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原创 rnaseq_将lncRNA和mRNA进行相关性分析

将lncRNA和mRNA进行相关性分析,并把r值和p值写入文件中做出来的r值和p值长这样接下来将其转换成长矩阵并合并成一个csv文件,以便于下一步Cytoscape绘制相关性网络图导出的csv文件就可以直接使用Cytoscape软件进行后续分析新建一列flag,将大于0的为正号,r小于0为负号。

2024-04-03 16:06:45 289 1

原创 rnaseq_基因表达的时间序列分析(mfuzz)

是用来进行不同时间点转录组数据表达模式聚类分析的R包。它能够识别表达谱的潜在时间序列模式,并将相似模式的基因聚类,以帮助我们了解基因的动态模式和它们功能的联系。可以看出,cluster7和cluster8的变化较为显著,于是提取cluster7和cluster8中的基因进行后续分析。得到时序分析图,分为八个cluster。读取count矩阵并对其进行标准化。设置工作路径以及加载包。

2024-04-03 15:39:44 795 1

原创 rnaseq_筛选表达矩阵中的lncRNA

通过上述步骤就可以把lncRNA从原始的表达矩阵中筛选出来,以便于后续lncRNA的研究。这是一步很简单的步骤,但是我每次遇到这个问题都得去网上搜教程,所以我把他单独列出一章。把原始的txt文件转换成更方便的csv格式文件。将处理出来的noncoding取交集。提取表达矩阵中的lncRNA。

2024-04-03 15:19:44 228 1

原创 rnaseq_Deseq2差异分析

对标准化后的表达矩阵进行差异分析。获得差异分析热图以及火山图。

2024-04-02 21:46:39 398

原创 rnaseq_lasso线性回归

得到标准化的矩阵后,我下一步工作就是进行lasso线性回归分析。得到预测出的模型,lasso分析就算完成。

2024-04-02 21:41:43 157

原创 rnaseq_对表达矩阵进行标准化

从2023年十月份到现在,做了那么久的转录组分析,从来没有记录一点东西,导致脑子里面的东西越来越乱,所以我把我所做的工作记录一下,供自己以及同行参考。今天我把从表达矩阵到相关性的分析给总结一下,肯定有很多不足的地方,边记录边做,也算是一种学习的过程。

2024-04-02 21:34:25 455

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