Windows本地安装Blast及使用

本文介绍了如何在Windows操作系统中安装Blast,并详细阐述了创建数据库文件夹、添加环境变量、使用makeblastdb创建自定义参考基因组文件以及在后续使用中需要注意的事项。

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1.下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2.双击下载的安装包,如下所示表式安装成功

3.创建数据库文件夹并添加路径到环境变量

4.使用makeblastdb自定义参考基因组文件,例如这里创建hg19.fa,out为hg19

5.使用时候注意,-db的名字为上一步-out的名字,按照如下即可。

### 安装 BLAST 软件于 Windows 系统 为了在 Windows 上成功安装 NCBI 的 BLAST 工具,可以按照以下方法操作: #### 下载并解压 BLAST+ 首先访问 NCBI 提供的官方下载页面来获取最新版本的 BLAST+ 命令行工具。可以从下面链接找到适合 Windows 平台的二进制文件[^2]: - **NCBI FTP 页面**: `ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/` 选择适用于 Windows 的压缩包 (通常命名为类似 `ncbi-blast-*-win64.zip`) 进行下载。 完成下载之后将其解压到一个合适的目录, 如 `C:\Program Files\NCBI` 或者其他容易记住的位置。 #### 设置环境变量 为了让命令提示符能够识别 BLAST 可执行程序,在系统的环境变量 PATH 中加入 BLAST 解压后的 bin 文件夹路径。具体步骤如下: 1. 打开控制面板 -> 系统和安全 -> 系统。 2. 单击高级系统设置中的 “环境变量” 按钮。 3. 在系统变量部分寻找名为 `Path` 的条目,并点击编辑按钮。 4. 添加一条新记录指向 BLAST 的 bin 子目录位置(例如: `C:\Program Files\NCBI\bin`)。 确认修改完成后重新启动任何已打开的命令窗口以使更改生效。 #### 验证安装 通过运行简单的测试指令验证是否正确配置了 BLAST 。可以在任意文本编辑器里创建一个小序列FASTA文件作为输入数据源;接着利用 blastn 实现基本查询功能演示: ```bash echo ">sequence_01" > test.fasta && echo "ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG" >> test.fasta blastn -query test.fasta -db nt -remote -outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore" ``` 上述例子展示了如何调用远程数据库(nt)来进行核苷酸相似度查找,并指定输出格式为表格形式便于解析处理[^3]。 注意这里使用的是 `-remote` 参数连接在线服务端资源库做示范用途而已。如果希望提高效率或者频繁作业,则建议本地构建自定义索引数据库替代之。 ---
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