformer
论文提出一种新的嵌套的模态感知transformer(NestedFormer)来显式地探索用于脑肿瘤分割的多模态磁共振成像的,效果很好原创 2022-12-14 20:19:23 · 2146 阅读 · 0 评论 -
综述:CNN在脑肿瘤分类的应用(2015-2022)
该论文使用CNN架构使用MR图像的脑肿瘤进行分类的研究进行全面回顾,目的是确定该技术发展的有用策略和可能的障碍。对于每篇文章,提取了关于训练数据、目标问题、网络架构、验证方法和报告的定量性能标准的数据。然后评估这些研究的临床相关性,通过考虑卷积神经网络的优点来确定局限性,以及为了促进CNN算法的临床应用和发展需要解决的剩余挑战。最后,为生物医学和机器学习领域的研究人员讨论了未来研究的可能方向。共确定并回顾了83项研究。它们在目标的精确分类问题和用于构建和训练所选CNN的策略方面有所不同。原创 2022-12-14 11:58:16 · 3246 阅读 · 0 评论 -
2.monai——transform数据处理
transform原创 2022-11-01 22:01:25 · 3526 阅读 · 6 评论 -
1.monai——Dataset加载数据
monai第一步,加载医学图像数据原创 2022-10-31 20:52:27 · 1829 阅读 · 2 评论 -
医学分割综述 MedISeg(tricks,challenges and future directions)
医学图像分割综述 MedISeg(tricks,challenges and future directions)MedISeg方面的内容通常侧重于主要贡献的介绍(例如,网络架构、训练策略和损失函数),而无意中忽略了一些边缘实现细节(也称为“技巧”),从而导致潜在的问题不公平的实验结果比较。在本文中,我们针对不同的模型实现阶段(即预训练模型、数据预处理、数据增强、模型实现、模型推理和结果后处理)收集了一系列MedISeg技巧,并通过实验探索其有效性这些技巧在一致的基线模型上。原创 2022-10-29 22:57:17 · 1411 阅读 · 0 评论 -
医学图像将dcm格式转化的nii格式如何处理
dcm2nii原创 2022-09-24 19:37:09 · 1780 阅读 · 2 评论