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RSS订阅原创 [TWAS]individual-level implementation of PrediXcan（实现PrediXcan）
（下面，映射是指将基因型变异与模型变异相匹配的实现规则。:path to a sqlite(一个轻量级别数据库) file containing prediction models包含预测模型的sqlite文件的路径.must be specified with this argument.可选的。
2023-07-31 17:25:51
642
原创 [数学建模]交巡警服务平台的设置与调度；关键词_ matlab floyd算法 0-1整型规划 lingo编程 变异系数赋权法
本题讨论了如何设置交巡警服务平台、各平台的管辖范围以及警务资源调度问题。实质上是关于多目标的优化问题。根据题中所给的条件和问题提取出相关的约束条件和目标函数，建立模型。对于问题一。
2023-07-18 18:07:11
4585
原创 [GWAS]基于plink的亲缘关系质控
这里我们使用的是ped和map格式，如果ped文件中有表型数据（第六列），如果想指定表型数据，就使用–pheno参数，包括三列：家系，个体，表型值。这里讲亲子关系的移除其实不是必须要的，比如我们分析的群体里面有亲子关系的个体，想要进行分析，不需要做这一步的筛选。这里的文件是bed二进制文件，不方便查看，我们将其转化为ped文件和map文件。本篇我们要对一下具有亲子关系的个体进行过滤，然后计算类似于IBS的结果。，两个个体拥有相同的等位基因（不一定来源以同一祖先）。接着我们提取Z1大于0.9的个体。
2023-07-17 01:57:21
1294
原创 [GWAS]杂合度质控
在一群自然群体种，基因型个体的杂合度过高或者过低都是不正常的，我们需要根据杂合度来进行过滤。plink有个特点，所有的过滤标准，都可以生成过滤之前的文件，然后可以手动过滤，也可以用参数进行过滤。我们采取的做法是删除样品杂合率平均值中偏离±3 SD（sd就是标准差）的个体。去掉这两个个体之后，先对数据进行清洗，去掉引号，然后提取家系合个体ID。非自然群体中，比如自交系，杂交种F1，这些群体不需要过滤杂合度。我们从结果可以看出，这两个个体杂合度在3倍标准差之外。首先我们来查看哪些个体在3倍的标准差之外。
2023-07-17 01:28:53
486
原创 [GWAS]基于plink的（hardy-weinberg）哈温质控
一个群体是否符合这种状况，即达到了遗传平衡，也 就 是 一 对 等 位 基 因 的 3 种 基 因 型 的 比 例 分 布 符 合 公 式 ：p2+2pq+q2=1,p+q=1,(p+q)2=1.基因型MM的频率为p2,NN的频率为q2,MN的频率为2pq。而哈温平衡检验,则是根据基因型推断出理想的(AA,AT,TT)的分布,然后和实际观察的进行适合性检验,然后得到P值,根据P值进行筛选.即P值越小,说明该位点越不符合哈温平衡。对于一个位点"AA AT TT",其中A的频率是基因频率,AA为基因型频率.
2023-07-16 23:41:40
399
原创 [GWAS]plink基因数据性别质控并用R作图
本篇主要针对人类性别的信息的质控,主要是根据性染色体上SNP的比值,判断性别,然后把性别错误的个体去掉或者更改性别信息.对其他的物种参考意义不大,因为在动物中一般会把性别信息的SNP去掉。然后将相关错误的ID提取出来(家系ID,个体ID),之所以提取家系ID和个体ID,因为plink有参数remove可以根据ID进行筛选.我们从图中可以看出,woman中,大部分都是小于0.2的,有一个为1,这个应该是错误的ID。plink自身也有–check-sex的参数,所以操作一下,留下笔记。接着我们检查性别冲突。
2023-07-16 13:49:50
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原创 最短路径算法(Dijstra)
依据：可以证明V0到T中顶点Vk的最短路径，或是从V0到Vk的 直接路径的权值；在上面无向图，要求从点A到点D的最短路径， 每 相邻2点之间距离已标注在路径之间，如点A、B之间距离为2。保证：1）从源点V0到S中各顶点的最短路径长度都不大于 从V0到T中任何顶点的最短路径长度。T中顶点：从V0到此顶点的只包括S中顶点作中间 顶点的最短路径长度。2）每个顶点对应一个距离值。将T中顶点按最短路径递增的次序加入到S中。S中顶点：从V0到此顶点的最短路径长度。（1）S：已求出最短路径的顶点的集合。
2023-07-05 16:11:03
155
原创 图论(附带欧拉通/回路和哈密顿通/回路算法)
图论起源于 18 世纪。第一篇图论论文是瑞士数学家欧拉于 1736 年发表的“哥尼斯堡的七座桥”。1847 年，克希霍夫为了给出电网络方程而引进了“树”的概念。1857年,凯莱在计数烷CnH 2n+2 的同分异构物时，也发现了“树”。哈密尔顿于 1859 年提出“周游世界”游戏，用图论的术语，就是如何找出一个连通图中的生成圈、近几十年来，由于计算机技术和科学的飞速发展，大大地促进了图论研究和应用，图论的理论和方法已经渗透到物理、化学、通讯科学、建筑学、运筹学，生物遗传学、心理学、经济学、社会学等学科中。
2023-07-05 14:19:29
1879
原创 [免疫学]免疫器官和组织
黄骨髓:含有大量脂肪组织,没有直接造血的功能,但是当红骨髓缺乏的时候(动手术,大出血),可以重新组成红骨髓。病原体抗原一定会挑薄弱的地方入手,但当他进入M细胞中,会惊恐得发现有一系列的免疫细胞在等着他。这里有输入淋巴管,但它不是给血液中的淋巴细胞用的,而是给组织中的淋巴细胞用的.所有血管中的细胞都是只出不进的,从血管到组织是很容易的,但不能从组织穿过血管。毛细血管中的一种,形状不规则,内皮细胞之间有较大的间隙。棕色的就是感染的小鼠的淋巴结细胞切片中的次级淋巴滤泡。脾脏和淋巴结的功能是相互补充的.
2023-05-28 21:21:12
1121
原创 选择排序概览
选择排序的主要优点与数据移动有关。如果某个元素位于正确的最终位置上，则它不会被移动。选择排序每次交换一对元素，它们当中至少有一个将被移到其最终位置上，因此对n个元素的表进行排序总共进行至多n-1次交换。在所有的完全依靠交换去移动元素的排序方法中，选择排序属于非常好的一种。希望能帮到你。
2023-05-27 12:08:50
523
原创 冒泡排序概览(java+R_优化以及双向冒泡代码)
排序的含义:对含有多个记录的文件进行整理，最终使得各个记录按关键字递增( 或递减)的次序排列起来。这个整理的过程称为排序。
2023-05-27 10:45:44
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原创 散列表(哈希表)
缺点：能使第i个哈希地址的同义词存入第i+1个地址，这样本应存入第i+1个哈希地址的元素变成了第i+2个哈希地址的同义词，……以关键字的平方值的中间几位作为存储地址,求"关键字的平方值"的目的是"扩大差别",同时平方值的中间各位又能收到整个关键字中各个位数的影响。基本思想:将所有散列地址相同的记录,即所有同义词的记录存储再一个单链表中(称为同义词子表),在散列表中存储的是所有同义词子表的头指针。基本思想:有冲突时就去寻找下一个空的哈希地址,只要哈希表足够大,空的哈希地址总能够找到,并且将数据元素存入。
2023-05-26 23:01:45
872
原创 数据结构之数组高阶
用一个三元组(i,j,aij)来表示稀疏矩阵中的一个非零元素aij,将表示稀疏矩阵中所有非零元素的三元组按行优先的原则顺序排列，得到一个其结点均为三元组的线性表，该表称为三元组表（结构组）。7)如果规定任何表都是有名字的，为了即表明每个表的名字，又说明它的组成，则可以在每个表的前面冠以该表的名称。,an)构成的表称为LS的表尾。6)表是递归定义的，一个表的深度定义为表展开后所含括号的层数.D=(A,B,C )
2023-05-26 22:03:26
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原创 [遗传学]转座因子的结构与功能
本篇文章主要带你了解:转座因子的发现和分类;原核生物以及真核生物种的转座子;转座作用的分子机制以及转座因子的遗传学效应和应用.🧬。
2023-05-16 21:45:59
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原创 [免疫学]抗原递呈详解
既然你已经知道是如何被提呈的以及为什么由 MHCⅠ类和Ⅱ类分子来介导传递？我们有必要将注意力移向那些“核查”两类抗原提呈过程的细胞——辅助 T细胞和 CTL。这些细胞是如何与被提呈抗原相互作用的，将在下一讲中加以讨论。下图包含了抗原提呈细胞及其 MHC 和 B7 分子。
2023-05-14 14:29:16
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原创 一篇你看得懂的SNP
指的是由单个核苷酸—A,T,C或G的改变而引起的DNA序列的改变，造成包括人类在内的物种之间染色体基因组的多样性。是指在基因组上单个核苷酸的变异，包括转换、颠换、缺失和插入，形成的遗传标记。通过全基因组或者外显子测序数据与参考基因组序列做比较，结合以后的SNP数据库信息，分析已有的SNPs，或者挖掘新的SNPs。由于基因序列的简并性，含有编码序列的单核苷酸多态性（SNP）不一定会改变蛋白的氨基酸序列。1、SNP具有已知性、可遗传性、可检测性，可用于疾病基因的定位、克隆和鉴定，寻找疾病相关的突变位点。
2023-04-29 23:03:53
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原创 [遗传学]近亲繁殖与杂种优势
人类的镰刀形血红蛋白杂合体(HbA/HbS)的红细胞中同时存在着两种血红蛋白:成人血红蛋白(HbA)和刀形细胞血红蛋白 (HbS)。(heterosis )是指两个遗传组成不同的亲本杂交产生的杂种一代(F1)，在生长势、生活力、繁殖力、适应性以及产量和品质等性状上比双亲优越的现象。在图6-8通径图中由X←A→Y及由 X←B→Y 两条通径链连接X、Y两个特定个体，一条经过共同祖先A，另一条经过共同祖先B，而A、B两个个体。在AA × AA，aa × aa交配类型→产生的子代的基因型(或表型)全部都是。
2023-04-29 15:15:35
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原创 数量形状遗传率及计算方法
例如，有人调查先天性房间隔缺损在一般群体中的患病率为1/1000(0.1%)，在100个先证者的家系中调查，先证者的一级亲属共有669人(双亲200人，同胞279人，子女190人)，其中有22人发病，例如，对躁狂抑郁性精神病的调查表明，在15对单卵双生子中，共同患病的有10对;在群体中，某数量性状的遗传变异属于总的表型变异的一部分表型变异的其余部分是环境变异。总的表型方差可剖分为。(monozygotictwin，MZ)是由一个受精卵形成的两个双生子，他们的遗传基础理论上是完全相同的，其个体差异主要由。
2023-04-29 14:23:29
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原创 数量性状基因座QTL及其作图
在QTL的区间定位中，需要计算出某QTL在两个相邻的分子标记区间中各位置的LOD值，而LOD值是似然比L/L的常用对数来表示的，即。由于自交的遗传效应使纯合个体增多，杂合个体减少，最后获得家系内基因型纯合稳定一致、家系间基因型不同的RILS永久性群体是研究分子标记的理想材料。经典的数量遗传分析方法 ->只能分析控制数量性状表现的众多基因的综合遗传效应,无法准确鉴别基因的数目、单个基因在染色体上的位置和遗传效应。在检测作图群体的每个个体的标记基因型值的同时，测定其数量性状值。将每个个体的数量性状。
2023-04-29 12:53:59
6283
原创 病毒的遗传分析
1个噬菌斑大约含有107个噬菌体，它们起源于同一个噬菌体是噬菌体反复侵染、裂解细菌后产生的噬菌体后代，因此有相同基因型。通过观察菌斑的形态来鉴别噬菌体的基因型。噬菌体突变影响生活周期，会产生不同噬菌斑。噬菌斑是噬菌体感染宿主细菌后，在细菌涂布平板培养基中形成的，肉眼可见的透明圈.:不同突变之间无互补的功能区域，即该区域是一个独立的功能单位，是基因的同义词。
2023-04-27 19:24:36
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原创 R—读取数据（导入csv,txt,excel文件）
read.table函数：read.table函数以数据框的格式读入数据，所以适合读取混合模式的数据，但是要求每列的数据数据类型相同。一般这些参数足够使用，但是当导入大量数据时可能吃不消，下面一些参数可能有所帮助（其他用途当然也可以）。读取大量数据时，在不加内存的情况下预先分配内存是很好的选择。首先reaadLines函数可以获得数据的行数（注意L为大写）。先判断数据量。：返回一个向量。当读取的数据为同一模式时，scan是最佳方式，默认读取数值型数据。若想读取其他类型，使用what=参数指定。
2023-04-24 18:52:02
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原创 [笨鸟学matlab](第一话)零基础三个项目带你上手App designer
它就是一开发app的,哥直接pass噢等一下,补一句,它这个是2016a之后的版本才有的,之前是叫GUIDE,这点要注意。
2023-03-17 21:32:46
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原创 matlab中appdesigner的ValueChangedFcn & ValueChangingFcn有什么区别
如果仔细阅读文档，会注意到一个微妙的差异。valuechangedFcn在用户完成与对象的交互时执行，这意味着它只在用户释放滑块中的nob时触发，而不是在每次移动时触发。就是说,这个changingFcn就是你的调控每时每刻都会影响其他组件的变化,比如这个Knob的调节,你一边调,下面的label也跟着一起变化,但是如果设定的是changedFcn的话,那么它的变化就会随着你鼠标的松开而变化,比如你调节你的Knob,但是下面的数字框内的数值只会在你鼠标松开的那一瞬间捕捉到数值并表示出来.
2023-03-13 23:48:53
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原创 [SQL]增删查改语法概览
本身独立存在的表SQL中一个关系就对应一个基本表一个(或多个)基本表对应一个存储文件一个表可以带若干索引SQL的数据定义功能：定义数据库、基本表、视图和索引语法:CREATE DATABASE [IF NOT EXISTS] 定义数据库实际上定义了一个命名空间.在这个空间中可以定义各种数据库对象,例如基本表,视图,索引等如果没有IF NOT EXISTS选项,在创建一个已经存在的数据库时会出现报错语法:CREATE TABLE
2023-02-27 19:26:35
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原创 Java文件操作和I/O
BufferedReader 对象创建后，我们便可以使用 read() 方法从控制台读取一个字符，或者用 readLine() 方法读取一个字符串。每次调用 read() 方法，它从输入流读取一个字符并把该字符作为整数值返回。为了获得一个绑定到控制台的字符流，你可以把 System.in 包装在一个 BufferedReader 对象中来创建一个字符流。也可以使用一个文件对象来创建一个输入流对象来读取文件。write() 方法不经常使用，因为 print() 和 println() 方法用起来更为方便。
2023-02-16 21:29:52
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:文件系统的简单操作
这是因为如果使用hard link 链接到目录时， 链接的数据需要连同被链接目录下面的所有数据都创建链接， 举例来说， 如果你要将 /etc 使用实体链接创建一个 /etc_hd 的目录时， 那么在 /etc_hd 下面的所有文件名同时都与 /etc 下面的文件名要创建 hard link 的， 而不是仅链接到 /etc_hd 与 /etc 而已。并且， 未来如果需要在 /etc_hd 下面创建新文件时， 连带的， /etc 下面的数据又得要创建一次 hard link ， 因此造成环境相当大的复杂度。
2023-02-10 20:21:22
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:Linux磁盘与文件系统管理
系统管理员很重要的任务之一就是管理好自己的磁盘文件系统， 每个分区不可太大也不能太小， 太大会造成磁盘容量的浪费， 太小则会产生文件无法储存的困扰。前面谈到的文件权限与属性中， 这些权限与属性分别记录在文件系统的哪个区块内？这就得要谈到 filesystem 中的 inode 与 block 了。同时， 为了虚拟化与大容量磁盘， 现在的 CentOS 7默认使用大容量性能较佳的 xfs 当默认文件系统了！这也得了解一下。
2023-02-10 20:19:29
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:文件权限与目录配置
Linux最优秀的地方之一就在于它的多用户多任务环境.为了让各个使用者具有较保密的文件数据,因此文件的权限管理就变得很重要了.Linux一般将文件可存取的身份分为三个类别,分别是:owner/group/others.且三种身份各有read/write/execute等权限.若管理不当,你的Linux会变得很别扭另外,如果首次接触Linux的话,那么再Linux下面的这么多目录/文件,到底哪个目录/我呢见代表什么意义呢?
2023-02-08 02:41:35
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:初学Linux的一些基础操作
由于Linux系统使用了非同步的磁盘/内存数据传输模式,同时又是多用户多任务的环境,所以不能随便得不正常关机,关机有一定得程序错误的关机方法可能会导致磁盘数据的损毁,此外Linux有多种不同的操作模式图形接口与命令行的操作又有何不同呢?我们能否在命令行取得大量的指令说明,而不需要硬背某些指令的选项以及参数呢?
2023-02-07 21:45:14
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:主机规划与磁盘分区
事实上， 要安装好一部Linux主机并不是那么简单的事情， 你必须要针对distributions的特性、服务器软件的能力、、 硬件扩充性需求等等来考虑， 还得要知道等等， 都得要有一定程度的了解才行， 所以， 安装Linux并不是那么简单的工作喔！不过， 要学习Linux总得要有Linux系统存在吧？所以还是得要提前说明如何安装一部。在这一章里面， 鸟哥会介绍一下， 在开始安装Linux之前， 您应该要先思考哪些工作？好让您后续的主机维护轻松愉快啊！至少需要了解到， 这部份初学者是不可能具备的！
2023-02-06 01:58:18
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:简单认识Linux
众所皆知的， Linux的核心是由Linus Torvalds在1991年的时候给他开发出来的， 并且丢到网络上提供大家下载， 后来大家觉得这个小东西（ Linux Kernel） 相当的小而精巧， 所以慢慢的就有相当多的朋友投入这个小东西的研究领域里面去了！所以啰， 请注意， 发生错误的时候， 请先自行以屏幕前面的信息来进行 debug（ 除错） 的动作， 然后， 如果是网络服务的问题时， 请到/var/log/这个目录里头去查阅一下 log file（ 登录文件） ， 这样可以几乎解决大部分的问题了！
2023-02-06 00:29:07
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原创 鸟哥的Linux私房菜读书笔记:计算机概论
我们接触Linux之前,首先我们得清楚它的运作场景最底层的,肯定离不开我们的电脑,以台式机来说， 电脑的机箱里面含有什么元件？不同的电脑可以应用在哪些工作？你生活周遭有哪些电器用品内部是含有电脑相关元件的？下面我们就来谈一谈这些东西计算机其实就是:接受使用者二输入指令与数据,经由中央处理器的数学与逻辑单元运算处理之后,来产生或者储存成有用的信息,因此,只要有输入设备,以及输出设备,让你可以输入数据使该机器产生信息的,那就是一部计算机。
2023-02-04 22:26:48
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原创 [数字信号处理]时域中的离散时间信号和系统
离散时间信号是定义在的时间离散值上，且在这些离散时间上的信号振幅值是连续的。离散时间系统则是输入为离散时间信号输出也是离散时间信号的系统。对于（LTI）系统来说，我们可以发现LTI系统与该系统的冲激响应序列是完全等价的。因此在线性时不变条件下（大多数实际系统都能近似为LTI的），离散时间信号与离散时间系统实际是一致的，他们最后都是落脚于研究序列的时域和频域性质。那么，本章我们将首先介绍。
2023-01-13 20:16:43
1869
TWASindividual-level implementation of PrediXcan（实现PrediXcan）
2023-07-31
LibrarySystem.zip
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