GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程

GROMACS在虚拟机上Linux系统的安装教程

一，安装cmake所需的gcc及c++

1，直接执行此命令行

sudo apt install -y g++ gcc
sudo apt install build-essential
sudo apt install libssl-dev
## centos
yum install -y gcc gcc-c++

这里会安装自带的gcc及c++，是安装的最简化，但是版本固定为4.8.5版本，可能无法适应一些高版本的操作。如果有更高版本的需求，可以到官网上下载更新更高版本。（注意，即使你不想要gcc及c++的低版本，也应该先有一个gcc及c++才可以更新高版本。）由于gromacs不必要过高版本的gcc，故不再赘述。

二，安装cmake
1，到官网上下载cmake的安装包，导入虚拟机后安装。（这里推荐整个过程进入超级用户，免去不断输入权限问题。）

su #进入超级用户，输入密码。
tar -xzvf cmake-3.23.2.tar.gz #这里表示将3.23.2的cmake安装包解压。
cd cmake-3.23.2/ #进入cmake-3.23.2文件夹
./configure --prefix=/root/cmake3   #解析安装包并把解析的资源文件全部放在文件夹/root/cmake3里。（这里可以不用prefix命令，但是安装后文件默认放置比较散乱，我更希望统一来方便查找）
./bootstrap  #[这里可能会报错，提示could not find OpenSSL，给一种解决方法；
yum install openssl
yum install openssl-devel #执行即可,选择时输入y，完成后再次输入报错前命令。]
make  #编译
make install #安装

注意yum的这两行命令是在./configure或./bootstrap出现相关报错时执行，如果没有，可忽略。
2，如果不愿导入安装包，可以执行命令下载。

su
wget https://github.com/Kitware/Cmake/releases/download/v3.23.2/cmake-3.23.2.tar.gz #开始下载3.23.2版本的cmake（如果报错无法建立ssl链接，那么把https改为http）

然后与1相同步骤。

3，检验是否安装完成。

cmake -version

如果出现cmake的版本信息即完成。

三，安装gromacs所需的fftw
与cmake安装相似，可以自行下载然后导入或者在虚拟机中直接下载。

mkdir /FFTW #在当前目录下创建一个名为FFTW的空文件夹。
cd /FFTW
wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz #在官网下下载fftw的3.3.8版本
tar -xzvf fftw-3.3.8.tar.gz
cd fftw-3.3.8
./configure --enable-shared --enable-static --enable-float #解析，安装在默认位置，并且确保fftw库可以被共享使用，生成动态库.so文件及静态库，生成单精度计算的头文件和库文件。
make && make install #执行编译和安装。
ldconfig #这一步为必需，会搜寻出可共享的动态链接库，进而创建出动态装入程序(ld.so)所需的连接和缓存文件。

四，安装GROMACS

mkdir /GROMACS
cd /GROMACS
wget ftp://ftp.gromacs.org/regressiontests/regressiontests-2019.3.tar.gz
tar -xzvf regressiontests-2019.3.tar.gz
wget ftp://ftp.gromacs.org/pub/gromacs/gromacs-2019.3.tar.gz
tar -xzvf gromacs-2019.3.tar.gz
cd gromacs-2019.3
mkdir build 
cd build
cmake .. -DGMX_FFT_LIBRARY=fftw3 -DCMAKE_BUILD_TYPE=Debug -DREGRESSIONTEST_PATH=/root/GROMACS/regressiontests-2019.3 -DCMAKE_C_COMPILER=gcc -DCMAKE_CXX_COMPILER=g++
make
make install
echo 'source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC'  >> ~/.bashrc #使用echo来更改环境变量，也可以使用gedit等其他方法。此处/usr/local/gromacs/bin/GMXRC路径是因为我们安装gromacs时没有指定安装路径，系统默认可执行文件放在/usr/local/bin当中。
source ~/.bashrc #更新环境变量
ldconfig

最后，执行

gmx -version

如果发现提示没有gmx命令，那么重启一次，再次执行即可。