mdapy_计算两原子之间的距离——lammps后处理

python 代码

导入文件

import mdapy as mp
import math

# 注意必须要显式的指明运行平台, 否则会报错
mp.init('cpu')
## 导入文件
system = mp.System(filename='relaxing_50000.dump.gz',fmt='dump.gz')

查看体系信息 

# 查看体系的基本信息
print(system)

 查看粒子属性

# 查看文件中存在哪些粒子属性
print(system.data.columns)

 

打印想看的粒子属性，想看其它的，如上。

print(system.data['id','x','y','z'])

 

计算任意两原子的距离，并且与自己的计算结果对照。

# data 中两个原子行数的索引，0：第一行原子，1：是第二行原子，此处两个原子的id：3121 3365
print(system.atom_distance(0,1))
# 检验
value = math.sqrt((-1.19317+1.56985)**2+(-0.479797+3.36066)**2+(0.949593+0.277029)**2)
print('检验：',value)

 

总 python 代码 

import mdapy as mp
import math

# 注意必须要显式的指明运行平台, 否则会报错
mp.init('cpu')
## 导入文件
system = mp.System(filename='relaxing_50000.dump.gz',fmt='dump.gz')
# 查看文件中存在哪些粒子属性
print(system.data.columns)

print(system.data['id','x','y','z'])

# data 中两个原子行数的索引，0：第一行原子，1：是第二行原子
print('测试：',system.atom_distance(0,1))
value = math.sqrt((-1.19317+1.56985)**2+(-0.479797+3.36066)**2+(0.949593+0.277029)**2)
print('检验：',value)

符合测试结果