Nextflow 可选输入文件

问题

有时候存在需要 process 接收可选的输入文件的场景。

解决方案

可以使用特殊的文件名来标记这类输入参数,类似于一个 placeholder。

可以在assets中创建一个空文件:

touch assets/NO_FILE

示例代码

params.inputs = "$projectDir/data/prots/*{1,2,3}.fa"
params.filter = "$projectDir/assets/NO_FILE"

process foo {
  debug true
  input:
  path seq
  path opt

  script:
  def filter = opt.name != 'NO_FILE' ? "--filter $opt" : ''
  """
  echo your_command --input $seq $filter
  """
}

workflow {
  prots_ch = Channel.fromPath(params.inputs, checkIfExists:true)
  opt_file = file(params.filter, checkIfExists:true)

  foo(prots_ch, opt_file)
}

这样就可以在运行时指定参数 filter 控制是否真正的使用输入文件。

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