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Linux生信小菜鸡
文章平均质量分 84
分享一些超级实用的Linux技巧
Gremmie2003
南京医科大学,生物信息学的学生,热爱编程和计算机,学习永远不会停下脚步
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[TWAS]individual-level implementation of PrediXcan(实现PrediXcan)
(下面,映射是指将基因型变异与模型变异相匹配的实现规则。:path to a sqlite(一个轻量级别数据库) file containing prediction models包含预测模型的sqlite文件的路径.must be specified with this argument.可选的。原创 2023-07-31 17:25:51 · 614 阅读 · 0 评论 -
[GWAS]基于plink的亲缘关系质控
这里我们使用的是ped和map格式,如果ped文件中有表型数据(第六列),如果想指定表型数据,就使用–pheno参数,包括三列:家系,个体,表型值。这里讲亲子关系的移除其实不是必须要的,比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体,想要进行分析,不需要做这一步的筛选。这里的文件是bed二进制文件,不方便查看,我们将其转化为ped文件和map文件。本篇我们要对一下具有亲子关系的个体进行过滤,然后计算类似于IBS的结果。,两个个体拥有相同的等位基因(不一定来源以同一祖先)。接着我们提取Z1大于0.9的个体。原创 2023-07-17 01:57:21 · 1235 阅读 · 0 评论 -
[GWAS]杂合度质控
在一群自然群体种,基因型个体的杂合度过高或者过低都是不正常的,我们需要根据杂合度来进行过滤。plink有个特点,所有的过滤标准,都可以生成过滤之前的文件,然后可以手动过滤,也可以用参数进行过滤。我们采取的做法是删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD(sd就是标准差)的个体。去掉这两个个体之后,先对数据进行清洗,去掉引号,然后提取家系合个体ID。非自然群体中,比如自交系,杂交种F1,这些群体不需要过滤杂合度。我们从结果可以看出,这两个个体杂合度在3倍标准差之外。首先我们来查看哪些个体在3倍的标准差之外。原创 2023-07-17 01:28:53 · 463 阅读 · 0 评论 -
[GWAS]基于plink的(hardy-weinberg)哈温质控
一个群体是否符合这种状况,即达到了遗传平衡,也 就 是 一 对 等 位 基 因 的 3 种 基 因 型 的 比 例 分 布 符 合 公 式 :p2+2pq+q2=1,p+q=1,(p+q)2=1.基因型MM的频率为p2,NN的频率为q2,MN的频率为2pq。而哈温平衡检验,则是根据基因型推断出理想的(AA,AT,TT)的分布,然后和实际观察的进行适合性检验,然后得到P值,根据P值进行筛选.即P值越小,说明该位点越不符合哈温平衡。对于一个位点"AA AT TT",其中A的频率是基因频率,AA为基因型频率.原创 2023-07-16 23:41:40 · 373 阅读 · 0 评论 -
[GWAS]plink基因数据性别质控并用R作图
本篇主要针对人类性别的信息的质控,主要是根据性染色体上SNP的比值,判断性别,然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息.对其他的物种参考意义不大,因为在动物中一般会把性别信息的SNP去掉。然后将相关错误的ID提取出来(家系ID,个体ID),之所以提取家系ID和个体ID,因为plink有参数remove可以根据ID进行筛选.我们从图中可以看出,woman中,大部分都是小于0.2的,有一个为1,这个应该是错误的ID。plink自身也有–check-sex的参数,所以操作一下,留下笔记。接着我们检查性别冲突。原创 2023-07-16 13:49:50 · 1785 阅读 · 0 评论 -
[GWAS]plink数据格式的转化和缺失质控
plink中一些数据文件的解读以及转化,基因数据的缺失质控原创 2023-07-16 00:58:38 · 716 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:文件系统的简单操作
这是因为如果使用hard link 链接到目录时, 链接的数据需要连同被链接目录下面的所有数据都创建链接, 举例来说, 如果你要将 /etc 使用实体链接创建一个 /etc_hd 的目录时, 那么在 /etc_hd 下面的所有文件名同时都与 /etc 下面的文件名要创建 hard link 的, 而不是仅链接到 /etc_hd 与 /etc 而已。并且, 未来如果需要在 /etc_hd 下面创建新文件时, 连带的, /etc 下面的数据又得要创建一次 hard link , 因此造成环境相当大的复杂度。原创 2023-02-10 20:21:22 · 3030 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:Linux磁盘与文件系统管理
系统管理员很重要的任务之一就是管理好自己的磁盘文件系统, 每个分区不可太大也不能太小, 太大会造成磁盘容量的浪费, 太小则会产生文件无法储存的困扰。前面谈到的文件权限与属性中, 这些权限与属性分别记录在文件系统的哪个区块内?这就得要谈到 filesystem 中的 inode 与 block 了。同时, 为了虚拟化与大容量磁盘, 现在的 CentOS 7默认使用大容量性能较佳的 xfs 当默认文件系统了!这也得了解一下。原创 2023-02-10 20:19:29 · 575 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:文件权限与目录配置
Linux最优秀的地方之一就在于它的多用户多任务环境.为了让各个使用者具有较保密的文件数据,因此文件的权限管理就变得很重要了.Linux一般将文件可存取的身份分为三个类别,分别是:owner/group/others.且三种身份各有read/write/execute等权限.若管理不当,你的Linux会变得很别扭另外,如果首次接触Linux的话,那么再Linux下面的这么多目录/文件,到底哪个目录/我呢见代表什么意义呢?原创 2023-02-08 02:41:35 · 315 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:初学Linux的一些基础操作
由于Linux系统使用了非同步的磁盘/内存数据传输模式,同时又是多用户多任务的环境,所以不能随便得不正常关机,关机有一定得程序错误的关机方法可能会导致磁盘数据的损毁,此外Linux有多种不同的操作模式图形接口与命令行的操作又有何不同呢?我们能否在命令行取得大量的指令说明,而不需要硬背某些指令的选项以及参数呢?原创 2023-02-07 21:45:14 · 414 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:主机规划与磁盘分区
事实上, 要安装好一部Linux主机并不是那么简单的事情, 你必须要针对distributions的特性、服务器软件的能力、、 硬件扩充性需求等等来考虑, 还得要知道等等, 都得要有一定程度的了解才行, 所以, 安装Linux并不是那么简单的工作喔!不过, 要学习Linux总得要有Linux系统存在吧?所以还是得要提前说明如何安装一部。在这一章里面, 鸟哥会介绍一下, 在开始安装Linux之前, 您应该要先思考哪些工作?好让您后续的主机维护轻松愉快啊!至少需要了解到, 这部份初学者是不可能具备的!原创 2023-02-06 01:58:18 · 455 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:简单认识Linux
众所皆知的, Linux的核心是由Linus Torvalds在1991年的时候给他开发出来的, 并且丢到网络上提供大家下载, 后来大家觉得这个小东西( Linux Kernel) 相当的小而精巧, 所以慢慢的就有相当多的朋友投入这个小东西的研究领域里面去了!所以啰, 请注意, 发生错误的时候, 请先自行以屏幕前面的信息来进行 debug( 除错) 的动作, 然后, 如果是网络服务的问题时, 请到/var/log/这个目录里头去查阅一下 log file( 登录文件) , 这样可以几乎解决大部分的问题了!原创 2023-02-06 00:29:07 · 2884 阅读 · 0 评论 -
鸟哥的Linux私房菜读书笔记:计算机概论
我们接触Linux之前,首先我们得清楚它的运作场景最底层的,肯定离不开我们的电脑,以台式机来说, 电脑的机箱里面含有什么元件?不同的电脑可以应用在哪些工作?你生活周遭有哪些电器用品内部是含有电脑相关元件的?下面我们就来谈一谈这些东西计算机其实就是:接受使用者二输入指令与数据,经由中央处理器的数学与逻辑单元运算处理之后,来产生或者储存成有用的信息,因此,只要有输入设备,以及输出设备,让你可以输入数据使该机器产生信息的,那就是一部计算机。原创 2023-02-04 22:26:48 · 441 阅读 · 2 评论 -
关于echo命令的一些记录
echo命令的一些学习笔记,稍微记录一下原创 2022-05-01 08:00:00 · 1385 阅读 · 5 评论 -
【Linux进阶】用户和组的管理(详解)
Linux中用户和组的管理,很详细原创 2022-03-26 16:59:10 · 15171 阅读 · 18 评论 -
【Linux进阶】云服务器的介绍以及登录方法
云主机的界面操控以及登录操作原创 2022-03-25 18:39:29 · 1708 阅读 · 6 评论 -
awk详解
一、awk命令 – 文本和数据进行处理的编程语言awk命令是一种编程语言,用于在linux/unix下对文本和数据进行处理。而且它支持用户自定义函数和动态正则表达式等先进功能,是linux/unix下的一个强大编程工具。1、工作原理逐行读取文本,默认以空格或tab键为分隔符进行分隔,将分隔所得的各个字段保存到内建变量中,并按模式或者条件执行编辑命令。sed命令常用于一整行的处理,而awk比较倾向于将一行分成多个“字段”然后再进行处理。awk信息的读入也是逐行读取的,执行结果可以通过print的原创 2022-03-17 22:18:30 · 4600 阅读 · 11 评论 -
Linux文本处理工具
感谢阅读!本篇博客主要介绍如下内容PS:其中的课件都是来源于我的恩师邵娇芳老师的课堂ppt,借用过来写博客她应该不会怪我吧~嘿嘿awk:文本级数据处理编程语言 可获取并打印特定内容 名字来源于。。。。awk 语法规则awk [options] -f profile file awk [options] 'program'file常用选项读取脚本的方式——————————————————————————————程序脚本中变量的各种含义.原创 2022-03-18 22:11:19 · 857 阅读 · 6 评论 -
复制-粘贴-剪切(深入Vim寄存器)Vim寄存器
Vim寄存器--Vim复制粘贴剪切最基本操作Vim中y(yank缩写,抽出的意思)键用于复制功能; p(past缩写,放置的意思)键用于粘贴功能; d(delete缩写,删除的意思)键用于剪切功能,因为vim的删除是会在缓存备份的,所以实际就是剪切功能常用的复制操作:复制选中的文本:可视模式下选中 文本后按y 复制n行:{n}yy、{n}Y、y{n}y {}内参数n是可选的,你为从当前行往下数需要复制的行数,当n为1时可省略 复制到文件末或首ygg,从当前行复制到文件尾yG 复制原创 2022-03-19 18:30:56 · 785 阅读 · 0 评论