Docker启动Orthanc

简介

用于Orthanc核心及其官方插件的Docker映像可在DockerHub平台上免费获得。相应的Docker映像的源代码可在GitHub上获得。

关于Orthanc与Osimis Docker映像的注意事项：

• 此页面上描述的jodogne/orthanc和jodogne/orthanc-pluginsDocker映像始终与Orthanc项目的最新版本保持同步，并具有从Debian软件包继承的基本配置系统（即，配置文件的手动版本）。
• 我们的商业合作伙伴Osimis还发布了单独的Docker映像。osimis/orthancOsimis的技术团队使用这些图像，以便通过可通过环境变量（如果使用则非常方便docker-compose）进行调整的配置系统为其客户提供专业支持。这些图像不一定总是与Orthanc项目同步，但是它们还包含由Osimis编辑的插件，尤其是Osimis Web查看器（比Orthanc Web查看器先进得多）和高级授权插件。

给CentOS用户的注释：可能很难在平台上配置Docker环境。提示可在Orthanc用户讨论组中找到。

运行Orthanc内核

以下命令将启动Orthanc的核心，并禁用所有插件：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm jodogne/orthanc

Orthanc运行后，请使用URL http：// localhost：8042 /的 Mozilla Firefox 与Orthanc进行交互。默认用户名是orthanc，密码是orthanc。

上面的命令将启动Orthanc的主线版本，其开发正在进行中。不要忘记定期更新Docker映像以利用最新功能：

$ sudo docker pull jodogne/orthanc

如果需要更高的稳定性，则可以选择运行Orthanc的正式版本：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm jodogne/orthanc:1.5.7

可以通过以下方式传递其他命令行选项（例如，使Orthanc变得冗长）（请注意/etc/orthancOrthanc查找其配置文件所需的选项）：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm jodogne/orthanc /etc/orthanc --verbose

用法，启用了插件

以下命令将运行Orthanc内核的主线版本，以及其Web查看器， PostgreSQL支持，DICOMweb实现和全幻灯片成像查看器：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm jodogne/orthanc-plugins

微调配置

出于安全原因，您至少应通过在RegisteredUsers 配置选项中更改此默认用户来保护Orthanc实例。您可能还需要微调其他参数，尤其是Orthanc知道的DICOM模式列表。

您可以为Orthanc生成自定义配置文件，如下所示：

$ sudo docker run --rm --entrypoint=cat jodogne/orthanc /etc/orthanc/orthanc.json > /tmp/orthanc.json

然后，编辑刚刚生成的文件，/tmp/orthanc.json并使用更新后的配置重新启动Orthanc：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm -v /tmp/orthanc.json:/etc/orthanc/orthanc.json:ro jodogne/orthanc

使Orthanc数据库具有持久性

Docker容器的文件系统是易失性的（一旦容器停止，其内容将被删除）。您可以通过将/var/lib/orthanc/db容器的文件夹映射到Linux主机文件系统中的某个路径来使Orthanc数据库持久化，例如：

$ mkdir /tmp/orthanc-db
$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm -v /tmp/orthanc-db/:/var/lib/orthanc/db/ jodogne/orthanc:1.5.7

整个滑动成像支撑

该orthanc-plugins图像包括对微观全幻灯片成像（WSI）的支持。例如，以下命令将与Orthanc一起透明地启动WSI查看器插件：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm --name orthanc-wsi jodogne/orthanc-plugins

请注意，我们orthanc-wsi为这个新的Docker容器命名。然后，可以按以下方式调用Dicomizer命令行工具：

$ sudo docker run -t -i --rm --link=orthanc-wsi:orthanc --entrypoint=OrthancWSIDicomizer -v /tmp/Source.tif:/tmp/Source.tif:ro jodogne/orthanc-plugins --username=orthanc --password=orthanc --orthanc=http://orthanc:8042/ /tmp/Source.tif

此命令需要一些解释：

• --link=orthanc-wsi:orthanc 将运行Dicomizer的容器链接到我们刚刚开始运行Orthanc的Docker容器。
• --entrypoint=OrthancWSIDicomizer 指定必须运行Dicomizer而不是Orthanc服务器。
• -v /tmp/Source.tif:/tmp/Source.tif:ro将/tmp/Source.tif主机上的源映像作为只读文件映射 到Orthanc容器中/tmp/Source.tif。
• --orthanc=http://orthanc:8042/指示Dicomizer通过--link上面创建的图像推送图像。
• --username=orthanc --password=orthanc对应于orthanc-plugins图像的默认凭据。

显然，您可以随意添加所需的所有选项（签出 --help标记以列出这些选项）。特别是，该 --dataset选项允许以JSON文件格式指定DICOM标签，以便将它们包括在生成的DICOM系列中（该选项会--sample-dataset打印具有预期格式的示例JSON文件）。

如果源图像不是分层TIFF，则必须通过添加以下选项来指示Dicomizer使用OpenSlide对其进行解码--openslide：

$ sudo docker run -t -i --rm --link=orthanc-wsi:orthanc --entrypoint=OrthancWSIDicomizer -v /tmp/Source.svs:/tmp/Source.svs:ro jodogne/orthanc-plugins --username=orthanc --password=orthanc --orthanc=http://orthanc:8042/ --openslide=libopenslide.so /tmp/Source.svs

PostgreSQL和泊坞的Orthanc里面

可以在Docker中同时运行Orthanc和PostgreSQL。首先，启动正式的PostgreSQL容器：

$ sudo docker run --name some-postgres -e POSTGRES_USER=postgres -e POSTGRES_PASSWORD=pgpassword --rm postgres

打开另一个外壳，并创建一个数据库来托管Orthanc数据库：

$ sudo docker run -it --link some-postgres:postgres --rm postgres sh -c 'echo "CREATE DATABASE orthanc;" | exec psql -h "$POSTGRES_PORT_5432_TCP_ADDR" -p "$POSTGRES_PORT_5432_TCP_PORT" -U postgres'

您将必须输入密码（请参见POSTGRES_PASSWORD设置为的上方的环境变量 pgpassword）。然后，获取PostgreSQL容器的IP和端口以及默认的Orthanc配置文件：

$ sudo docker inspect --format '{{ .NetworkSettings.IPAddress }}' some-postgres
$ sudo docker inspect --format '{{ .NetworkSettings.Ports }}' some-postgres
$ sudo docker run --rm --entrypoint=cat jodogne/orthanc-plugins /etc/orthanc/orthanc.json > /tmp/orthanc.json

将以下部分添加到/tmp/orthanc.json（使值Host和Port适应上面的Docker检查的内容）：

"PostgreSQL" : {
  "EnableIndex" : true,
  "EnableStorage" : true,
  "Host" : "172.17.0.38",
  "Port" : 5432,
  "Database" : "orthanc",
  "Username" : "postgres",
  "Password" : "pgpassword"
}

最后，您可以启动Orthanc：

$ sudo docker run -p 4242:4242 -p 8042:8042 --rm -v /tmp/orthanc.json:/etc/orthanc/orthanc.json:ro jodogne/orthanc-plugins

调试

出于调试目的，您可以按以下方式启动交互式bash会话：

$ sudo docker run -i -t --rm --entrypoint=bash jodogne/orthanc
$ sudo docker run -i -t --rm --entrypoint=bash jodogne/orthanc-plugins

对于开发人员和高级用户，映像jodogne/orthanc-debug 包含以调试模式编译的Orthanc内核（即，启用了运行时断言，并包括调试符号）。一个gdb 命令行会话启动，如下所示：

$ sudo docker run -i -t --rm --entrypoint=bash --network=host --cap-add=SYS_PTRACE -p 4242:4242 -p 8042:8042 jodogne/orthanc-debug
# gdb --args Orthanc /etc/orthanc/ --verbose

可以通过以下方式自动捕获异常gdb：

# gdb --ex 'catch t' --ex r --ex bt --args ./Orthanc /etc/orthanc/ --verbose

注意：

• 该插件在该图像中尚不可用。
• Orthanc源代码可以在文件夹中找到/root/orthanc。
• 可以在文件夹中找到构建工件/root/orthanc/Build。
• 此命令启动主线版本。要启动发行版本，请使用例如jodogne/orthanc-debug:1.5.7。
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