使用Rcircos绘制基因组坐标图出现基因坐标溢出的解决方法

最近需要绘制一条通路的基因组坐标圈图，用Rcircos包绘制发现总是说基因的坐标超出染色体示意图最大范围。原因是我在制作通路基因位置矩阵时使用的参考基因组是ENCOE的hg38，而Rcircos内置的人类参考基因组是hg19。
由于Rcircos要求染色体坐标矩阵必须要有p臂或q臂的具体位置和stain信息，所以选择更简单的替换通路基因的参考基因组，从UCSC下载了hg19的refGene.txt文件，注意考虑到储存大小的问题UCSC没有直接的gtf注释文件，需要使用UCSC的一个小工具解决，如下：

输出的gtf文件可以用rtracklayer R包导入R进行处理。