linux下如何指定python和fortran要使用的外部库

1.基础知识储备

Fortran文件运行步骤

Fortran运行文件时，第一步：将源文件（f.90）编译成中间代码文件即object file（.o），即编译过程（compile）；第二步：将大量的中间代码文件合成执行文件，即链接过程（link）。编译时，编译器检测程序语法，函数，变量是否被声明。链接时，链接器会在所有的object文件中找寻函数的实现。¹

动态链接库与静态链接库的打包和使用

Fortran90增加了module的功能，module里面可以定义许多subroutine和function，将module编译成动态链接库打包子程序是个很好的方法。
假设有若干module，写在不同文件中，例如t_main.f90，t_mod.f90，t_mod_sub.f90，可以按如下形式编译：
gfortran -shared -fPIC -o libt.so t_mod.f90 t_mod_sub.f90
也可以先编译再链接：
gfortran -o libt.o -c t_mod.f90 t_mod_sub.f90
gfortran -shared -fPIC -o libt.so t_mod.mod t_mod_sub.mod

编译成功后生成libt.so，t_mod.mod，t_mod_sub.mod，t_mod.o，t_mod_sub.o，其中libt.so即是动态链接库，t_mod.mod，t_mod_sub.mod是头文件。²

• -fPIC参数声明链接库的代码段是可以共享的，

• -shared参数声明编译为共享库。请注意这次我们编译的共享库的名字叫做 libt.so，这也是Linux共享库的一个命名的惯例了：后缀使用so，而名称使用libxxxx格式。³

要使用动态库：
gfortran -o t_main t_main.f90 -I libt.so
生成t_main的可执行文件。

也可以打包成静态链接库
ar rcs libt.o t_mod.o t_mod_sub.o

• c：创建库 s：创建目标索引 t：显示目标文件名称 v：显示目标文件时间大小的信息

要使用静态库：

gfortran -o t_main t_main.f90 -L libt.o
生成t_main的可执行文件。

2.gfortran的头文件库文件基础

gfortran编译时，编译器需找到头文件（.h/.mod）和库文件（.so/.o）位置。

头文件的搜索顺序：

1. 由参数 -I指定的路径
2. 找gcc的环境变量C_INCLUDE_PATH，CPLUS_INCLUDE_PATH，OBJC_INCLUDE_PATH，gfortran不适用任何环境变量来控制影响gcc操作的环境。
3. 寻找内定目录：
   /usr/include
   /usr/local/include
   /usr/lib/gcc-lib/i386-linux/2.95.2/include
   /usr/lib/gcc-lib/i386-linux/2.95.2/…/…/…/…/include/g+±3
   /usr/lib/gcc-lib/i386-linux/2.95.2/…/…/…/…/i386-linux/include
   库文件，但是如果装gcc的时候，是有给定的prefix的话，那么就是
   /usr/include
   prefix/include
   prefix/xxx-xxx-xxx-gnulibc/include
   prefix/lib/gcc-lib/xxxx-xxx-xxx-gnulibc/2.8.1/include ³

库文件的搜索顺序：

1. 由参数 -L指定的路径
2. 找gfortran的环境变量LIBRARY_PATH
3. 找内定目录
   /lib
   /usr/lib
   /usr/local/lib ⁴

动态库文件的搜索顺序：

1. 编译目标代码 -I时指定的动态库搜索路径；
2. 环境变量LD_LIBRARY_PATH指定的动态库搜索路径；
3. 配置文件/etc/ld.so.conf中指定的动态库搜索路径；
4. 默认的动态库搜索路径/lib /usr/lib⁴

3.gfortran如何引入外部库netcdf

假设netcdf安装的目录为prefix，该目录底下有/bin存放操作命令（ncdump），/include存放头文件，/lib存放库文件。

指定netcdf头文件

1. 使用命令行参数-I pathlib（推荐）
   gfortran t_main.f90 -I prefix/include
   在t_main.f90中include netcdf.inc
2. 将头文件夹拷贝到内定目录
3. 在makefile中指定

指定netcdf动态库文件

1. 使用命令行参数-It/-WI,-rpath
   gfortran -WI,-rpath,prefix/lib,XXX/lib
   可以指定多个库
2. 添加到动态库文件环境变量（推荐）
   加入到LD_LIBRARY_PATH中
   export LD_LIBRARY_PATH=prefix/lib:${LD_LIBRARY_PATH}
3. 在配置文件/etc/ld.so.conf中指定动态库路径
   每行为一个路径，每次编辑完后，需运行ldconfig使配置生效，具体见³

4.python如何引入外部库netcdf

设置环境变量PYTHONPATH：
export PYTHONPATH=prefix:${PYTHONPATH}
将这句命令添加到~/.bashrc中，并允许source ~/.bashrc更新设置。

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1. https://blog.csdn.net/liang13664759/article/details/1771246 ↩︎

2. http://wap.sciencenet.cn/blog-725052-1146332.html ↩︎

3. https://www.cnblogs.com/xzzzh/p/6770306.html ↩︎ ↩︎ ↩︎

4. https://cnblogs.com/sunleecn/archieve/2011/11/04/2235770.html ↩︎ ↩︎