分子动力学软件安装指南-CSDN博客

本文链接：https://blog.csdn.net/sheep_xia/article/details/147897321

分子动力学软件安装指南

gromacs安装
- 1.windows系统下gromacs-2020.6版本的安装
- 2. Linux系统安装gromacs-5.0.4
PACKMOL安装
- 1.windows系统下的安装
- 2. linux系统下的安装
VMD 安装
- 1. windows 下安装
- 2.linux下安装

gromacs安装

gromacs的安装版本错综复杂，下至gmx-4.x.x版本，上至gmx-2024版本，也分为linux系统和windows系统，不同的版本命令各不相同，为了方便解决报错，在这里我推荐安装linux下的gromacs-5.0.4（这也是我常用的版本，无论是服务器还是台式机都是用的这个版本），其次就是sob老师编译过的gmx-2020.6版。接下来我会介绍这两种gromacs的安装方法。

1.windows系统下gromacs-2020.6版本的安装

参考网站：http://sobereva.com/458
首先需要下载压缩包：2020.6 CUDA GPU加速版，AVX2指令集（88 MB http://sobereva.com/soft/gmx/gmx2020.6_AVX2_CUDA_win64.rar（nVidia显卡驱动需>=471.11版），然后解压到当前文件夹（尽量不要放在C 盘）
使用前必须先设置环境变量，将程序的bin目录加入到Path环境变量里。可以参考：https://blog.csdn.net/NSJim/article/details/115408606
完成操作后，可以在文件夹的路径中输入cmd，调出命令提示符，输入gmx，出现下面界面表示安装成功。
安装成功显示
（不过这是对于电脑里有GPU来说的，如何判断电脑是否有GPU 呢？可以打开任务管理器，点击性能，出现有GPU便代表电脑有GPU）
GPU查看
如果你的电脑没有GPU 的话，我建议还是装一个虚拟机，在虚拟机里安装linux系统，再安装linux版本的gromacs。详情可见下一步~

2. Linux系统安装gromacs-5.0.4

首先需要在电脑上安装虚拟机，虚拟机建议安装ubuntu-20.04系统，安装完后测试网络连接，查看是否能将虚拟机和主机互联，接着就是安装gromacs-5.0.4 版本。
① 安装虚拟机Vmware
https://blog.csdn.net/weixin_74195551/article/details/127288338参考此网站
② 安装Ubuntu20.04系统
https://blog.csdn.net/qq_45657288/article/details/116084337 参考此网站
最重要的是测试虚拟机和主机是否互通，互通了才能传输各类文件，其次是记住密码
③ 安装gromacs-5.0.4 版本
需要注意的是由于虚拟机会将性能大打折扣，而且虚拟机并不自带GPU加速，所以只能在虚拟机上安装单机版CPU加速的gromacs-5.0.4，接下来将介绍安装步骤
1.获取最新版本的C和C++编译器。
2.检查您的CMake版本是否为2.8.8或更高版本。
3.获取并解压缩最新版本的GROMACS tarball。
4.创建一个单独的构建目录并更改到该目录。
5.以源代码的路径作为参数运行cmake
6.运行make，检查并安装
这是官方手册里的安装指南，也就是压缩包里的“INSTALL”文件，里面详细的记录了对应的功能和所需要的命令
可以参考此网站：GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程_csdn gromacs-CSDN博客

安装gcc和c++
安装cmake，这里不需要去官网下载，已经准备好了cmake2.8.9，对于gmx5.0.4够用了，编译cmake:
tar -xzvf cmake-2.8.9.tar.gz #这里表示将2.8.9的cmake安装包解压。
cd cmake-2.8.9/ #进入cmake-2.8.9文件夹
./configure --prefix=/xxx/cmake – -DCMAKE_USE_OPENSSL=OFF #解析安装包并把解析的资源文件全部放在文件夹/xxx/cmake/bootstrap
make #编译
make install #安装
之后在~/.bashrc里加入export PATH=$PATH:/xxx/cmake/bin。重新进入终端后，cmake命令就可以用了。
安装fftw库
将准备好的fftw3.3.4压缩包放到虚拟机里
tar -xzvf fftw-3.3.4.tar.gz #这里表示将3.3.4的fftw安装包解压。
./configure --prefix=/xxx/fftw334 --enable-sse2 --enable-avx --enable-float --enable-shared
以上语句代表FFTW将被安装到/xxx/fftw334目录。如果你的CPU相对较新，支持AVX2指令集，可再加上–enable-avx2选项以获得更好性能。
然后运行make -j install开始编译，过一会儿编译完毕后，就出现了/xxx/fftw334目录。然后可以把FFTW的解压目录和压缩包删掉了。
安装gromacs
将准备好的gromacs5.0.4压缩包放到虚拟机里
tar -xzvf gromacs5.0.4.tar.gz#解压
mkdir build
cd build
export CMAKE_PREFIX_PATH=/xxx/fftw334 #这里的路径和上面安装路径一致
cmake … -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/xxx/gmx504
make install -j
此时程序就被编译和安装到了/xxx/gmx504目录下。修改用户目录下的.bashrc文件，在末尾加入source /xxx/gmx504/bin/GMXRC，然后保存。
之后关闭终端窗口，再次打开终端，输入gmx -version，看看是否输出了GROMACS的相关信息，是的话就说明安装成功了。之后可以把GROMACS压缩包和解压出来的目录删掉。
一般来说，按照上述步骤gromacs便安装好了，但难免安装过程中会遇到各种各样的报错，遇到报错不要慌，首先找到error对应的英文，将它翻译一下，试图理解他的意思，再将报错信息复制到浏览器中，寻找解决办法，耐心会解决一切报错~

PACKMOL安装

相较于gromacs 的安装，packmol的安装不需要各种各样的编译，需要的是添加环境变量，在这里我也是将安装分为两类，一类是linux系统下的安装，一类是windows系统下的安装，特别感谢sob老师提供的软件包~
参考网址：http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html

1.windows系统下的安装

Packmol源代码也可以在Windows下编译，但我们没必要这么做，因为在Packmol主页上已经提供了编译好的可执行文件，仅适用于64bit Windows系统。你也可以直接在这里下载：http://sobereva.com/soft/packmol_18.169_win64.rar
解压此文件包，然后进入Windows的命令行模式下，输入packmol < test.inp命令即可运行。如果packmol不在当前目录下，则需要输入其绝对路径，或者加入到Windows的Path环境变量里(可参考上文编辑环境变量)
需要注意的是，windows的运行命令和linux不一样：./packmol < xxx.in
xxx.in是你的输入文件，你的输入文件决定了你最后输出的文件是什么样的

2. linux系统下的安装

这里是放在虚拟机中的安装，在Linux下使用Packmol之前需要先对源代码进行编译，如下所示。如果你不方便自己编译，也可以直接下载sob老师已经编译好的：http://sobereva.com/soft/packmol_18.169_Linux.zip
Packmol是Fortran写的，如果你的机子里还没有Fortran编译器，需要先安装Fortran编译器。
sudo apt install gfortran
将官网上下载到的packmol.tar.gz解压，进入解压后的目录，在命令行模式下输入make即可编译，十秒钟左右就能编译完。编译完成后当前目录就出现了名为packmol的可执行文件。
修改用户目录下的.bashrc文件（比如输入gedit ~/.bashrc命令），在末尾加上一行export PATH=$PATH:/xxx/packmol-18.169，(这里假定/xxx/packmol-18.169是packmol可执行文件的所在目录)。保存文件后重新进入终端，输入packmol命令检查是否能正常启动，如果能冒出一堆和packmol有关的信息来，就说明已经装好了。
Linux 的运行命令是packmol < xxx.in

VMD 安装

VMD是一款非常小而精致的可视化工具，也是业界非常常用且功能强大的分子动力学可视化软件。这里我建议安装的是VMD1.9.3版本，相较于其他版本该版本较为稳定。可以参考：http://vmd.chenzhaoqiang.com/intro/install.html

1. windows 下安装

登陆网站：https://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD
VMD
选择框中一个链接进行下载，两个都是windows版本的，一个支持CUDA加速，一个不支持，一般来说，不需要CUDA加速，下载即可
然后注册邮箱，按照要求完成后即可下载，下载完成后即可安装，就像安装平常软件一样简单~

2.linux下安装

同理，根据上述，下载Linux的对应版本即可
下载完成后，解压安装包
cd vmd-1.9.3
./configure LINUXAMD64
cd src #在src文件下就可以看到MakeFile文件。
sudo make install
编译完成后输入：vmd ，看软件是否能正常启动
Linux 下可以通过 vmd xxx.pdb或vmd xxx.gro 可视化你的坐标文件，更高级的还可以加载轨迹，感兴趣的可以bing自学~