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RSS订阅原创 【bulk RNA-seq】DESeq2差异分析 硬核
心血来潮写了个bulk RNA-seq的代码，该有的基本都有了。省去了路径和具体的基因。以后更新一下用公共数据跑出来的图吧。最近比较忙。 包非原创，代码是原创。转载或引用请注明出处或与我联系。################################## 导入需要用到的R package以及自定义函数################################library(DESeq2) #差异分析的包library(clusterProfiler) #基因名转换&GO富集分
2022-05-20 16:00:42
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原创 如何利用“轻量应用服务器“构建生信序列分析的Linux平台（超详细适合小白操作；解锁pysam,pyBigWig）
前言为什么我会走这个方案，说来很无奈，我只有个Windows系统的电脑，并且内存巨小，开虚拟机是不太够了，也没有Mac。但是许多很好用的Python库非要Linux系统不可，所以必须得解决这个问题。前前后后历时一个月，跌跌撞撞总算做出了比较满意的效果。以下内容会比较详细，所有步骤都已经是验证过的了，照着做应该不会有什么问题。平台我一共配了2台服务器，一台Python2（基于Anaconda2，腾讯云，Miniconda也可以），一台Python3（基于Miniconda3，阿里云），平台是Cent O
2021-02-01 20:04:22
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原创 Windows10系统下R语言安装package时报错Permission denied怎么办？(以clusterProfiler包为例的一个“勤劳“的方法)
本菜鸡就想用个clusterProfiler，折腾了好几天都没搞定，多方打听，汇集灵感，终于找到了一个解决之道，憋了几天的气一下就没了 ，在此分享给大家。clusterProfiler是非常有名的Y叔的一个非常有名的package，但是想要成功library(clusterProfiler)似乎需要安装很多其他的package，这也是折腾我好几天的地方，因为使用BiocManager::install()一键安装的时候会出现如下报错。报错内容↓曾尝试过的方法改动R.exe和Rstudio.exe
2021-01-21 17:17:30
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原创 对比Python与R语言于气泡图的制作——数据可视化
（引用或转载本文请注明出处）近期因实际需要，笔者在此记录下利用Python以及R语言对测序结果做气泡图可视化的心得。代码中的数据为随机（其实是我乱按的）出来的数据并非实验室结果。文末将注明引用文献。本文仅供相互学习之用，如有侵权，请联系笔者删除。做该项目的目的是：在横纵坐标代表两个变量的基础上，在散点图中实现对第三个甚至第四个变量的反映，并实现矢量图输出。Python部分这块代码因为是自用就没有怎么精简优化，个人感觉结构还能更漂亮一些。请大家留言或评论点拨点拨我好让我日后能快速改进，哈哈。用到的库
2020-12-31 23:27:01
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原创 Hello World！
不务正业的生科人一个咱也开博咯以后主要会陆续发布一些与数据分析相关的代码也会有一些生信软件的使用心得水平有限 欢迎大家指正会注明参考文献 如有侵权请联系我删除相关内容print(“Hello World!”)哈喽 我的(博客)！...
2020-12-15 10:08:56
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空空如也
空空如也
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