处理缺失数据
在许多数据分析工作中,缺失数据是经常发生的。pandas的目标之一就是尽量轻松地处理缺失数据。例如,pandas对象的所有描述性统计默认都不包括缺失数据。
缺失数据在pandas中呈现的方式有些不完美,但对于大多数用户可以保证功能正常。对于数值数据,pandas使用浮点值NaN(Not a Number)表示缺失数据。我们称其为哨兵值,可以方便的检测出来:
In [10]: string_data = pd.Series(['aardvark', 'artichoke', np.nan, 'avocado'])
In [11]: string_data
Out[11]:
0 aardvark
1 artichoke
2 NaN
3 avocado
dtype: object
In [12]: string_data.isnull()
Out[12]:
0 False
1 False
2 True
3 False
dtype: bool
在pandas中,我们采用了R语言中的惯用法,即将缺失值表示为NA,它表示不可用not available。在统计应用中,NA数据可能是不存在的数据或者虽然存在,但是没有观察到(例如,数据采集中发生了问题)。当进行数据清洗以进行分析时,最好直接对缺失数据进行分析,以判断数据采集的问题或缺失数据可能导致的偏差。
Python内置的None值在对象数组中也可以作为NA:
In [13]: string_data[0] = None
In [14]: string_data.isnull()
Out[14]:
0 True
1 False
2 True
3 False
dtype: bool
滤除缺失数据
过滤掉缺失数据的办法有很多种。你可以通过pandas.isnull或布尔索引的手工方法,但dropna可能会更实用一些。
在Sries上使用dropna
对于一个Series,dropna返回一个仅含非空数据和索引值的Series:
In [15]: from numpy import nan as NA
In [16]: data = pd.Series([1, NA, 3.5, NA, 7])
In [17]: data.dropna()
Out[17]:
0 1.0
2 3.5
4 7.0
dtype: float64
这等价于:
In [18]: data[data.notnull()]
Out[18]:
0 1.0
2 3.5
4 7.0
dtype: float64
在DataFrame上使用dropna
而对于DataFrame对象,事情就有点复杂了。你可能希望丢弃全NA或含有NA的行或列。dropna默认丢弃任何含有缺失值的行:
In [19]: data = pd.DataFrame([[1., 6.5, 3.], [1., NA, NA],
....: [NA, NA, NA], [NA, 6.5, 3.]])
In [20]: cleaned = data.dropna()
In [21]: data
Out[21]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
1 1.0 NaN NaN
2 NaN NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0
In [22]: cleaned
Out[22]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
丢弃全为NA的行
传入how=’all’将只丢弃全为NA的那些行:
In [23]: data.dropna(how='all')
Out[23]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
1 1.0 NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0
丢弃列
用这种方式丢弃列,只需传入axis=1即可:
In [24]: data[4] = NA
In [25]: data
Out[25]:
0 1 2 4
0 1.0 6.5 3.0 NaN
1 1.0 NaN NaN NaN
2 NaN NaN NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0 NaN
In [26]: data.dropna(axis=1, how='all')
Out[26]:
0 1 2
0 1.0 6.5 3.0
1 1.0 NaN NaN
2 NaN NaN NaN
3 NaN 6.5 3.0
使用thresh
另一个滤除DataFrame行的问题涉及时间序列数据。假设你只想留下一部分观测数据,可以用thresh参数实现此目的:
In [27]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(7, 3))
In [28]: df.iloc[:4, 1] = NA
In [29]: df.iloc[:2, 2] = NA
In [30]: df
Out[30]:
0 1 2
0 -0.204708 NaN NaN
1 -0.555730 NaN NaN
2 0.092908 NaN 0.769023
3 1.246435 NaN -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
In [31]: df.dropna()
Out[31]:
0 1 2
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
In [32]: df.dropna(thresh=2)
Out[32]:
0 1 2
2 0.092908 NaN 0.769023
3 1.246435 NaN -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
填充缺失数据
你可能不想滤除缺失数据(有可能会丢弃跟它有关的其他数据),而是希望通过其他方式填补那些“空洞”。对于大多数情况而言,fillna方法是最主要的函数。通过一个常数调用fillna就会将缺失值替换为那个常数值:
In [33]: df.fillna(0)
Out[33]:
0 1 2
0 -0.204708 0.000000 0.000000
1 -0.555730 0.000000 0.000000
2 0.092908 0.000000 0.769023
3 1.246435 0.000000 -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
对不同的列填充不同的值
若是通过一个字典调用fillna,就可以实现对不同的列填充不同的值:
In [34]: df.fillna({1: 0.5, 2: 0})
Out[34]:
0 1 2
0 -0.204708 0.500000 0.000000
1 -0.555730 0.500000 0.000000
2 0.092908 0.500000 0.769023
3 1.246435 0.500000 -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
对现有对象进行就地修改
fillna默认会返回新对象,但也可以对现有对象进行就地修改:
In [35]: _ = df.fillna(0, inplace=True)
In [36]: df
Out[36]:
0 1 2
0 -0.204708 0.000000 0.000000
1 -0.555730 0.000000 0.000000
2 0.092908 0.000000 0.769023
3 1.246435 0.000000 -1.296221
4 0.274992 0.228913 1.352917
5 0.886429 -2.001637 -0.371843
6 1.669025 -0.438570 -0.539741
使用其它方法填值
对reindexing有效的那些插值方法也可用于fillna:
In [37]: df = pd.DataFrame(np.random.randn(6, 3))
In [38]: df.iloc[2:, 1] = NA
In [39]: df.iloc[4:, 2] = NA
In [40]: df
Out[40]:
0 1 2
0 0.476985 3.248944 -1.021228
1 -0.577087 0.124121 0.302614
2 0.523772 NaN 1.343810
3 -0.713544 NaN -2.370232
4 -1.860761 NaN NaN
5 -1.265934 NaN NaN
In [41]: df.fillna(method='ffill')
Out[41]:
0 1 2
0 0.476985 3.248944 -1.021228
1 -0.577087 0.124121 0.302614
2 0.523772 0.124121 1.343810
3 -0.713544 0.124121 -2.370232
4 -1.860761 0.124121 -2.370232
5 -1.265934 0.124121 -2.370232
In [42]: df.fillna(method='ffill', limit=2)
Out[42]:
0 1 2
0 0.476985 3.248944 -1.021228
1 -0.577087 0.124121 0.302614
2 0.523772 0.124121 1.343810
3 -0.713544 0.124121 -2.370232
4 -1.860761 NaN -2.370232
5 -1.265934 NaN -2.370232
只要有些创新,你就可以利用fillna实现许多别的功能。比如说,你可以传入Series的平均值或中位数:
In [43]: data = pd.Series([1., NA, 3.5, NA, 7])
In [44]: data.fillna(data.mean())
Out[44]:
0 1.000000
1 3.833333
2 3.500000
3 3.833333
4 7.000000
dtype: float64