生信软件
soyabean555999
这个作者很懒,什么都没留下…
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BEDTools使用详细说明
简介1、概述BEDTools是可用于genomic features的比较,相关操作及进行注释的工具。而genomic features通常使用Browser Extensible Data (BED) 或者 General Feature Format (GFF)文件表示,用UCSC Genome Browser进行可视化比较。该工具的主要功能如下图.2、与BED转载 2017-03-17 19:37:40 · 4008 阅读 · 0 评论 -
samtools常用命令详解
samtools的说明文档:http://samtools.sourceforge.net/samtools.shtmlsamtools是一个用于操作sam和bam文件的工具合集。包含有许多命令。以下是常用命令的介绍1. viewview命令的主要功能是:将sam文件转换成bam文件;然后对bam文件进行各种操作,比如数据的排序(不属于本命令的功能)和提取(这些操作是对ba转载 2017-03-15 08:59:08 · 823 阅读 · 0 评论 -
bowtie和bowtie2使用条件区别及用法
一、转录组还是基因组?map常用的工具有bowtie/bowtie2, BWA,SOAP1/SOAP2等。这个问题又会被分成两个问题,是基因组测序(DNA-seq)还是转录组测序(mRNA-seq)。其中的区别是对于真核生物而言,mRNA序列与DNA序列并不完全相同,在经历了后剪切之后,成熟的mRNA可能是原基因的一部分,甚至顺序及个别碱基会产生变化。如果是mRNA测序,那map工作就会在转载 2017-03-15 19:20:53 · 22594 阅读 · 0 评论 -
bowtie和bowtie2用法详解
bowtie 短序列比对工具详解常见的短序列比对工具有很多,如fasta、blast、bowtie、shrimp、soap等。每个工具都有其自身的优点,但同时也具备了一些缺点。权衡利弊,我选择bowtie作为主要的短序列比对工具。它速度很快,比对结果也容易理解。现在举个例子来探讨bowtie的使用方法:现在有GENOME.fa、高通量测序数据Reads.fa,我们希望将Reads.fa比对到...转载 2017-03-15 19:56:44 · 35944 阅读 · 0 评论