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RSS订阅原创 Rtoos与R
Rtools工具对于某些包的安装来说是必须的，如果安装R包时出现“没有make”这样的报错，可能就是没有Rtools导致。例如安装devtools包就必须需要Rtools。Rtools的安装方法有很多，包括exe+环境变量、installr包安装等。
2022-10-10 14:14:57
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原创 关于color space测序的样本处理+代码
虽然SOLID测序数据已经非常少见了，但偶尔研究人员会有分析的需要，现有的许多方法和工具都是基于basespace的，在这里想记录一下对于colorspace的处理方法及注意事项。一般来讲，有两种处理colorspace文件的方式。一是转成BS的fastq格式，这样一来就可以使用我们熟悉的分析工具进行分析，二是使用专门处理CS的软件进行align，比较常见的是fastqc,cutadap，SHRiMP，sequel和BFAST ，bowtie等等。虽然第一种方法存在，但由于CS数据本身的缺陷，即它表示的意
2021-10-11 10:59:15
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原创 关于prefetch下载Sra数据报错
其实我自己使用prefetch工具以来，遇到的错误并不多，大多是由于网络环境导致的，在网络上查询也可以看出，大多数情况下prefetch的问题还是出在网络环境上。但有些问题并非由于网络引起，而是自己数据的问题。我在批量下载约100个数据时，遇到的报错信息如下：报错提供了3个信息点：无法获取到SRRid，即prefetch无法识别txt文件中给出的id信息。虽然大多数样本无法下载，但仍有几个可以正常下载。虽然在脚本中不可下载，但手动输入prefetch SRR123456没有问题。这个问题着
2021-10-11 10:28:06
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原创 动作电位的产生和动作电位的长距离高速传导
作者：生物流链接：https://www.zhihu.com/question/20776635/answer/937615510来源：知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。动作电位神经元的静息状态形象的说，大脑是一锅离子粥，钠离子、钾离子、钙离子等充斥其中。细胞膜是一张柔软却绝缘的磷脂膜，它从这锅离子粥中舀出一瓢，然后密封起来，就形成了一个个神经元和其他类型的脑细胞。但细胞膜不仅仅是绝缘这么简单，它上面镶嵌着各种各样的“奇珍异宝”，其中一件叫钠钾泵。钠钾泵在能量
2021-03-16 09:11:49
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原创 差异表达基因提取limma+WGCNA分析全代码
#数据提取#GE<-read.table('TCGA-COAD.htseq_counts.tsv',header=T,sep='\t',stringsAsFactors = F)#60488*513 512个样本,其中对照组41个# group_data<-data.frame(colnames(GE)[-1])group<-rep('tumor',512)group[grep("11A", colnames(GE)[-1], ignore.case = FALSE, perl
2021-03-11 10:27:17
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原创 GEO数据库数据下载方法总结
#GEO数据下载GEO是生信分析经常用到的数据库。经常需要从中获取表达矩阵，平台信息，meta信息等，本博文总结了几种下载GEO数据的方法，各有优劣，实际应用过程中自行选择适合自己的。##方法一：直接从浏览器中下载以数据集GSE1001为例，可以直接点击“Series Matrix Files”获取该样本txt格式的表达谱数据，一般我们认为这种处理过的表达谱数据是没有问题的，当然，具体情况具体分析。打开下载的文件可以看到许多“#”开头的行，这些是注释信息，一般关注这些注释信息中的“data pr
2021-03-11 10:23:52
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原创 关于NGS中“depth”和“coverage”的理解
一直不理解“深度”Depth"和覆盖度“Coverage”的概念，最近在BioStar上找到了这样一篇Nature Review上的关于这两个概念的介绍，以下是从paper中摘录的内容。Genomics is extending its reach into diverse fields ofbiomedical research from agriculture to clinical diagnostics. Despite sharp falls in recent years, sequenc
2020-11-12 23:12:50
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原创 WGCNA分析学习
提示：文章写完后，目录可以自动生成，如何生成可参考右边的帮助文档文章目录前言 一、pandas是什么？ 二、使用步骤 1.引入库 2.读入数据 总结前言WGCNA（Weighted Correlation Network Analysis）是一个基于基因表达网络权重构建，描述基因表达的关联模式的R包。简单来说，就是一种基于网络的计算基因间表达的相关性的方法，网络上关于该方法相关原理的解释有很多，本博客主要描述具体做法，不再对原理进行详细讲解。提示：以下是本..
2020-10-03 09:06:00
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原创 基于VMware的Ubuntu_linux系统安装
这里是于中中的频道~基于VMware的Ubuntu_linux系统安装最近课题需要用到linux系统，最终在WIN10自带的Ubuntu子系统和虚拟机之间选择了虚拟机.WIN 10下Linux子系统我没有实际使用过这个子系统，调查过后个人认为可以把它看作虚拟机的简化版，它不是图形化界面而是命令行界面，可以直接读取windows文件，速度快，降低了平台切换的成本，但个人感觉对不太熟悉linux命令的新手不太友好。安装所用软件1.虚拟机下载：常见的虚拟机软件有 VMware Workstation（
2020-08-17 20:33:41
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空空如也
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