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原创 circos输入数据文件格式化——depth,GC,geneskew
写了一个小脚本用来格式化数据格式,必须有正负链的深度文件,得到gtf的基因高亮区域,并且计算gc含量和geneskew:#!/usr/bin/env perl use warnings;use strict;use Getopt::Long;my %opt;GetOptions(\%opt, "len=s");$opt{len} ||= 1000;die qq/Usage:
2014-01-21 16:19:58 4479
原创 ncbi的genome,gene序列转换和gb2gtf——链特异性转录组
ncbi下载的数据不一定符合链特异性转录组的格式,写个小脚本进行处理一下:#!perl use warnings;use strict;die qq/perl $0 [ ...] type: "gtf", "gene" and "genome".Note: "genome" need gtf.list of "gtf", and gtf.list must be the
2014-01-02 09:38:41 4061 2
空空如也
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