Ubuntu14.04安装ROOT集群

最新推荐文章于 2023-04-26 20:16:04 发布

styshoo

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分类专栏： linux 文章标签： ubuntu cern ROOT

本文链接：https://blog.csdn.net/styshoo/article/details/52444757

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之前尝试在CentOS7上部署ROOT集群，却发现无论是源码包安装，还是官方提供的二进制包，都缺少了关键的xproofd可执行文件，导致PoD不能运行。没有办法，只能尝试在其他OS上部署，这里我选择了Ubuntu14.04。

部署准备

修改apt源

　　修改/etc/apt/sources.list，换成国内的163源，下载会更快和稳定一些。

# vim /etc/apt/sources.list
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-security main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-updates main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-proposed main restricted universe multiverse
deb http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-backports main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-security main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-updates main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-proposed main restricted universe multiverse
deb-src http://mirrors.163.com/ubuntu/ precise-backports main restricted universe multiverse

　　再调用apt-get update更新index。

安装gcc，g++

　　如果系统已经安装gcc和g++，可跳过此步骤。

# apt-get install gcc
# apt-get install g++

安装cmake

　　直接通过apt-get安装的cmake在安装ROOT组件时会出现问题，所以这里建议源码安装，我这里使用的是2.8.8版本。官网下载地址：https://cmake.org/files/，可选择自己适合的版本。

- 解压：tar xvf cmake-2.8.8.tar.gz
- 进入解压目录：cd cmake-2.8.8
- ./bootstrap
- make
- make install

安装zlib库

　　github上（https://github.com/madler/zlib）可下载对应的zlib库，我使用的是1.2.3版本，下载地址为：https://github.com/madler/zlib/archive/v1.2.3.zip
- 解压：unzip zlib-1.2.3.zip
- 进入解压目录：cd zlib-1.2.3
- ./configure
注意：在make之前，需要修改Makefile，否则调用库时会出现错误。找到 CFLAGS=-O3 -DUSE_MMAP这一行，在后面加入-fPIC，即变成CFLAGS=-O3 -DUSE_MMAP -fPIC
- make
- make install

其他库

apt-get install procmail

部署ROOT集群

安装ROOT

　　binary安装：https://root.cern.ch/content/release-60606。选择对应的OS系统编译包。解压并将其移动至/opt目录下：

# tar zxvf root_v6.06.06.Linux-ubuntu14-x86_64-gcc4.8.tar.gz
# mv root /opt

　　再将ROOT相关配置写入初始化文件，这里在/etc/profile.d/root.sh末尾加入以下语句：

export ROOTSYS=/opt/root
export PATH=$PATH:$ROOTSYS/bin
source $ROOTSYS/bin/thisroot.sh

　　source /etc/profile.d/root.sh让配置生效。运行命令root -b测试root是否能正常运行：

#root -b
root: error while loading shared libraries: libXpm.so.4: cannot open shared object file: No such file or directory

　　缺少libXpm库，运行apt-get install libxpm4命令安装。安装时有可能会提示缺少安装包，这和本地的源index有关系，需要先向远端源同步后（运行apt-get update命令），再安装xpm包。安装成功。

# apt-get install libxpm4
Reading package lists... Done
Building dependency tree       
Reading state information... Done
The following NEW packages will be installed:
  libxpm4
0 upgraded, 1 newly installed, 0 to remove and 5 not upgraded.
Need to get 37.0 kB of archives.
……

　　再次运行root -b命令来测试，再次报错。

# root -b
ERROR in cling::CIFactory::createCI(): cannot extract standard library include paths!
Invoking:
    echo | LC_ALL=C c++  -pipe -m64 -Wall -W -Woverloaded-virtual -fsigned-char -fPIC -pthread -std=c++11 -Wno-deprecated-declarations -Wno-comment -Wno-unused-parameter -Wno-maybe-uninitialized -Wno-unused-but-set-variable -Wno-missing-field-initializers  -fPIC -fvisibility-inlines-hidden -std=c++11 -ffunction-sections -fdata-sections -fno-common -Woverloaded-virtual -Wcast-qual -fno-strict-aliasing -pedantic -Wno-long-long -Wall -W -Wno-unused-parameter -Wwrite-strings -Wno-unused-local-typedefs -O2 -DNDEBUG -xc++ -E -v - 2>&1 >/dev/null | awk '/^#include </,/^End of search/{if (!/^#include </ && !/^End of search/){ print }}' | grep -E "(c|g)\+\+"
results in
results in
with exit code 256
input_line_1:1:10: fatal error: 'new' file not found
#include <new>

　　缺少C++的new包，这个报错极有可能是未安装c++引起的，因为ROOT及其它组件都是使用C++编写的。因此需要安装gcc和gcc-c++。

# apt-get install gcc
……
# apt-get install g++
……

　　运行root -b命令，终于成功，未报错。

安装XRootD

　　安装XRootD有两种方法，通过ROOT源码包中的脚本安装，或者直接从官网下载源码安装。

通过ROOT源码包中的脚本安装XRootD

　　进入ROOT源码包目录，执行以下语句即可：

./build/unix/installXrootd.sh -v 3.0.0 /opt

源码安装XRootD：

　　解压后并进入源码目录：

# mkdir build; cd build
# cmake /root/xrootd-3.3.0 -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/xrootd
# make
# make install

　　如果完全成功，则可以相关配置写入初始化文件，这里可以继续加入/etc/profile.d/root.sh的末尾：

source $ROOTSYS/bin/setxrd.sh /opt/xrootd/

安装PoD

　　官网（http://pod.gsi.de）下载源码，这里下载使用的是3.16版本的源码：pod.gsi.de/releases/pod/3.16/PoD-3.16-Source.tar.gz。如果连接失效，可自行查找。解压源码压缩包后，并进入源码目录：

cmake命令

mkdir build
cd build
cmake -C ../BuildSetup.cmake ..

　　运行cmake时，提示缺少boost库，这里需要安装boost库。

apt-get install libboost-dev

　　安装后继续运行上述的cmake命令，还是报错，提示缺少以下库：

  The following Boost libraries could not be found:

          boost_thread
          boost_program_options
          boost_filesystem
          boost_system
          boost_unit_test_framework

　　有个小tips：这些库直接使用apt-get install +库名的方式是不成功的，因为安装包和这个名称并不完全匹配，这里可以用apt-cache search的方法来查找安装包的名称再安装，以boost_thread为例。

# apt-cache search boost | grep thread
libboost-thread-dev - portable C++ multi-threading (default version)
libboost-thread1.46-dev - portable C++ multi-threading
libboost-thread1.46.1 - portable C++ multi-threading
libboost-thread1.48-dev - portable C++ multi-threading
libboost-thread1.48.0 - portable C++ multi-threading

　　根据这个提示，我就可以直接安装apt-get install libboost-thread-dev即可。以下：

apt-get install libboost-thread-dev
apt-get install libboost-program-options-dev
apt-get install libboost-filesystem-dev
apt-get install libboost-system-dev
apt-get install libboost-test-dev

　　再接着运行cmake -C ../BuildSetup.cmake ..命令，终于成功。

make命令

　　运行make命令，又报错了。

/usr/include/boost/thread/xtime.hpp:23:5: error: expected identifier before numeric constant
     TIME_UTC=1

　　这个是boost1.5版本以下的一个固有bug，变量么命名重复了。修改起来很简单，打开/usr/include/boost/thread/xtime.hpp，将23行和71行的TIME_UTC都修改为TIME_UTC_即可，也就是说保证没有重命名。
　　再次运行make命令，再次提示错误。

/root/PoD-3.16-Source/app/MiscCommon/proof_status_file/ProofStatusFile.h:88:13: error: 'uint16_t' does not name a type
             uint16_t xpdPort() const

　　看起来是编译时不认识uint16_t这个别名，修改很简单，头文件包含即可。在/root/PoD-3.16-Source/app/MiscCommon/proof_status_file/ProofStatusFile.h中的第19行加入#include

make install命令

　　该命令运行无任何报错。如果无指定配置，PoD会被安装在用户目录的Pod目录下，如我以root用户安装，则安装在/root/PoD目录下。

PoD安装最后一步

　　相关配置写入初始化文件，这里可以继续加入/etc/profile.d/root.sh的末尾：

source /root/PoD/3.16/PoD_env.sh

　　source /etc/profile.d/root.sh让配置生效。运行pod-server start，如果是第一次运行，会下载相关组件wn_bins目录到/root/PoD/3.16/bin/。如果服务器没有访问外网的权限，可以使用虚拟机搭建以上所有步骤，下载wn_bins目录。无论什么OS，下载的wn_bins目录都是一样的，可以直接拷贝。

组成ROOT集群

　　运行pod-server start，待其下载wn_bins目录后，如果没有出现错误，会出现如下结果：

# pod-server start
Starting PoD server...
updating xproofd configuration file...
starting xproofd...
starting PoD agent...
preparing PoD worker package...
selecting pre-compiled bins to be added to worker package...
PoD worker package: /root/.PoD/wrk/PoDWorker.sh
------------------------
XPROOFD [1809] port: 21001
PoD agent [1848] port: 22002
PROOF connection string: root@mac00000102030a.hostname.com:21001

　　使用上述所有方法，搭建两个服务器环境，从而搭建一套拥有一个server和一个client的小集群。ROOT服务器之间又多种通讯方式，这里，我们使用最简单直接的ssh方式。首先，两台服务器需要建立ssh登录互信，从而实现ssh登录免密码。搭建方法可见：http://chenlb.iteye.com/blog/211809。
　　之后，选择其中服务器Ａ作为server，服务器B作为client（worker）。在server上，编辑/root/pod_ssh.cfg文件，内容如下：

@bash_begin@
    . /etc/profile.d/root.sh
@bash_end@

r1, root@109.105.115.249,,/tmp/test, 2

　　前三行是ssh到client之后，需要执行的脚本文件，这里就是在各client上执行下ROOT系统的参数配置，设置环境变量等。第五行则是访问client的配置，每个client都对应一行，因为我们这里只有一个client，所以就只有一行。这一行的格式是：

1	2	3	4	5
client唯一识别符，不可重复	用户名@ip或者hostname	ssh参数，可以为空	client端工作目录	期望的client端worker个数，可以为空

　　然后，在server端执行pod-ssh -c /root/pod_ssh.cfg submit –debug来建立集群。显示如下，则说明server端成功：

# pod-ssh -c /root/pod_ssh.cfg submit --debug
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   preparing PoD worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   selecting pre-compiled bins to be added to worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   PoD worker package: /root/.PoD/wrk/PoDWorker.sh
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   pod-ssh config contains an inline shell script. It will be injected it into wrk. package
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   preparing PoD worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   inline shell script is found and will be added to the package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   selecting pre-compiled bins to be added to worker package...
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   PoD worker package: /root/.PoD/wrk/PoDWorker.sh
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   There are 5 threads in the tread-pool.
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   Number of PoD workers: 1
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   Number of PROOF workers: 2
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   Workers list:
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   [r1] with 2 workers at root@109.105.115.249:/tmp/test/r1
r1  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:18 +0800]   pod-ssh-submit-worker is started for root@109.105.115.249 (dir: /tmp/test/r1, nworkers: 2, sshopt: )
**  [Mon, 29 Aug 2016 10:40:19 +0800]   
*******************
Successfully processed tasks: 1
Failed tasks: 0
*******************

　　我们再登录client端，进入/root/pod_ssh.cfg中设置的client端工作目录工作目录。

# ls
libboost_filesystem-mt.so.5       libpod_protocol.so       PoD.cfg            PoDWorker.sh                              proof.conf       user_worker_env.sh  xpd.log
libboost_program_options-mt.so.5  libproof_status_file.so  pod-user-defaults  pod-wrk-bin-3.16-Darwin-universal.tar.gz  server_info.cfg  version
libboost_system-mt.so.5           libSSHTunnel.so          PoDWorker.lock     pod-wrk-bin-3.16-Linux-amd64.tar.gz       ssh-tunnel       xpd.cf
libboost_thread-mt.so.5           pod-agent                PoDWorker.pid      pod-wrk-bin-3.16-Linux-x86.tar.gz         ssh_worker.log   xpd.cf.bup

　　可见，都是一些库、配置文件和日志等。我们暂时主要关注日志文件ssh_worker.log，日志末尾显示如下，则表示完全成功：

***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       Attempt to start pod-agent (1 out of 3)
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       Attempt to start and detect xproofd (1 out of 10)
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       trying to use XPROOF port: 21002
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       starting xproofd...
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       xproofd is running. pid=[2794] port=[21002]
***     [Mon, 29 Aug 2016 10:44:48 +0800]       starting pod-agent...