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原创 circos输入数据文件格式化——depth，GC，geneskew

写了一个小脚本用来格式化数据格式，必须有正负链的深度文件，得到gtf的基因高亮区域，并且计算gc含量和geneskew： #!/usr/bin/env perl use warnings; use strict; use Getopt::Long; my %opt; GetOptions(\%opt, "len=s"); $opt{len} ||= 1000; die qq/ Usage:

2014-01-21 16:19:58 4431

原创 ncbi的genome，gene序列转换和gb2gtf——链特异性转录组

ncbi下载的数据不一定符合链特异性转录组的格式，写个小脚本进行处理一下： #!perl use warnings; use strict; die qq/ perl $0 [ ...] type: "gtf", "gene" and "genome". Note: "genome" need gtf.list of "gtf", and gtf.list must be the

2014-01-02 09:38:41 4015 2

编译好的过滤fq
fq 过滤 编译 处理solexa的结果文件

2013-11-22

vim自动补全
vim自动补全，比较简单的一种，解压在.vim里面

2013-08-12

rna小流程化
rna seq 流程

2013-06-14

WGCNA流程包
WGCNA 聚类 网络 基于表达量权重 相关性

2013-06-09

K-means程序
K-means算法及相关程序，输出相应结果

2013-06-05

PCA3D（EPD）
PCA3D（EPD）画出3D的权重图，使用epd软件

2013-06-05

PCA 3D程序（EPD）
PCA 3D PCA 3D PCA 3D PCA 3D PCA 3D PCA 3D PCA 3D

2013-06-05

perl SVG包
perl SVG包

2013-03-19

过滤Solexa reads
过滤 Solexa reads

2013-03-19

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