Windows本地安装Blast及使用

最新推荐文章于 2025-04-21 16:07:53 发布
最新推荐文章于 2025-04-21 16:07:53 发布
阅读量5.4k 收藏 10
点赞数 1
分类专栏： 生信 文章标签： 生物信息学
版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。
本文链接：https://blog.csdn.net/sinat_35853898/article/details/118250234
版权
本文介绍了如何在Windows操作系统中安装Blast，并详细阐述了创建数据库文件夹、添加环境变量、使用makeblastdb创建自定义参考基因组文件以及在后续使用中需要注意的事项。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

1.下载安装包https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

2.双击下载的安装包，如下所示表式安装成功

3.创建数据库文件夹并添加路径到环境变量

4.使用makeblastdb自定义参考基因组文件，例如这里创建hg19.fa，out为hg19

5.使用时候注意，-db的名字为上一步-out的名字，按照如下即可。

最低0.47元/天 解锁文章
NCBI blast 数据库本地安装
m0_58802965的博客
01-11 1374
下载2.16.0 linux版本，下载并解压，解压之后BLAST就安装好了。如果是fastq先转为fasta序列格式在进行比对，比对结果如下图1所示。将相同序列复制到NCBI网站进行比对，如下图2，两种结果最前面的比对条目基本一致。建立索引需要输入为序列的fasta文件，可以是蛋白或者核酸，输出索引带前缀名称，最终生成比对索引数据库。链接：https://www.jianshu.com/p/471a4fbcdd48。链接：https://www.jianshu.com/p/471a4fbcdd48。
windows平台本地化blast2.8.0（构建NR本地数据库，批量生成pssm打分矩阵）
阿斯达克
03-28 5185
1、下载blast+程序 2、下载nr数据库，也可选择下载nt数据库或其他数据库，操作一样。 3、修改环境变量并本地化blast程序 4、将自己的序列与数据库文件对比，生成pssm矩阵 5、通过python程序批量生成pssm矩阵
BLAST 本地安装教程
09-26
BLAST 本地安装教程 windows 本地安装 BLAST
NCBI blast的安装和使用
最新发布
曼曼花开，静观云卷云舒
04-21 251
最近想做一个核苷酸序列的比对，数据量比较大，需要将blast安装到本地上进行运行，blast的安装非常简单，安装和使用步骤如下：
本地blast安装使用教程
精通多种编程语言Hello World的编写
11-08 1万+
本地blast使用教程 一、 软件安装 1.下载地址：https://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/2.11.0/ 2.点击红框里的版本开始下载： 3.安装步骤： 查看是否安装成功（可以不操作，直接跳到到配置环境变量）： ① 找到自己安装的文件夹 ② 将上图红框的位置改为cmd，然后回车进入命令提示符 ③ 在命令提示符输入blastn –version，然后回车 回车之后显示下图则证明安装成功 二、 配置环境变量 如图所示建立
blast安装及简单使用
qq_35716085的博客
12-20 2万+
下载blast# 解压blast压缩包# 测试这里就代表安装成功了，但是执行命令就有点麻烦需要用全路径的blastp运行，如果想直接用blastp还需要安装另一个插件：这样安装成功之后才可以使用blastp命令。
BLAST在Windows系统中本地化
weixin_30681121的博客
08-05 1210
简介 NCBI除了提供在线的Web BLAST序列比对服务外，还提供FTP方式下载序列比对工具。这允许在本地平台上针对从NCBI下载或本地创建的数据库执行BLAST搜索。这些实用程序没有图形用户界面，通过类似DOS的命令窗口运行，并通过基于文本的命令行开关接受输入。 以下内容介绍了在运行Windows 7操作系统的PC上安装BLAST+和示例NCBI数...
OpenBLAS的window安装包
01-24
OpenBLAS的源码，适用于window环境，有需要可下载。。
Windows下本地blast安装方法.docx
07-06
### Windows下本地Blast安装方法详解 #### 一、引言 本地BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是在计算机科学领域内广泛使用的一种用于比对生物序列（如DNA或蛋白质序列）的工具。通过本地安装BLAST，研究...
本地BLAST的使用方法及基本操作步骤
热门推荐
keepaware的博客
07-26 3万+
网页版BLAST的功能很强大，但是有时候使用本地版BLAST才能更方便快捷地达到我们的目的。本地BLAST的优点有很多，当查询序列很多需要进行批量BLAST或是网上没有自己需要的序列时本地BLAST就是更好的选择，并且本地版的安全性会更高，也不需要网络支持，可以自己设置BLAST数据库，因此若是需要的话可以选择使用本地BLAST，但是要注意本地BLAST建库需要的空间可能比较大。
Blast安装及使用-Blast+2.14.0（bioinfomatics tools-001）
weixin_44874487的博客
02-21 8239
BLAST一般在国内生物信息学专业教材中数据库和序列比对相关章节，并且众多生物化学和分子生物学教材中基因组与比较基因组学相关内容也已单独成章。通过测序获得基因、甚至基因组序列，也已成为分子生物学实验室的常规实验方法。
Blast程序安装文件
11-27
Blast文档，适用于WINDOWS系统的Blast程序安装文件。非常适合初学者使用以及学习。
KeyarchOS系统下本地blast+安装与使用教程
KeyarchOS的博客
01-23 1588
浪潮信息KOS是浪潮信息基于Linux Kernel、OpenAnolis等开源技术自主研发的一款服务器操作系统，支持x86、ARM等主流架构处理器，性能和稳定性居于行业领先地位，具备成熟的 CentOS 迁移和替换能力，可满足云计算、大数据、分布式存储、人工智能、边缘计算等应用场景需求。详细介绍见官网链接浪潮信息云峦服务器操作系统KeyarchOS-浪潮信息。BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。
基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
liangjinghui123的博客
12-10 1543
基因家族的鉴定-基于windows系统上的本地blast
Windows 10 VS2019 环境下安装使用BLAS线性代数库
qq_48176859的博客
05-14 5601
最近想用c++写一个简单的cnn网络，需要用到blas库，学习了网上大佬们的安装方法，尤其借鉴了这位大佬的博文：https://blog.csdn.net/weixin_35776029/article/details/52719079 （ps:标题都模仿人家的），遇到了一些问题，当然也解决了，后文会说，主要有些部分和大佬的不太一样，稍微记录一下，希望能帮助到看到这篇博文的你。 材料准备 1.下载blas库，下载地址：https://github.com/xianyi/OpenBLAS 2.下载并安装per
blast安装（无root权限不联网不配置环境变量）
qq_39876968的博客
04-21 1428
简介 BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）是一套在蛋白质数据库或DNA数据库中进行相似性比较的分析工具。BLAST程序能迅速与公开数据库进行相似性序列比较。BLAST结果中的得分是一种对相似性的统计说明。 BLAST发现生物学序列之间的相似区域。BLAST采用一种局部的算法获得两个序列中具有相似性的序列。该程序将核苷酸或蛋白质序列与序列数据库进行比较，并计算统计显着性。基本局部比对搜索工具（BLAST）查找序列之间的局部相似性区域。BLAST可用于推断序列之间的功
blast的快速安装使用-简易版
weixin_44874487的博客
09-06 760
在有conda的基础上，快速使用blast，blast有时候就是神，救场yyds。
win10 安装 lapack + blas
颹蕭蕭
12-19 1万+
ming-w64, cmake, lapack, blas
mpiBlast安装详解以及使用说明
网易搬砖头
09-07 3706
Getting mpiblast   现在下载包文件：  wget http://www.mpiblast.org/downloads/files/mpiBLAST-1.6.0-pio.tgz  解压包文件：  tar xvzf mpiBLAST*.tgz  然后下载
windows安装blast
03-27
### 安装 BLAST 软件于 Windows 系统 为了在 Windows 上成功安装 NCBI 的 BLAST 工具，可以按照以下方法操作： #### 下载并解压 BLAST+ 首先访问 NCBI 提供的官方下载页面来获取最新版本的 BLAST+ 命令行工具。可以从下面链接找到适合 Windows 平台的二进制文件[^2]: - **NCBI FTP 页面**: `ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/` 选择适用于 Windows 的压缩包 (通常命名为类似 `ncbi-blast-*-win64.zip`) 进行下载。 完成下载之后将其解压到一个合适的目录, 如 `C:\Program Files\NCBI` 或者其他容易记住的位置。 #### 设置环境变量 为了让命令提示符能够识别 BLAST 可执行程序，在系统的环境变量 PATH 中加入 BLAST 解压后的 bin 文件夹路径。具体步骤如下： 1. 打开控制面板 -> 系统和安全 -> 系统。 2. 单击高级系统设置中的 “环境变量” 按钮。 3. 在系统变量部分寻找名为 `Path` 的条目，并点击编辑按钮。 4. 添加一条新记录指向 BLAST 的 bin 子目录位置(例如: `C:\Program Files\NCBI\bin`)。 确认修改完成后重新启动任何已打开的命令窗口以使更改生效。 #### 验证安装 通过运行简单的测试指令验证是否正确配置了 BLAST 。可以在任意文本编辑器里创建一个小序列FASTA文件作为输入数据源；接着利用 blastn 实现基本查询功能演示: ```bash echo ">sequence_01" > test.fasta && echo "ATGGCCATTGTAATGGGCCGCTGAAAGGGTGCCCGATAG" >> test.fasta blastn -query test.fasta -db nt -remote -outfmt "6 qseqid sseqid pident length mismatch gapopen qstart qend sstart send evalue bitscore" ``` 上述例子展示了如何调用远程数据库(nt)来进行核苷酸相似度查找，并指定输出格式为表格形式便于解析处理[^3]。 注意这里使用的是 `-remote` 参数连接在线服务端资源库做示范用途而已。如果希望提高效率或者频繁作业，则建议本地构建自定义索引数据库替代之。 ---
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

个

红包个数最小为10个

元

红包金额最低5元

当前余额3.43元 前往充值 >
需支付：10.00元
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付元
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明：

1.余额是钱包充值的虚拟货币，按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载，可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值