病毒匹配BF算法

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 #include<fstream>
 #include<string.h>
 #include<utility>
 using namespace std;
 
typedef struct
 {
     char ch[600];		//若是非空串，则按串长分配存储区，否则ch为NULL
     int len;				//串长度
 } HString;
 int Index_BF(HString Virus,HString Person,int V,int P)
 //V ,P分别为病毒的长度，和患者DNA长度 
 {
 	int i=0,j=0;//初始化，从第0个位置开始 
 	while(i<V&&j<P)// 两个序列均未到达结尾 
 	{
 		if(Virus.ch[i]==Person.ch[j])//相同，继续往后比较 
 		{
 			++i;++j;
		 }
		 else //不相同，重新匹配 
		 {
		 	j=j-i+1;i=0;//患者序列的下一个，病毒序列第一个 
		 }
	 }
	 if(i==V) return 1;//匹配成功 
	 else return 0;//匹配失败 
  } 
int check(HString &Virus,HString &Person,int V,int P) 
//V ,P分别为病毒的长度，和患者DNA长度 
 {
 	HString temp;//中转辅助串temp，记录病毒的各种不同序列 
 	int flag=0;// 作为判断元素 
 	for(int i=V,j=0;j<V;j++)
 		Virus.ch[i++]=Virus.ch[j];//将病毒DNA储存两次 
 		Virus.ch[2*V]='\0';//添加结束符号 
 		for(int i=0;i<V;i++)//依次取得每个长度为V的病毒DNA环状字符串 
 		{
 			for(int j=0;j<V;j++)
 			{
 				temp.ch[j]=Virus.ch[i+j];
			 }
			 temp.ch[Virus.len]='\0';//添加结束符 
			 flag=Index_BF(temp,Person,V,P);//模式匹配 
			 if(flag)break;//匹配成功，退出循环 
		 }
		 if(flag)return 1;//匹配成功
		 else return 0;//匹配失败 
 }
 void Virus_detection()
 {
 	char Vir[600];//用来存放病毒DNA序列 
     int num,f=0;  		//用来记录有几组匹配数据
     HString Virus,Person,temp; //主串Person，模式串Virus，中转辅助串temp
     ifstream inFile("病毒感染检测输入数据.txt"); 
                     //设置输入文件地址，文件要在同级目录保存
     ofstream outFile("病毒感染检测输出结果.txt");
                      //设置输出文件地址（也可以屏幕输出）
     inFile>>num;		//读取待检测的任务数
     while(num--) 	//依次检测每对病毒DNA和人的DNA是否匹配
         {
             inFile >> Virus.ch >> Person.ch;//读取病毒和人的DNA 
             strcpy(Vir,Virus.ch);//将病毒DNA储存在Vir中，用于输出 
             Virus.len = strlen(Virus.ch);//求病毒DNA长度 
             Person.len = strlen(Person.ch);//求人DNA长度 
             f=check(Virus,Person,Virus.len,Person.len);//检测是否匹配 
             if(f) cout<<Vir<<"      "<<Person.ch<<"      "<<"YES"<<endl;//匹配输出YES 
		     else cout<<Vir<<"      "<<Person.ch<<"      "<<"NO"<<endl;//不匹配输出NO 
         }
 }
 int main()
 {
     Virus_detection();
     return 0;
 }