安装torch-geometric库

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前言

记录下安装torch-geometric库出现的问题

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一、查看cuda与torch版本

• 使用以下命令查看cuda版本，这里我的版本是11.1

nvcc -V

• 在创建的conda虚拟环境中，使用以下命令查看安装的torch版本，这里我的版本为1.9.1

conda list

二、提前安装其他依赖库

1、安装torch-scatter、torch-sparse、torch-cluster以及torch-spline-conv库

• 访问以下网页https://data.pyg.org/whl/
• 选择自己合适的版本，这里是我的版本
  
• 右键对应版本，选择复制链接
  
• 回到虚拟环境中执行以下命令

pip install torch_cluster -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu111/torch_cluster-1.5.9-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

1.1、这时问题来了

• 这是控制台输出内容：

WARNING: Skipping page https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu111/torch_cluster-1.5.9-cp38-cp38-linux_x86_64.whl because the HEAD request got Content-Type: binary/octet-stream. The only supported Content-Types are application/vnd.pypi.simple.v1+json, application/vnd.pypi.simple.v1+html, and text/html
Collecting torch_cluster
  Using cached torch_cluster-1.6.3.tar.gz (54 kB)
  Preparing metadata (setup.py) ... done

• 从警告信息和缓存行为来看，可能是由于 torch_cluster-1.6.3.tar.gz 的缓存导致安装失败，因为 pip 默认会优先使用本地缓存的包。为了避免使用缓存导致的问题，可以尝试清除 pip 缓存或者强制指定安装最新的可用版本

两种方式清除缓存

1. 使用以下命令清除pip缓存

pip cache purge

2. 强制忽略缓存
   使用 --no-cache-dir 参数强制忽略缓存

pip install --no-cache-dir

试了上述两种方式，仍然报错，以下是更多的报错信息

In file included from /usr/local/cuda-11.1/include/cuda_runtime.h:83,
                       from <command-line>:
      /usr/local/cuda-11.1/include/crt/host_config.h:139:2: error: #error -- unsupported GNU version! gcc versions later than 10 are not supported! The nvcc flag '-allow-unsupported-compiler' can be used to override this version check; however, using an unsupported host compiler may cause compilation failure or incorrect run time execution. Use at your own risk.
        139 | #error -- unsupported GNU version! gcc versions later than 10 are not supported! The nvcc flag '-allow-unsupported-compiler' can be used to override this version check; however, using an unsupported host compiler may cause compilation failure or incorrect run time execution. Use at your own risk.
            |  ^~~~~
      error: command '/usr/local/cuda-11.1/bin/nvcc' failed with exit code 1
      [end of output]

  note: This error originates from a subprocess, and is likely not a problem with pip.
  ERROR: Failed building wheel for torch_cluster
  Running setup.py clean for torch_cluster
Failed to build torch_cluster
ERROR: ERROR: Failed to build installable wheels for some pyproject.toml based projects (torch_cluster)

• 从错误信息来看，问题出在尝试使用较新版本的 GCC 编译 CUDA 代码时。CUDA 11.1 默认不支持 GCC 版本高于 10 的编译器，而你当前系统中使用的 GCC 可能是更新的版本

1.2、一种解决办法

预编译包下载出现问题：警告信息表明 pip 无法解析 .whl 文件的 MIME 类型，可能是 pip 版本过旧或 data.pyg.org 的兼容性问题

升级pip

pip install --upgrade pip

直接下载并安装.whl文件

• 使用类似以下命令，将上述包对应.whl文件都下载到本地：

wget https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0%2Bcu111/torch_cluster-1.5.9-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

• 再安装

pip install torch_cluster-1.5.9-cp38-cp38-linux_x86_64.whl

安装成功

三、安装torch-geometric库

• 安装链接：PyG

1、在右下角选择需要安装的版本

• 这里我选择的是2.0.1版本
  

2、选择安装

3、选好配置

这里我直接将这行命令输入到控制台中，问题又出现了

pip install torch-geometric -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0+cu111.html

• 我期望安装的pyg版本为2.0.1版本，但强制安装成2.6.1

pip uninstall torch-geometric

• 反复卸载重装后，问题仍未解决

分析原因

• torch-geometric 的版本选择机制根据你当前环境中的 PyTorch 和依赖项的版本，认为 2.6.1 是兼容的最高版本

解决方式

• 强制安装指定版本

pip install torch-geometric==2.0.1 -f https://data.pyg.org/whl/torch-1.9.0+cu111.html

四、至此，安装完成