Android Studio Apply Code Changes Manifest ‘AndroidManifest.xml‘ was modified.

具体问题

解决方法：

检查是否有插件或者库在构建的时候修改了AndroidManifest.xml,具体是在build过程中Task中运行时的 gradle 任务process{buildVarient}Manifest将始终更新合并清单的最后修改值。通常，如果清单文件中没有任何更改，则 gradle 会跳过该任务，在Task该行最后有UP-TO-DATE。如果相关文件被修改后，就没有UP-TO-DATE。所以在build文件里干掉相关的库或者插件就好了。
如果实在找不到。可以添加下面的内容，直接跳过修改Manifest的Task，这种情况下，如果真的修改了Manifest文件，就不行了（虽然本来也不能）。

tasks.whenTaskAdded {task ->
    if(task.name.contains("Manifest")) {
        task.enabled = false
    }
}

然后重新构建，窗口里可以发现，Task列表里没有了那几个任务。

这个问题在外网有过讨论，赞最多的回答是因为有一个插件，在构建的时候修改了了清单文件。

参考链接