Germaine的安装

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已于 2022-04-01 22:29:49 修改

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分类专栏： Germaine 文章标签： linux debian

于 2022-04-01 22:29:00 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_45907914/article/details/123903182

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Germaine是德国基尔大学开发的一款开源软件，主要功能是对地质雷达波进行正演和全波形反演模拟。由于安装过程很繁琐，所以特写一篇博文总结安装过程，希望能帮到需要的朋友。

1.Germaine安装

1.1 Vmware(Debian操作系统)虚拟机的安装

1.2 Debian操作系统安装与配置

1.3 Germaine软件安装

1.3.1 Linux系统文件下载安装

1.3.2 Germaine和DENISE-Benchmark下载

1.3.7 Seismic Unix安装（可选）

1.3.8 Germaine编译

2.虚拟机与本机文件共享

1.Germaine安装

Germaine是github上的开源项目，但是该软件只支持Linux系统，所以windows系统下安装该软件应先安装Linux的虚拟机。

1.1 Vmware(Debian操作系统)虚拟机的安装

前往官网下载Vmware,链接：Vmware官网，注意不要下载workstation pro（专业版需要收费），接下来正常安装即可。打开Vmware软件，点击创建新虚拟机。

正常安装，由于Germaine的编译安装文件Makefile文件对普通个人台式机仅支持LinuxMint 17和Debian（二者都属于Linux操作系统），所以安装的时候最好安装这两个系统。在这里笔者推荐Debian，注意选择操作系统时选择linux和debian 10.x 64位。

下一步自定义虚拟机名称和存放位置；下一步定义虚拟磁盘大小（这里选择拆分为多个文件），完成之后打开该虚拟机的设置，此时可以根据需要修改虚拟机运行内存，将磁盘映像iso文件添加进去。

注：Debian的磁盘映像iso文件可以前往官网下载，链接： Debian官网，注意下载版本要和之前安装虚拟机时选择版本一致，这里直接下载debian-10.11.0-amd64就行了。

1.2 Debian操作系统安装与配置

打开虚拟机后安装Debian操作系统，这个可以参考这位博主的文章Debian安装配置，在此就不细述。

1.3 Germaine软件安装

1.3.1 Linux系统文件下载安装

Linux系统下文件安装主要通过在终端命令行输入指令，可在任意文件路径下右键打开命令终端

这里再介绍一些安装Germaine要用到的一些常用Linux指令。

①su root 输入密码进入，以root身份登录系统，不然可能会缺少很多存取权限。

②tar -xzvf 软件包名解压当前路径下的tar压缩文件（也可以直接右键解压）

③sudo apt-get install xxxx 在当前路径下安装某软件

④gedit ~/.bashrc 可以打开系统永久环境文件并进行相应修改

⑤source ~/.bashrc 修改环境变量后用该命令进行配置更新

⑥cd .. 文件目录路径后退

⑦cd 文件名进入当前路径下某文件路径

⑧make 找到当前路径下makefile文件执行编译

1.3.2 Germaine和DENISE-Benchmark下载

二者都为github开源项目，直接前往github上下载源码后解压。

Germaine:https://github.com/daniel-koehn/GERMAINE

注：Germaine官网的ReadMe.md里有Germaine软件的使用指南链接Germaine Tutors

DENISE-Benchmark:https://github.com/daniel-koehn/DENISE-Benchmark

1.3.3 gcc编译器安装

sudo apt install build-essential

1.3.4 OpenMPI安装

官网网址：https://www.open-mpi.org/

安装（第一行为自定义安装路径，第二行为编译）

./configure --prefix=/usr/local/openmpi
make
make install

环境变量配置：(注意每次环境变量配置后输入命令source ~./bashrc更新变量)

MPI=/usr/local/openmpi
export PATH=${MPI}/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=${MPI}/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export MANPATH=${MPI}/share/man:$MANPATH

mpi主要提供并行计算，配置完成后输入如下，正常输出说明安装成功

注：root权限下使用mpirun需要给予权限，在mpirun后面加上 --allow-run-as root

cd openmpi/examples
make
mpirun -np 4 hello_c或mpirun --allow-run-as-root -np 4 hello_c

1.3.5 OpenBLAS安装

git clone https://github.com/xianyi/OpenBLAS.git
cd OpenBLAS
make -j8
sudo make PREFIX=(安装路径) install

打开~/.bashrc添加环境变量（取决于安装路径）：

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/opt/OpenBLAS/lib

1.3.6 Suite Sparse安装

官网地址：http://faculty.cse.tamu.edu/davis/suitesparse.html

首先要安装cmake和GNU m4工具（若不安装后续会报错缺失）：

Cmake:http://www.cmake.org/cmake/resources/software.html

GNU m4:https://www.gnu.org/software/m4/m4.html

安装完成后也需要对其进行环境变量配置

export PATH=/usr/local/m4/bin:${PATH}
export PATH=/usr/local/cmake/bin:${PATH}

安装完成后打开Suite Sparse文件夹下的Makefile文件，可以查看编译方法

注：这里如果安装失败想要重新安装可以输入make clean清除原有编译。

METIS是不需要的，且正常编译后续还会报错，因此可将metis-5.1.0文件夹删掉。接下来在文件夹下命令行输入make进行编译，成功后接下来也得给Suite Sparse添加环境变量。

export LD_LIBRARY_PATH=/home/(用户名)/SuiteSparse/lib:$LD_LIBRARY_PATH

1.3.7 Seismic Unix安装（可选）

Seismic Unix是可视化包，为之后软件执行提供绘图功能。

官网网址：http:// http://www.cwp.mines.edu/cwpcodes/

但是国内网似乎登不进，资源需要在网络上查找有博主分享网盘资源，安装流程与上述Suite Sparse类似，这里不建议安装，因为就算安装了，绘图时由于虚拟机没有显示器设备，会报错：Cannot find the display 0!

这里需要让虚拟机远程连接到本机的显示器太过于麻烦，如果要绘图的话建议下载Anaconda(需要额外安装Numpy,SciPy,Matplotlib)自写python程序绘图（Germaine的tutor的pdf里有部分绘图代码）

也可以不在虚拟机里安装Anaconda，用本机下载，在本机上绘图，这里涉及本机和虚拟机之间的文件共享，可参考后面相关内容。

1.3.8 Germaine编译

终端cd到germaine文件夹下，打开Makefile文件。在如下图中将debian部分注释去掉（如果使用的是LinuxMint 17则把上面那段注释去掉），保存后关闭。

输入命令make进行编译，无报错说明编译成功。最后将DENISE-Benchmark里的模型文件转入Germaine里，Germaine安装完成。

cp DENISE-Benchmark/2_cross_TE_model/input_files/GERMAINE* GERMAINE/par/ 
cp DENISE-Benchmark/2_cross_TE_model/start/2_cross_TE_* GERMAINE/par/start/ 
cp DENISE-Benchmark/2_cross_TE_model/receiver/receiver_2_cross_TE.dat GERMAINE/par/receiver/ 
cp DENISE-Benchmark/2_cross_TE_model/source/source_2_cross_TE.dat GERMAINE/par/source