记一次使用gephi绘图报内存溢出错误解决办法

最新推荐文章于 2024-04-23 18:52:22 发布
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使用gephi进行微生物网络图分析的时候，报内存溢出，这里是报错原图
博客里面搜索只有一篇帖子还是Mac的，只好通过其他方式搜索，大多都是修改gephi安装目录下的/etc/gephi.conf配置文件如下配置

# command line switches
default_options=“–branding gephi -J-Xms64m -J-Xmx512m -J-Xverify:none -J-Dsun.java2d.noddraw=true-J-Dsun.awt.noerasebackground=true-J-Dnetbeans.indexing.noFileRefresh=true -J-Dplugin.manager.check.interval=EVERY_DAY”

将里面的J-Xmx512m改为你想要的大小，例如J-Xmx1024m就是1G的内存了。

最低0.47元/天 解锁文章
S u again.
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gephi0.10.1
06-10
1、可以根据excel存储的邻接矩阵生成图数据结构的节点拓扑形式，进行可视化 2、可以用于实体关系图的绘制
修改gephi最大内存的方法
JiangLongShen的博客
04-04 3788
1.找到gephi的安装文件。 2.打开根目录下etc/gehi.conf 3将如下代码： command line switches default_options=“–branding gephi -J-Xms64m -J***-Xmx512m*** -J-Xverify:none -J-Dsun.java2d.noddraw=true-J-Dsun.awt.noerasebackground...
Mac下Gephi报内存溢出的错误修改方法
wang_306的专栏
03-18 3537
网上一般能搜到gephi报内存溢出的错误修改方法，就是改/etc/gephi.conf这个文件，但是mac下的这个文件是处在 /Applications/Gephi.app/Contents/Resources/gephi/etc下的，与其他系统的不同。至于修改方法都是一样的： # command line switches default_options=“–branding gephi -J-...
gephi绘图工具
03-12
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12-23
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graphstore:快速的内存中图结构
05-05
GraphStore GraphStore是用Java编写的内存中图结构实现。 它被设计为功能强大，高效且健壮。 它为Gephi软件提供了支持，并支持密集型应用程序中的大型图形。 功能亮点 为读取和写入而优化的炽烈的快速图形数据结构 全面的API可以读取和修改图形结构 内存占用量少-减少了针对缓存优化的Java对象和集合的使用 支持有向图，无向图和混合图 支持平行边缘（即，边缘可以带有标签） 任意数量的属性都可以与节点或边关联 线程安全-实现读写锁定机制以允许多个读取线程 支持动态图（随时间变化的图） 属性值的内置索引 快速紧凑的二进制序列化 下载 可以在上找到稳定的发行版。 文献资料 API文档可。 依存关系 GraphStore取决于FastUtil> = 6.0，Colt 1.2.0和Joda-Time 2.2。 有关依赖关系的完整列表，请查阅pom.xml文件。 开发者 如
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SunCherryDream的专栏
01-04 2317
使用Gephi做可视化，由于图中边比较多，2002个点的文件达到了18M多，然后启动Gephi后显示内存不足，建议增大启动内存，点增大内存启动后，Gephi启动就报错，显示JVM creation failed。 启动控制台监视启动过程，显示如下信息 Error occurred during initialization of VM Could not reserve enough spa
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淡沫初夏zz的博客
05-11 2239
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GEE错误——Unable to transform edge (768.0000, 32.0000 to 768.0000, 32.0156) from EPSG:4326 PLANAR
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01-31 1089
cmip6_test_exportID: BJ6UP2HO5EH6BPA6W6NPR5M7Phase: FailedRuntime: 6s (started 2024-01-25 11:45:49 +0800)Attempted 1 timeError: Unable to transform edge (768.000000, 32.000000 to 768.000000, 32.015625) from EPSG:4326 PLANAR [0.25, 0.0, -180.0, 0.0, -0.25,
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02-02
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都是符合我们的预期的。
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05-27
好的，以下是一个使用Gephi可视化DGL异质图的示例代码： ```python import networkx as nx import dgl import numpy as np import pandas as pd import os hetero_graphs, _ = dgl.load_graphs('data.bin') hetero_graph = hetero_graphs[0] # 创建Gephi输入文件（GEXF格式） def create_gephi_input_files(hetero_graph, output_dir): node_data = [] edge_data = [] for etype in hetero_graph.canonical_etypes: src_type, _, dst_type = etype src_nodes, dst_nodes = hetero_graph.all_edges(etype=etype) for src, dst in zip(src_nodes.tolist(), dst_nodes.tolist()): src_data = hetero_graph.nodes[src].data dst_data = hetero_graph.nodes[dst].data edge_data.append({ 'source': src, 'target': dst, 'type': etype, 'source_type': src_type, 'target_type': dst_type, }) for key in src_data.keys(): if key not in ['_ID', '_TYPE']: node_data.append({ 'node': src, 'type': src_type, 'label': key, 'value': src_data[key], }) for key in dst_data.keys(): if key not in ['_ID', '_TYPE']: node_data.append({ 'node': dst, 'type': dst_type, 'label': key, 'value': dst_data[key], }) node_df = pd.DataFrame(node_data) edge_df = pd.DataFrame(edge_data) node_df.to_csv(os.path.join(output_dir, 'nodes.csv'), index=False) edge_df.to_csv(os.path.join(output_dir, 'edges.csv'), index=False) # 可视化异质图 def visualize_hetero_graph_with_gephi(hetero_graph, output_dir): create_gephi_input_files(hetero_graph, output_dir) os.system(f'open -a Gephi.app {os.path.join(output_dir, "hetero_graph.gexf")}') output_dir = 'output' os.makedirs(output_dir, exist_ok=True) visualize_hetero_graph_with_gephi(hetero_graph, output_dir) ``` 在这个示例中，我们使用`dgl.load_graphs`函数加载DGL异质图数据，并使用`create_gephi_input_files`函数将异质图转换为Gephi输入文件（GEXF格式）。接着，我们使用`visualize_hetero_graph_with_gephi`函数调用Gephi来可视化异质图。最后，我们使用`os.system`函数打开Gephi并加载GEXF文件。 请注意，使用Gephi可视化DGL异质图需要安装Gephi软件。如果您还没有安装Gephi，您可以从官方网站下载并安装。此外，如果您的异质图比较大，可能需要使用其他可视化工具来进行可视化。

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