AMBER:使用Cpptraj计算RMSD 以及使用中遇到的问题

最新推荐文章于 2024-04-19 09:41:46 发布
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分类专栏： 分子动力学 文章标签： AMBER 分子动力学
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记录笨比生活又一天

输入文件rms.in设置

parm XXXXX.prmtop   #载入拓扑文件
trajin XXXX_prod.nc #载入轨迹文件 
rms ToFirst :1-13&!@H= first out rmsd2.agr
run

在这里插入图片描述

运行cpptraj

cpptraj -i rms.in

遇到的问题

1.cpptraj不输出结果

rms.in文件中应该加入run命令
这个还好 一下就看出了来

2.空格的问题

反复报这个错,人都疯了
在这里插入图片描述
最后!发现竟然是我一个空格写错了!!!

写成了

Tofirst:[空格]1-249&!@H= first

而实际上应该是

Tofirst[空格]:1-249&!@H= first

ps:自己何时才能改掉粗心大意的毛病

贺俊宏
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基博的博客
06-21 1683
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