OpenMX（学习版更新中）

一、安装openmx

下载安装包：Download of OpenMX

根据README.txt中流程进行安装（makefile中需要配置intel编译器和库）

二、测试运行openmx

启动配置的intel环境(后面的路径是intel的安装路径) ：source /opt/intel/oneapi/setvars.sh

进入openmx3.9/work/路径     ：cd openmx3.9/work/

建立一个example_met文件夹：mkdir example_met

更改Methane.dat文件里输出文件位置：vi Methane.dat

修改的内容：【System.CurrrentDirectory         ./example_met/】

退出编辑模式，键入命令运行openmx对具有固定结构的甲烷分子进行SCF计算：mpirun -np 1 ./openmx Methane.dat > met.std

在./example_met/下生成了一些文件：

met.std：SCF计算的标准输出，帮助了解SCF的计算流程

met.out：标准输出，里面包括了计算结果，例如：总能量、力、Kohn-Sham本征值等内容，可作为进一步的输入文档

met.xyz：最终的几何结构

met.ene：每一步MD步骤的计算值

met.md：每一步MD步骤的几何结构

met.md2：最终MD步骤的几何结构

met.cif：用于Material Studio的初始化结构的cif文档

met.tden.cube：总电子密度文件，使用Gaussian cube格式表示，包含整个系统的电子密度分布

met.v0.cube：Kohn-Sham势文件，表示在Gaussian cube格式下的Kohn-Sham势分布
met.vhart.cube：Hartree势文件，存储系统的Hartree势分布，采用Gaussian cube格式
met.dden.cube：由原子密度测量得到的差分电子密度文件，采用Gaussian cube格式
met_rst/：用于存储重启文件的目录，包含进行重新计算或从中断点恢复计算所需的中间数据

以上Gaussian cube格式的文件可以在VESTA, Molekel, 和XCrySDen分子模型软件上进行可视化

指令解释：

mpirun -np 8 openmx -runtest -nt 2：使用8个MPI进程并行运行OpenMX程序，每个MPI进程使用2个线程，并执行OpenMX自带的测试例子，以验证安装是否正确。

mpirun：用于执行MPI（Message Passing Interface）并行程序的命令。MPI是一种标准，用于在计算机集群中进行并行计算。

-np 8：指定要使用的处理器数量或者指定使用的MPI进程数量。在这里，-np 8表示将使用8个处理器来运行程序。这意味着OpenMX程序将并行运行，利用多达8个处理器来加速计算过程。

openmx：这是要运行的程序的名称。openmx指的是OpenMX软件，这是一个用于材料科学和计算化学的开源软件包。

-runtest：这是OpenMX的一个特定选项，用于运行测试例子。这个选项通常用于验证安装和配置是否正确。通过运行内置的测试例子，可以确保OpenMX在我们的计算环境下正常工作。

-nt 2：这个选项指定每个MPI进程使用的线程数量。-nt 2表示每个MPI进程将使用2个线程。这通常用于利用多核处理器的多线程能力，以进一步加速计算。

三、openmx的输入输出文件

（1）输入文件

一般为.dat文件，在这个文件里关键字之后就是对应的参数，并且关键字的顺序是任意的，字母大小写不会影响关键字的识别。在开头标注“#”代表后面的内容为注释。

1、文件名

System.CurrrentDirectory            ./      #指定运行计算时的目录，这里./表示当前目录。如果需要指定其他目录，可以在这里更改
System.Name                               met   #定义当前计算任务的系统名称。这个名称会用于输出文件的命名，如：程序生成的输出文件（如 .out, .dat 等）会使用 met 作为前缀
level.of.stdout                   1    # default=1 (1-3)     #控制标准输出的详细程度。1：基本信息（默认）；2：详细信息；3：非常详细的信息
level.of.fileout                   1    # default=1 (0-2)     #控制文件输出的详细程度。0：不生成输出文件（最少信息）1：基本信息（默认）；2：详细信息

2、原子物种的定义

Species.Number       2                   # 定义计算中涉及的原子物种的数量，这里为2种原子

#以下这一块用于详细定义参与计算的每种原子物种及其相关参数

<Definition.of.Atomic.Species
  H   H5.0-s1          H_PBE19         

# H为氢原子；H5.0-s1 为原子基组的缩写名称，H5.0​​​​​​​为PAO （局部原子轨道）函数文件名,该文件必须存在于由 DATA.PATH 关键字指定的目录中，例如/openmx/DFT_DATA19/PAO/，其中 5.0 是 cutoff 半径，s1 表示该基组包含一个 s 轨道；H_PBE19指定该原子物种所用的赝势文件，H_PBE19 表示使用针对氢的 PBE（广义梯度近似，GGA）方法的赝势文件版本19
  C   C5.0-s1p1        C_PBE19       # C为碳原子；其他同上

Definition.of.Atomic.Species>

3、定义分子或晶体结构

Atoms.Number        3              #定义系统中总的原子数量
Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit   Ang    # Ang|AU，指定原子坐标的单位，Ang 表示使用埃（Ångström）作为单位，另一个可选单位是 AU（原子单位）

#下面这一块定义每个原子的物种、坐标及可选的起始和结束条件
<Atoms.SpeciesAndCoordinates 
 1  C -1.500  0.000  0.000  2.0 2.0
 2  C  0.000  0.000  0.000  2.0 2.0
 3  C  1.500  0.000  0.000  2.0 2.0
Atoms.SpeciesAndCoordinates>

（第一列：识别原子的顺序序列号。第二列：指定原子物种。第三、第四和第五列：分别给出x、y、z的坐标（当为关键字“Atoms.SpeciesAndCoordinates.Unit”选择“FRAC”时，第三、第四和第五列是跨越的分数坐标a，b，还有c轴，坐标范围可以从0.0到1.0，超出其范围的坐标将在读取输入文件后自动调整）。第六列和第七列：分别给出每个原子的向上和向下自旋状态的初始电荷数量。上升和下降电荷的总和必须是原子元素的价电子数。）

Atoms.UnitVectors.Unit             Ang     # Ang|AU ，指定晶胞向量的单位，Ang 表示使用埃作为单位，另一个可选单位是 AU

#下面这一块定义晶胞的单位向量，描述系统的周期性边界条件
<Atoms.UnitVectors                     
   4.5   0.0   0.0                                        #表示第一个单位向量为 (4.5, 0.0, 0.0)，即 x 方向长度为 4.5 Å
   0.0  10.0   0.0                                       #表示第二个单位向量为 (0.0, 10.0, 0.0)，即 y方向长度为 10.0 Å
   0.0   0.0  10.0                                       #表示第三个单位向量为 (0.0, 0.0, 10.0)，即 z方向长度为 10.0 Å
Atoms.UnitVectors>

4、SCF或者电子系统

(以后学习到再详细写)

（2）输出文件

1、设置的参数level.of.fileout=0时，会生成以下输出文件（如果系统名称已经命名为SysName）：

SysName.out        ：SCF计算历史、几何优化历史、Mulliken电荷、总能量、偶极矩

SysName.xyz        ：由MD或者几何优化获得的最终几何结构，可由OpenMX Viewer和XCrySDen读取进行可视化

SysName.bulk.xyz：使用 scf.EigenvalueSolver 参数并将其设置为 Band 时，程序会计算电子结构，并在输出中提供完整的原子坐标信息

SysName_rst/       ：存储重启文档的目录

SysName.md        ：以xyz格式显示每步MD的几何坐标

SysName.md2      ：最终MD步数的几何坐标

SysName.cif          ：cif格式的初始几何坐标

SysName.ene        ：每步MD计算的值，这些值可以在“iterout.c”程序例程中找到

2、设置的参数level.of.fileout=1时，除了 level.of.fileout=0 生成的文件之外，还会生成以下高斯立方体文件（如果系统名称已经命名为SysName）：

SysName.tden.cube  ：高斯立方体格式的总能量密度

SysName.sden.cube ：如果使用 LSDA-CA、LSDA-PW 或 GGA-PBE 进行自旋极化计算，则会以高斯立方体格式输出自旋电子密度，帮助我们分析系统中自旋分布的情况

SysName.dden.cube ：在高斯立方体格式下输出的电子密度差，它是通过将组成原子的电子密度进行叠加计算得到的。生成这个文件可以帮助研究电子密度变化或键合特征

SysName.v0.cube      ：用于上自旋的 Kohn-Sham 势（不包含非局域势）的高斯立方体格式文件。如果通过关键词 scf.ProExpn.VNA 启用了投影展开方法，则 VNA 势也被排除

SysName.v1.cube       ：用于下自旋的 Kohn-Sham 势（不包含非局域势）的高斯立方体格式文件。如果通过关键词 scf.ProExpn.VNA 启用了投影展开方法，则 VNA 势也被排除

SysName.vhart.cube  ：由差分电荷密度计算得到的 Hartree 势的高斯立方体格式文件

3、设置的参数level.of.fileout=2时，除了 level.of.fileout=1 生成的文件之外，还会生成以下文件（如果系统名称已经命名为SysName）：

SysName.vxc0.cube  ：用于上自旋的交换-相关势的高斯立方体格式文件

SysName.vxc1.cube  ：用于下自旋的交换-相关势的高斯立方体格式文件

SysName.grid            ：用于数值积分和泊松方程求解的实空间网格文件

4、如果 MO.fileout=ON 和 scf.EigenvalueSolver=Cluster，下列文件也会产生：

SysName.homo0_0.cube, SysName.homo0_1.cube, ...

HOMO 以高斯立方体格式输出。homo 后面的第一个数字表示自旋状态（上自旋=0，下自旋=1）。第二个数字指定本征态，例如，0、1 和 2 分别对应 HOMO、HOMO-1 和 HOMO-2

SysName.lumo0_0.cube, SysName.lumo0_1.cube, ...

 LUMO 以高斯立方体格式输出。lumo 后面的第一个数字表示自旋状态（上自旋=0，下自旋=1）。第二个数字指定本征态，例如，0、1 和 2 分别对应 LUMO、LUMO+1 和 LUMO+2

5、如果 MO.fileout=ON 和 scf.EigenvalueSolver=Band，下列文件也会产生：

SysName.homo0_0_0_r.cube, SysName.homo1_0_1_r.cube,...

SysName.homo0_0_0_i.cube, SysName.homo1_0_1_i.cube, ...

HOMO 以高斯立方体格式输出。homo 后的第一个数字表示 k 点编号，该编号由关键词 MO.kpoint 指定。第二个数字表示自旋状态（上自旋=0，下自旋=1）。第三个数字指定本征态，例如，0、1 和 2 分别对应 HOMO、HOMO-1 和 HOMO-2。r 和 i 表示波函数的实部和虚部

SysName.lumo0_0_0_r.cube, SysName.lumo1_0_1_r.cube,...

SysName.lumo0_0_0_i.cube, SysName.lumo1_0_1_i.cube, ...

LOMO 以高斯立方体格式输出。lomo 后的第一个数字表示 k 点编号，该编号由关键词 MO.kpoint 指定。第二个数字表示自旋状态（上自旋=0，下自旋=1）。第三个数字指定本征态，例如，0、1 和 2 分别对应 LOMO、LOMO-1 和 LOMO-2。r 和 i 表示波函数的实部和虚部

6、如果Band.Nkpath不为0，以及scf.EigenvalueSolver=Band，下列文件也会产生：

SysName.Band：用于带隙分布的数据文件，用于分析材料或分子的能带结构。我们可以通过这个文件查看能带在不同 k 点的能量分布，分析材料的导电性和能带特征

7、如果 Dos.fileout=ON，下列文件也会产生：

SysName.Dos.val  ：用于计算态密度的本征值数据文件

SysName.Dos.vec ：用于计算态密度的本征矢数据文件

8、如果 scf.SpinPolarization=NC 且 level.of.fileout=1 或 2，还会生成以下文件：

SysName.nco.xsf         ：一个向量文件，通过 Mulliken 分析投影到每个原子的非共线轨道矩，使用 XCrySDen 中的“Display→Forces”功能可以可视化

SysName.nc.xsf           ：一个向量文件，通过 Mulliken 分析投影到每个原子的非共线自旋矩，使用 XCrySDen 中的“Display→Forces”功能可以可视化

SysName.ncsden.xsf  ：一个向量文件，存储了在实空间网格上的非共线自旋矩，使用 XCrySDen 中的“Display→Forces”功能可以可视化

四、openmx画能带图

1、openmx画图工具生成

在openmx3.9/source/目录下找到bandgnu13.c文件，按以下命令编译该文件：

gcc bandgnu13.c -lm -o bandgnu13

将得到的执行文件bandgnu13复制到openmx3.9/work目录下：

cp  bandgnu13  ../work/

2、将text.Band文件转换为gnuplot格式

openmx3.9/work/bandgnu13   text.Band

• 运行该命令后会得到2到3个文件：'text.GNUBAND'、'text.​​​​​​​BANDDAT1'（'text.​​​​​​​BANDDAT2'）。（1和2分别为up- and down-spin states）
• 其中，text.GNUBAND为gnuplot的脚本文件，将会读取后面一个或者两个文件画图
• 如果使用在SCF计算中使用'LSDA-CA', 'LSDA-PW', or 'GGA-PBE'的自旋极化计算，自旋向下态的'text.​​​​​​​BANDDAT2'将会额外产生

3、使用gnuplot画图

在'text.GNUBAND'中编辑内容，以适应画出来的图形样式

输入以下指令进行绘图：gnuplot cdia.GNUBAND

在'text.GNUBAND'中添加以下内容可将画出来的图保存为jpg格式：

set terminal jpeg size 1000,1000 
set output "plot.jpg"                  #输出的文件名

在'text.GNUBAND'中添加以下内容可将画出来的图保存为png格式：

​​​​​​​set terminal pngcairo size 1000,1000 font 'Times New Roman,10'   ## 格式，大小和字体
set output "plot.png"  ###输出的文件名

其他内容可为：

set style data points                  #设置数据绘图风格为点图

set style data lines                     #设置数据绘图风格为折线图，每个数据点通过直线连接
set nokey                                    #不显示图例
set zeroaxis                                #绘制一条穿过原点的零轴（x=0或y=0），通常用于标示零点
set ytics 1                                    #设置y轴刻度间隔
set mytics 5                                #在主y轴刻度间隔内划分5个次刻度（单位eV）
set xra [0.000000:0.153785]   #设置x轴的显示范围
set yra [-0.021328:0.175540]  #设置y轴的显示范围
set ylabel "eV"                           #设置y轴刻度的单位（单位eV）
set xtics ("K" 0.000000, "Γ" 0.064997, "M" 0.121286, "K'" 0.153785)  #在x轴上定义特定的刻度点，并为每个点设置对应的标签
plot  "openmx.BANDDAT1" using 1:2 with points lc rgb "red",  \
        "openmx.BANDDAT2" using 1:2 with lines lc rgb "red"    

 #绘制两组数据在一幅图里，分别从文件 openmx.BANDDAT1 和openmx.BANDDAT2中读取数据并绘制，文件格式通常是 x 和 y (using 1:2)的数据对，其中 x 表示倒空间路径的位置，y 表示能量值。（with points）代表画点图，（with lines ）代表画线图，（lc rgb "red"）代表画的线为红色
pause -1                                     #暂停程序，等待用户按键以继续或退出