python 代码
导入文件
import mdapy as mp
import math
# 注意必须要显式的指明运行平台, 否则会报错
mp.init('cpu')
## 导入文件
system = mp.System(filename='relaxing_50000.dump.gz',fmt='dump.gz')
查看体系信息
# 查看体系的基本信息
print(system)
查看粒子属性
# 查看文件中存在哪些粒子属性
print(system.data.columns)
打印想看的粒子属性,想看其它的,如上。
print(system.data['id','x','y','z'])
计算任意两原子的距离,并且与自己的计算结果对照。
# data 中两个原子行数的索引,0:第一行原子,1:是第二行原子,此处两个原子的id:3121 3365
print(system.atom_distance(0,1))
# 检验
value = math.sqrt((-1.19317+1.56985)**2+(-0.479797+3.36066)**2+(0.949593+0.277029)**2)
print('检验:',value)
总 python 代码
import mdapy as mp
import math
# 注意必须要显式的指明运行平台, 否则会报错
mp.init('cpu')
## 导入文件
system = mp.System(filename='relaxing_50000.dump.gz',fmt='dump.gz')
# 查看文件中存在哪些粒子属性
print(system.data.columns)
print(system.data['id','x','y','z'])
# data 中两个原子行数的索引,0:第一行原子,1:是第二行原子
print('测试:',system.atom_distance(0,1))
value = math.sqrt((-1.19317+1.56985)**2+(-0.479797+3.36066)**2+(0.949593+0.277029)**2)
print('检验:',value)