山高而路远-CSDN博客

原创变异检测软件Varscan1 文献分享

VarScan: variant detection in massively parallel sequencing of individual and pooled samplesPublished by Bioinformatics in 2009 华盛顿大学医学院基因组中心源码：http://genome.wustl.edu/tools/cancer-genomicsVarScan：对单个样本或者多个样本的大规模平行测序数据进行变异检测摘要： 2009年是NGS测序开始出现的几年，.

2020-07-18 23:25:32 1614

原创基于python的snakemake框架搭建生物信息学分析流程笔记总结

Paper: A review of bioinformatics pipeline framework 文献总结了不同流程的又去点，可以看下。如果实验室既不是纯粹的生物学试验（不需要workbench这种UI界面），也不需要高性能基于类的流程设计，不太好选，主要原则是投入和产出比如果实验室进行的是重复性的研究，那么就需要对数据和软件进行版本控制，建议是 configuration-based pipelines如果实验室做的是探索性的概念证明类工作（exploratory proo.

2020-07-16 22:33:58 1630

原创 python BeautifulSoup解析网页

BeautifulSoup是python的HTML/XML解析工具,其是python爬虫重要的模块，解析效果很好，下面就开始学习BeautifulSoup学习。BeautifulSoup在命令行模式下安装:pip install BeautifulSoup #现在安装的是BeautifulSoup4python可用的解析器如下:python标准库 BeautifulSoup...

2019-11-04 22:10:04 506

原创 python正则表达式高级部分

python3正则表达式，re模块匹配高级部分\w:匹配[a-zA-Z0-9_]\s:匹配[\r\t\n\f\v]re.S:将换行符当作字符串匹配re.M:多行分别匹配\A:匹配整个字符串开始，即使多行re.M和re.S都是\Z:匹配整个字符串结尾，即使多行re.M和re.S都是\b:匹配单词边界\B:匹配非单词边界(?#注释内容):注释，此处不匹配(?imsuxL):指定...

2019-10-13 22:49:07 223

原创 python爬虫----拉勾网爬虫实践

实现内容：按照城市（程序内列出部分主要城市，可自行在程序中更改）抓取拉勾网的特定职位信息，默认30页程序运行方法：python3lagou_JobSearch.py 索索岗位名称(中文/英文)爬虫结果文件自动保存到 city_搜索名称.tsv文件中第一层：导入模块和程序requests：网页请求模块time：主要是等待一段时间，避免频繁访问网页而被禁止访问请求sys...

2019-09-28 21:14:24 408

原创 C语言程序案例（一）

案例来自于杜树春的书《实用有趣的C语言程序》，在学习练习的过程种我首先会自己写程序解决书中提出题目，之后再把书种的程序一字不差的边看边练。如果自己不能用程序解决问题，就直接用书中的程序练习。1 输入年月日，计算这天星期几具体计算公司其中x是年份，C是这一天在这一年中累计是第多少天，(x-1)/4、(x-1)/100、(x-1)/400都是取整数部分 % 7 D是S...

2019-01-06 11:53:38 352

原创 R语言：apply族函数（一）

apply函数族的函数对数组（二维或者多维）或者矩阵的某个子集进行行、列或者第三维的迭代操作，返回相关结果。apply函数族有apply，lapply，sapply，tapply，mapply等等函数，每一个函数都有自己特有的功能。1 apply用法：apply(array, margin, fun，...) margin=1,2,3,...，通过fun函数对行（margin=1）、...

2018-10-17 22:39:50 1264

原创 R语言ggplot2 (二) 坐标轴设置

ggplot2画图种有时候需要调整坐标系，ggplot2有几种坐标轴，如笛卡尔坐标、极坐标等以条形图为例，首先我们看基本的笛卡尔坐标，coord_cartesian()设置笛卡尔坐标，大部分集合图形默认是此坐标。P <- ggplot(mpg,aes(cyl,hwy)) + geom_bar(stat="identity") P + coord_cartesian(xlim...

2018-10-06 10:45:28 41413

原创 R语言ggplot2 （一）：ggplot2包安装和初始作图

ggplot2是一款强大的图形可视化R包，其作图方式易于理解，且生成的图形精美，定制化程度也很高，应该是R里面最流行的可视化工具。本文关注于ggplot2包的安装、ggplot2基本作图语法等。一 ggplot2的安装> .libPaths("~/R/lib") 如果不安装到默认路径，可以在此设置安装路径> install.packages("ggplot2")#以上代...

2018-10-01 09:11:07 78292

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