Human Gene Functions [POJ-1080]

这个题的算法类似最长公共子序列的算法。
分别用a, b来储存字符串， f[i][j] 是将a[i] 以及 b[j]之前的两个字符串变成同样长的串对应的最大值。而 f[i][j] 可能从三种状态转移过来：

1. f[i][j - 1] + b[j] 与 ‘-’对应的值。
2. f[i - 1][j] + a[i] 与‘-’ 对应的值。
3. f[i - 1][j - 1] + a[i] 与 b[j] 对应的值。

这里需要注意的f的初始化，先将f[0][0] = 0。
然后算出f[0][1 ~ m] 以及 f[1 ~ n][0].
代码如下：

#include <iostream>
#include <algorithm>
#include <cstdio>
#include <cstring>
using namespace std;

const int N = 110;

int dx[5][5] = {5, -1, -2, -1, -3,
		-1, 5, -3, -2, -4,
		-2, -3, 5, -2, -2,
		-1, -2, -2, 5, -1,
		-3, -4, -2, -1, -9};

char a[N], b[N];
int n, m;
int f[N][N];

int getnum(char c)
{
	if(c == 'A') return 0;
	if(c == 'C') return 1;
	if(c == 'G') return 2;
	if(c == 'T') return 3;
}

int main()
{
	cin.tie(0), cout.tie(0);
	
	int t;
	cin >> t;
	while(t --)
	{
		cin >> n >> a + 1 >> m >> b + 1;
		
		f[0][0] = 0;
		for(int i = 1; i <= n; i ++ ) f[i][0] = f[i - 1][0] + dx[getnum(a[i])][4];
		for(int j = 1; j <= m; j ++ ) f[0][j] = f[0][j - 1] + dx[4][getnum(b[j])];
		
		for(int i = 1; i <= n; i ++ )
			for(int j = 1; j <= m; j ++ )
			{
				int x = getnum(a[i]), y = getnum(b[j]);
				f[i][j] = max(f[i - 1][j - 1] + dx[x][y], max(f[i - 1][j] + dx[x][4], f[i][j - 1] + dx[4][y]));
			}
			
		cout << f[n][m] << endl;
	}
}