分子动力学
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初尝分子动力学(药学方向)
贺俊宏
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MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析
MMPB/GBSA结合自由能计算以残基贡献度分析1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介2.输入文件准备2.1 拓扑文件处理2.2 mmpbsa.in的编译运行程序绘图1.MMPB/GBSA结合自由能计算简介在运行完MD之后,毫无疑问需要对其进行分析.其中结合自由能计算就是必不可少的一部分:配体和受体的游离态到结合态之间存在一个能量差,用这个能量差可以衡量两者结合的亲密度.下图是结合MMGBSA的原理,其将结合自由能分为了分子力学能Emm,(范德华力Evdw,静电相互作用Eele),溶剂化自由能(Gs原创 2021-02-01 20:51:16 · 10660 阅读 · 9 评论 -
AMBER:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题
记录笨比生活又一天输入文件rms.in设置运行cpptraj遇到的问题1.cpptraj不输出结果2.空格的问题Tofirst:[空格]1-249&!@H= firstTofirst[空格]:1-249&!@H= first输入文件rms.in设置parm XXXXX.prmtop #载入拓扑文件trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件 rms ToFirst :1-13&!@H= first out rmsd2.agrrun运行cpptrajcp原创 2020-07-10 16:52:30 · 3739 阅读 · 2 评论 -
AMBER:UBUNTU18.04安装编译AMBER18的过程和遇到的问题与解决
实验室新到了服务器,备有Tesla V100 GPU,并准备未来用于跑分子动力学.记录一下编译AMBER18的整个历程.原创 2020-06-23 14:40:05 · 5937 阅读 · 4 评论 -
AMBER:处理不规则残基中遇到的问题
amber对于蛋白中的残基可以进行处理,但是Amber的标准氨基酸残基库不包含含非标准残基的原子类型和电荷. 但它们是任何分子力学模拟都必需的.所以需要单独构建残基文件,推导非标准残基的原子电荷并判定其原子类型至于如何判断蛋白中是否存在非标准残基,除开依据经验对pdb文件进行审查之外.,就是查看导入蛋白之后报的错误了.Loading PDB file: ./5ds3_pre.pdb/public1/soft/amber/18-parallel-new/amber18/bin/teLeap: Warn原创 2020-06-03 11:51:54 · 3721 阅读 · 10 评论 -
AMBER:运行分子动力学中vmd的使用教程
标题转载来源于 san’s note来自于大佬的个人博客 写得很详细.对初学者的我帮助很大本教程旨在向您介绍如何将VMD与AMBER一起使用,介绍如何加载AMBER轨迹文件和inpcrd文件以及如何处理数据。它并非旨在全面涵盖VMD中存在的所有许多功能。一、介绍可视分子动力学(VMD),可从 http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/ 获得,它是一种功能强大且...转载 2020-04-01 17:31:47 · 14934 阅读 · 1 评论 -
#AMBER 分子动力学软件Amber18介绍与基础教程(持续更新)
Amber是由多模块所组成的分子动力学软件,其工作流主要如下:其中又分为:1.系统预处理预处理(pdb预处理,LEAP,antechamber和gaff等)2.运行动力学模拟(sander,pmemd等)3.结果分析(mdout_analyzer.py,MMPBSA,cpptraj,FEW等)1.系统预处理:> 首先,进行分子动力学模拟我们需要对手中的pdb格式的3D蛋白质,...原创 2020-03-19 22:20:19 · 12920 阅读 · 8 评论