Windows本地安装Blast及使用

本文介绍了如何在Windows操作系统中安装Blast,并详细阐述了创建数据库文件夹、添加环境变量、使用makeblastdb创建自定义参考基因组文件以及在后续使用中需要注意的事项。
摘要由CSDN通过智能技术生成

1.下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2.双击下载的安装包,如下所示表式安装成功

3.创建数据库文件夹并添加路径到环境变量

4.使用makeblastdb自定义参考基因组文件,例如这里创建hg19.fa,out为hg19

5.使用时候注意,-db的名字为上一步-out的名字,按照如下即可。

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在Linux系统下安装使用BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)可以按照以下步骤进行: 1. 安装依赖项:首先,确保您的系统已经安装了必要的依赖项,包括gcc编译器、make工具和zlib库。您可以使用包管理器(如apt、yum或dnf)来安装这些依赖项。例如,在Ubuntu系统上,可以使用以下命令进行安装: ```shell sudo apt update sudo apt install build-essential zlib1g-dev ``` 2. 下载BLAST软件包:访问NCBI BLAST官方网站(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)并下载适用于Linux系统的BLAST软件包。您可以选择下载预编译的二进制文件或源代码。 3. 解压缩文件:如果您下载的是预编译的二进制文件,解压缩下载的文件。如果您下载的是源代码,则需要解压缩并进入解压后的目录。 4. 配置和编译:打开终端,进入解压后的BLAST目录,并运行以下命令来配置和编译BLAST: ```shell ./configure make ``` 5. 安装:运行以下命令以root权限安装BLAST: ```shell sudo make install ``` 6. 设置环境变量:为了能够在终端中随时使用BLAST命令,您需要将BLAST可执行文件所在的路径添加到系统的PATH环境变量中。您可以编辑~/.bashrc文件并在其中添加以下行(假设您安装的是blast+软件包): ```shell export PATH="/path/to/blast+/bin:$PATH" ``` 替换"/path/to/blast+"为您实际安装BLAST软件包的路径。 7. 验证安装:重新启动终端或运行`source ~/.bashrc`使环境变量生效。然后,尝试运行以下命令来验证BLAST是否成功安装: ```shell blastn -version ``` 如果成功安装,将显示BLAST软件的版本信息。 现在您已经成功安装BLAST。您可以使用各种BLAST命令(如blastn、blastp等)来执行不同类型的序列比对和搜索操作。请参考BLAST官方文档以了解更多关于使用BLAST的详细信息和示例。
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