20、处理Affymetrix数据：从基础操作到预处理

处理Affymetrix数据：从基础操作到预处理

1. 关于Affymetrix数据文件

Affymetrix数据文件有多种类型， affyread 函数可读取以下几种：
- DAT文件 ：包含芯片扫描仪的原始图像数据。
- CEL文件 ：存储单个探针的强度值信息。
- CHP文件 ：包含探针集的相关信息。
- EXP文件 ：包含实验条件和协议的信息。
- CDF和GIN库文件 ：CDF文件记录哪些探针属于哪个探针集，GIN文件包含探针集相关的基因名称等信息。

你可以从Affymetrix支持网站下载示例数据文件，多数数据集存储在DTT存档中，需安装Data Transfer Tool来提取DAT、CEL和CHP文件。

2. 下载大肠杆菌反义数据集和库文件

• 下载数据集 ：从 Demo_Data_E-coli-antisense.zip 下载大肠杆菌反义基因组阵列的示例数据文件（DAT、CEL、CHP），使用Data Transfer Tool从DTT存档中提取数据文件，并设置变量 exampleDataDir 为提取路径，例如：

exampleDataDir = 'C:\Examples