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原创 Windows本地安装Blast及使用

1.下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/2.双击下载的安装包,如下所示表式安装成功3.创建数据库文件夹并添加路径到环境变量4.使用makeblastdb自定义参考基因组文件,例如这里创建hg19.fa,out为hg195.使用时候注意,-db的名字为上一步-out的名字,按照如下即可。...

2021-06-26 15:53:49 4778

原创 关于weka里面如何获得绘制ROC曲线的数据(二)

更正一下如何从weka获取ROC曲线,其实weka自带有生产ROC曲线的,之前没注意到.在训练好模型之后如下图所示,右击RandomForest点击Visualize threshold curve就可以看到ROC曲线,点击Save可将数据保存,提取保存文件的数据第67列数据,放到origin或其他软件就可以自己调整ROC图片了....

2020-11-28 12:00:02 2217

原创 python --几种排序

 1、冒泡排序思路:循环两趟,遍历列表,一次比较两个元素,如果前一个大于后一个,则交换位置最优时间复杂度:O(n) (表示遍历一次发现没有任何可以交换的元素,排序结束。) 最坏时间复杂度:O() 稳定性:稳定2、选择排序思路:在未排序序列中找到最小(大)元素,存放到排序序列的起始位置,然后,再从剩余未排序元素中继续寻找最小(大)元素,然后放到已排序序列的末尾。以此类推,直...

2018-08-04 20:03:49 1091

原创 python时间复杂度的计算

大O推导法:用常数1取代运行时间中的所有加法常数 在修改后的运行函数中,只保留最高阶项 如果最高阶项存在且不是1,则去除与这个项相乘的常数常见情况:1、常数阶运行四次,f(n)=4,常数,时间复杂度为O(1)2、线性阶线性阶的循环结构会复杂一些,要确定某个算法的阶次,需要确定特定语句或某个语句集运行的次数。因此要分析算法的复杂度,关键是要分析循环结构的运行情况。...

2018-08-01 19:54:30 4277

原创 python中对变量判断是否为None的三种方法

1) if a is None:2)if not a:3)if not (a is None):

2018-03-28 22:05:33 21830

原创 关于weka里面如何获得绘制ROC曲线的数据

在自己课题上常需要使用到weka工具包,以使用randomforest为例说明如何绘制roc曲线。1)打开weka,选择explorer,open你的arff格式的数据,选择classify,choose选择你使用的分类方法,设置相应的参数,将output设置为plain text, save之后点击start;2)得到的结果如下图所示,需要单独将prediction on tes

2018-01-29 21:36:45 6745 15

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