V.PhyloMaker：维管束植物系统发育树构建实践

V.PhyloMaker，R软件包，用于生成维管束植物的系统发育树。V.PhyloMaker中实现的巨型树（即GBOTB.extended.tre），包括现存维管植物的74 533个物种和所有科，拥有较为完整的维管植物系统发育框架。V.PhyloMaker可以为非常大的物种列表生成系统发育（测试的最大物种列表包括314 686个物种）。

链接: V.PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants.

1 加载包：

library("picante")

library("V.PhyloMaker")

library("plantlist")

2 导入物种矩阵

data<- read.table("C:/Users/HUAWEI/Desktop/xxx.csv", header = TRUE, sep = "\t", row.names = 1)

3 TPL查询物种阶元信息

species_list <- rownames(data)

sp_lis <- subset(TPL(species_list),select = c("YOUR_SEARCH", "POSSIBLE_GENUS", "FAMILY"))

colnames(sp_lis) <- c("species", "genus", "family")

4 phylo.maker构建系统发育树

sp_tree <- phylo.maker(sp.lis=sp_lis) #

sp_tr <- sp_tree$scenario.3

5 导出系统发育树

write.tree(sp_tr, "D:/xxx.tre")

参考

Jin, Y., & Qian, H. (2019). V. PhyloMaker: an R package that can generate very large phylogenies for vascular plants. Ecography, 42(8), 1353-1359.