atat 编译安装测试说明

科学计算软件编译安装方法说明 --- atat 篇 （提供免费测试QQ 178068275）

官网地址：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/

截止目前（2017.5.4）最新版本：

http://www.brown.edu/Departments/Engineering/Labs/avdw/atat/atat3_23.tar.gz

 

1. 什么是atat？

ATAT is a generic name that refers to a collection of alloy theory tools developped by Axel van de Walle, in collaboration with various research groups and with various sources of financial support.
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2. atat编译环境

Intel Compiler /GNU Compiler  + MPI Compiler

3. 安装 Intel Compiler 编译器，设置编译环境

如果使用的是Intel的CPU，建议使用Intel的编译器。

详细安装方法参见博客相关文章。

 

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译lammps，可以加载如下环境变量：

source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/iccvars.sh intel64    
source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/bin/ifortvars.sh intel64  
source /opt/intel/composer_xe_2013.0.079/mkl/bin/mklvars.sh intel64  

4.安装 MPI Compiler，设置编译环境

编译并行版的程序需要并行编译器，例如MPI并行的程序需要MPI编译器，常用的MPI例如Intel MPI 、MPICH 、OPENMPI等。

不同的机器可能针对自身硬件进行MPI优化，天河系统的MPI是基于开源MPICH进行的二次开发优化，进而支持性能卓越的天河自主高速互联网络。

详细安装方法参见博客相关文章。

 

例如使用TH-1A的Intel 2013编译器编译的mpich，可以加载如下环境变量：

export MPI_HOME=/usr/local/mpi-intel2013    
export PATH=$MPI_HOME/bin:$PATH    
export LD_LIBRARY_PATH=$MPI_HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH 

5.编译atat

tar atat3_23.tar.gz
cd atat
vim makefile
  #BINDIR=$HOME/bin
  BINDIR="/path/to/install/atat/bin"  # 修改安装目录

  #for g++ compiler on all platforms
  #CXX=g++
  CXX=icpc # 修改编译器

  #for MPI: limited implementation at this point
  #MPICXX=mpiCC -DATAT_MPI
  MPICXX=mpicxx -DATAT_MPI # 修改编译器

make all
make install

6.配置~/ezvasp.rc

#!/bin/csh
#enter name of vasp executable here
set VASPCMD=/path/to/bin/vasp # 设置vasp可执行程序
#enter the directories containing the pseudopotentials here
set POTLDA="/path/to/pot_lad" # 设置为实际的路径
set POTGGA="/path/to/pot_gga"
set POTPAWLDA="/path/to/paw_lda"
set POTPAWGGA="/path/to/potpaw_gga"
set POTPAWPBE="/path/to/potpaw_pbe" 

备注：

如果是使用例如TH-1A系统，那么VASPCMD命令请修改为实际申请计算资源时候的命令，例如：

set VASPCMD="yhrun -N 2 -n 24 -p debug /path/to/bin/vasp"

7.配置输入文件（举例）

输入文件：

lat.in

3.394820 0.000000 0.000000
0.000000 3.394820 0.000000
0.000000 0.000000 3.394820
0.500000 0.500000 0.500000
0.500000 -0.500000 0.500000
0.500000 0.500000 -0.500000
0.000000 0.000000 0.000000 Al,Ti

vasp.wrap

[INCAR]
PREC = high
ISMEAR = -1
SIGMA = 0.1
NSW=41
IBRION = 2
ISIF = 3
KPPRA = 1000
DOSTATIC
USEPOT = PAWPBE

8.编写提交脚本（举例）

sub.sh 

#!/bin/bash
export PATH=/path/to/install/atat/bin:$PATH
export

rm -rf ~/.machines.rc
maps -d &
touch ready
sleep 5
cd 0
runstruct_vasp
cd ..
pollmach runstruct_vasp

9.提交脚本

yhbatch -N 2 -n 24 -p debug sub.sh 

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