第08章 数据规整:聚合、合并和重塑--Python for Data Analysis 2nd

在许多应用中,数据可能分散在许多文件或数据库中,存储的形式也不利于分析。本章关注可以聚合、合并、重塑数据的方法。
首先,我会介绍pandas的层次化索引,它广泛用于以上操作。然后,我深入介绍了一些特殊的数据操作。在第14章,你可以看到这些工具的多种应用。

层次化索引

层次化索引(hierarchical indexing)是pandas的一项重要功能,它使你能在一个轴上拥有多个(两个以上)索引级别。抽象点说,它使你能以低维度形式处理高维度数据。我们先来看一个简单的例子:创建一个Series,并用一个由列表或数组组成的列表作为索引:

import pandas as pd

data = pd.Series(np.random.randn(9),
                   index=[['a', 'a', 'a', 'b', 'b', 'c', 'c', 'd', 'd'],
                           [1, 2, 3, 1, 3, 1, 2, 2, 3]])
data
a  1   -1.631597
   2    0.565528
   3    1.349319
b  1   -0.364927
   3   -0.069814
c  1    0.866054
   2   -0.007507
d  2   -1.166422
   3   -1.620899
dtype: float64

看到的结果是经过美化的带有MultiIndex索引的Series的格式。索引之间的“间隔”表示“直接使用上面的标签”:

data.index
MultiIndex(levels=[['a', 'b', 'c', 'd'], [1, 2, 3]],
           labels=[[0, 0, 0, 1, 1, 2, 2, 3, 3], [0, 1, 2, 0, 2, 0, 1, 1, 2]])

对于一个层次化索引的对象,可以使用所谓的部分索引,使用它选取数据子集的操作更简单:

data['b']
1   -0.364927
3   -0.069814
dtype: float64
data['b':'c']
b  1   -0.364927
   3   -0.069814
c  1    0.866054
   2   -0.007507
dtype: float64
data.loc[['b', 'd']]

b  1   -0.364927
   3   -0.069814
d  2   -1.166422
   3   -1.620899
dtype: float64

有时甚至还可以在“内层”中进行选取

data.loc["a",2]
0.5655279622354669
data.loc[:, 2]
a    0.565528
c   -0.007507
d   -1.166422
dtype: float64

层次化索引在数据重塑和基于分组的操作(如透视表生成)中扮演着重要的角色。例如,可以通过unstack方法将这段数据重新安排到一个DataFrame中:

data.unstack()
123
a-1.6315970.5655281.349319
b-0.364927NaN-0.069814
c0.866054-0.007507NaN
dNaN-1.166422-1.620899

unstack的逆运算是stack:

data.unstack().stack()

a  1   -1.631597
   2    0.565528
   3    1.349319
b  1   -0.364927
   3   -0.069814
c  1    0.866054
   2   -0.007507
d  2   -1.166422
   3   -1.620899
dtype: float64

stack和unstack将在本章后面详细讲解。

对于一个DataFrame,每条轴都可以有分层索引

frame = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((4, 3)),
                        index=[['a', 'a', 'b', 'b'], [1, 2, 1, 2]],
                         columns=[['Ohio', 'Ohio', 'Colorado'],
                                 ['Green', 'Red', 'Green']])
frame
OhioColorado
GreenRedGreen
a1012
2345
b1678
291011

各层都可以有名字(可以是字符串,也可以是别的Python对象)。如果指定了名称,它们就会显示在控制台输出中:

frame.index.names = ['key1', 'key2']
frame.columns.names = ['state', 'color']
frame
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key1key2
a1012
2345
b1678
291011

注意:小心区分索引名state、color与行标签。

有了部分列索引,因此可以轻松选取列分组

frame['Ohio']
colorGreenRed
key1key2
a101
234
b167
2910

可以单独创建MultiIndex然后复用。上面那个DataFrame中的(带有分级名称)列可以这样创建:

m_index1 = pd.MultiIndex.from_arrays([['Ohio', 'Ohio', 'Colorado'], ['Green', 'Red', 'Green']],
                       names=['state', 'color'])
m_index1
MultiIndex(levels=[['Colorado', 'Ohio'], ['Green', 'Red']],
           labels=[[1, 1, 0], [0, 1, 0]],
           names=['state', 'color'])
df1=pd.DataFrame(np.arange(12).reshape(4,3),columns=m_index1)
df1
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
0012
1345
2678
391011

重排与分级排序

有时,你需要重新调整某条轴上各级别的顺序,或根据指定级别上的值对数据进行排序。swaplevel接受两个级别编号或名称,并返回一个互换了级别的新对象(但数据不会发生变化):

frame
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key1key2
a1012
2345
b1678
291011
frame.swaplevel('key1', 'key2')
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key2key1
1a012
2a345
1b678
2b91011

而sort_index则根据单个级别中的值对数据进行排序。交换级别时,常常也会用到sort_index,这样最终结果就是按照指定顺序进行字母排序了:

frame.sort_index(level=1)
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key1key2
a1012
b1678
a2345
b291011
frame.swaplevel(0, 1).sort_index(level=0)
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key2key1
1a012
b678
2a345
b91011

根据级别汇总统计

许多对DataFrame和Series的描述和汇总统计都有一个level选项,它用于指定在某条轴上求和的级别。再以上面那个DataFrame为例,我们可以根据行或列上的级别来进行求和:

frame.sum(level='key2')
stateOhioColorado
colorGreenRedGreen
key2
16810
2121416
frame.sum(level='color', axis=1)
colorGreenRed
key1key2
a121
284
b1147
22010

这其实是利用了pandas的groupby功能,本书稍后将对其进行详细讲解。

使用DataFrame的列进行索引

人们经常想要将DataFrame的一个或多个列当做行索引来用,或者可能希望将行索引变成DataFrame的列。以下面这个DataFrame为例:

frame = pd.DataFrame({'a': range(7), 'b': range(7, 0, -1),
                        'c': ['one', 'one', 'one', 'two', 'two',
                                'two', 'two'],
                         'd': [0, 1, 2, 0, 1, 2, 3]})
    
frame   
abcd
007one0
116one1
225one2
334two0
443two1
552two2
661two3

DataFrame的set_index函数会将其一个或多个列转换为行索引,并创建一个新的DataFrame:

frame2 = frame.set_index(['c', 'd'])

frame2
ab
cd
one007
116
225
two034
143
252
361

默认情况下,那些列会从DataFrame中移除,但也可以将其保留下来:

frame.set_index(['c', 'd'], drop=False)
abcd
cd
one007one0
116one1
225one2
two034two0
143two1
252two2
361two3

reset_index的功能跟set_index刚好相反,层次化索引的级别会被转移到列里面:

frame2.reset_index()
cdab
0one007
1one116
2one225
3two034
4two143
5two252
6two361

合并数据集

pandas对象中的数据可以通过一些方式进行合并:

  • pandas.merge可根据一个或多个键将不同DataFrame中的行连接起来。SQL或其他关系型数据库的用户对此应该会比较熟悉,因为它实现的就是数据库的join操作。

  • pandas.concat可以沿着一条轴将多个对象堆叠到一起。

  • 实例方法combine_first可以将重复数据拼接在一起,用一个对象中的值填充另一个对象中的缺失值。

我将分别对它们进行讲解,并给出一些例子。本书剩余部分的示例中将经常用到它们。

数据库风格的DataFrame合并

数据集的合并(merge)或连接(join)运算是通过一个或多个键将行连接起来的。这些运算是关系型数据库(基于SQL)的核心。pandas的merge函数是对数据应用这些算法的主要切入点。

以一个简单的例子开始:

df1 = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'a', 'b'],
                    'data1': range(7)})
    
df2 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'd'],
                  'data2': range(3)})


df1
keydata1
0b0
1b1
2a2
3c3
4a4
5a5
6b6
df2
keydata2
0a0
1b1
2d2

这是一种多对一的合并。df1中的数据有多个被标记为a和b的行,而df2中key列的每个值则仅对应一行。对这些对象调用merge即可得到

pd.merge(df1, df2)
keydata1data2
0b01
1b11
2b61
3a20
4a40
5a50

注意,我并没有指明要用哪个列进行连接。如果没有指定,merge就会将重叠列的列名当做键。不过,最好明确指定一下:

pd.merge(df1, df2, on='key')
keydata1data2
0b01
1b11
2b61
3a20
4a40
5a50

如果两个对象的列名不同,也可以分别进行指定:

df3 = pd.DataFrame({'lkey': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'a', 'b'],
                   'data1': range(7)})

df4 = pd.DataFrame({'rkey': ['a', 'b', 'd'],
                  'data2': range(3)})
pd.merge(df3, df4, left_on='lkey', right_on='rkey')
lkeydata1rkeydata2
0b0b1
1b1b1
2b6b1
3a2a0
4a4a0
5a5a0

可能你已经注意到了,结果里面c和d以及与之相关的数据消失了。默认情况下,merge做的是“内连接”;结果中的键是交集。其他方式还有"left"、“right"以及"outer”。外连接求取的是键的并集,组合了左连接和右连接的效果:

pd.merge(df1, df2, how='outer')
keydata1data2
0b0.01.0
1b1.01.0
2b6.01.0
3a2.00.0
4a4.00.0
5a5.00.0
6c3.0NaN
7dNaN2.0

这些选项进行了总结。

选项说明
inner使用两个表都有的键
left使用左表中所有的键
right使用右表中所有的键
outer使用两个表中所有的键

多对多的合并有些不直观。看下面的例子:

df1 = pd.DataFrame({'key': ['b', 'b', 'a', 'c', 'a', 'b'],
                    'data1': range(6)})


df2 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'a', 'b', 'd'],
                  'data2': range(5)})
df1
keydata1
0b0
1b1
2a2
3c3
4a4
5b5
df2
keydata2
0a0
1b1
2a2
3b3
4d4
pd.merge(df1, df2, on='key', how='left')
keydata1data2
0b01.0
1b03.0
2b11.0
3b13.0
4a20.0
5a22.0
6c3NaN
7a40.0
8a42.0
9b51.0
10b53.0

多对多连接产生的是行的笛卡尔积。由于左边的DataFrame有3个"b"行,右边的有2个,所以最终结果中就有6个"b"行。连接方式只影响出现在结果中的不同的键的值:

pd.merge(df1, df2, how='inner')
keydata1data2
0b01
1b03
2b11
3b13
4b51
5b53
6a20
7a22
8a40
9a42

要根据多个键进行合并,传入一个由列名组成的列表即可

left = pd.DataFrame({'key1': ['foo', 'foo', 'bar'],
                     'key2': ['one', 'two', 'one'],
                      'lval': [1, 2, 3]})

right = pd.DataFrame({'key1': ['foo', 'foo', 'bar', 'bar'],
                         'key2': ['one', 'one', 'one', 'two'],
                          'rval': [4, 5, 6, 7]})


left
key1key2lval
0fooone1
1footwo2
2barone3
right
key1key2rval
0fooone4
1fooone5
2barone6
3bartwo7
pd.merge(left, right, on=['key1', 'key2'], how='outer')
key1key2lvalrval
0fooone1.04.0
1fooone1.05.0
2footwo2.0NaN
3barone3.06.0
4bartwoNaN7.0

结果中会出现哪些键组合取决于所选的合并方式,你可以这样来理解:多个键形成一系列元组,并将其当做单个连接键(当然,实际上并不是这么回事)。

注意:在进行列-列连接时,DataFrame对象中的索引会被丢弃。

对于合并运算需要考虑的最后一个问题是对重复列名的处理。虽然你可以手工处理列名重叠的问题(查看前面介绍的重命名轴标签),但merge有一个更实用的suffixes选项,用于指定附加到左右两个DataFrame对象的重叠列名上的字符串:

pd.merge(left, right, on='key1')
key1key2_xlvalkey2_yrval
0fooone1one4
1fooone1one5
2footwo2one4
3footwo2one5
4barone3one6
5barone3two7
pd.merge(left, right, on='key1', suffixes=('_left', '_right'))
key1key2_leftlvalkey2_rightrval
0fooone1one4
1fooone1one5
2footwo2one4
3footwo2one5
4barone3one6
5barone3two7

merge的参数请参见表。使用DataFrame的行索引合并是下一节的主题。

参数说明
left参与合并的左侧DataFrame
right参与合并的右侧DataFrame
how“inner”,“outer”.“left”,“right"其中之一,默认"inner”
on用于连接的列名。必须存在于左右两个DataFrame对象中。如果未指定,则以left和right列名的交集作为连接键
left_on左侧DtatFrame中用作连接键的列
right_on右侧DtatFrame中用作连接键的列
left_index左侧的行索引用作其连接键
right_index类似于left_index
sort根据连接键对合并后的数据进行排序,默认True,有时在处理大数集时,禁用该选项可获得更好的性能
suffixes字符串值元组,用于追加到重叠列名的末尾
copy设置为False,可以在某些特殊情况下避免将数据复制到结果数组中。默认总是复制

indicator 添加特殊的列_merge,它可以指明每个行的来源,它的值有left_only、right_only或both,根据每行的合并数据的来源。

索引上的合并

有时候,DataFrame中的连接键位于其索引中。在这种情况下,你可以传入left_index=True或right_index=True(或两个都传)以说明索引应该被用作连接键:

left1 = pd.DataFrame({'key': ['a', 'b', 'a', 'a', 'b', 'c'],
                         'value': range(6)})

right1 = pd.DataFrame({'group_val': [3.5, 7]}, index=['a', 'b'])
left1
keyvalue
0a0
1b1
2a2
3a3
4b4
5c5
right1
group_val
a3.5
b7.0
pd.merge(left1, right1, left_on='key', right_index=True)
keyvaluegroup_val
0a03.5
2a23.5
3a33.5
1b17.0
4b47.0

由于默认的merge方法是求取连接键的交集,因此你可以通过外连接的方式得到它们的并集:

pd.merge(left1, right1, left_on='key', right_index=True, how='outer')
keyvaluegroup_val
0a03.5
2a23.5
3a33.5
1b17.0
4b47.0
5c5NaN

对于层次化索引的数据,事情就有点复杂了,因为索引的合并默认是多键合并:

lefth = pd.DataFrame({'key1': ['Ohio', 'Ohio', 'Ohio',
                                 'Nevada', 'Nevada'],
                      'key2': [2000, 2001, 2002, 2001, 2002],
                      'data': np.arange(5.)})


righth = pd.DataFrame(np.arange(12).reshape((6, 2)),
                        index=[['Nevada', 'Nevada', 'Ohio', 'Ohio',
                                 'Ohio', 'Ohio'],
                               [2001, 2000, 2000, 2000, 2001, 2002]],
                        columns=['event1', 'event2'])
lefth
key1key2data
0Ohio20000.0
1Ohio20011.0
2Ohio20022.0
3Nevada20013.0
4Nevada20024.0
righth
event1event2
Nevada200101
200023
Ohio200045
200067
200189
20021011

这种情况下,你必须以列表的形式指明用作合并键的多个列(注意用how='outer’对重复索引值的处理):

 pd.merge(lefth, righth, left_on=['key1', 'key2'], right_index=True)
key1key2dataevent1event2
0Ohio20000.045
0Ohio20000.067
1Ohio20011.089
2Ohio20022.01011
3Nevada20013.001
 pd.merge(lefth, righth, left_on=['key1', 'key2'],
          right_index=True, how='outer')
key1key2dataevent1event2
0Ohio20000.04.05.0
0Ohio20000.06.07.0
1Ohio20011.08.09.0
2Ohio20022.010.011.0
3Nevada20013.00.01.0
4Nevada20024.0NaNNaN
4Nevada2000NaN2.03.0

同时使用合并双方的索引也没问题:

left2 = pd.DataFrame([[1., 2.], [3., 4.], [5., 6.]],
                         index=['a', 'c', 'e'],
                        columns=['Ohio', 'Nevada'])
right2 = pd.DataFrame([[7., 8.], [9., 10.], [11., 12.], [13, 14]],
                       index=['b', 'c', 'd', 'e'],
                         columns=['Missouri', 'Alabama'])
left2
OhioNevada
a1.02.0
c3.04.0
e5.06.0
right2
MissouriAlabama
b7.08.0
c9.010.0
d11.012.0
e13.014.0
pd.merge(left2, right2, how='outer', left_index=True, right_index=True)
OhioNevadaMissouriAlabama
a1.02.0NaNNaN
bNaNNaN7.08.0
c3.04.09.010.0
dNaNNaN11.012.0
e5.06.013.014.0

DataFrame还有一个便捷的join实例方法,它能更为方便地实现按索引合并。它还可用于合并多个带有相同或相似索引的DataFrame对象,但要求没有重叠的列。在上面那个例子中,我们可以编写:

left2.join(right2, how='outer')
OhioNevadaMissouriAlabama
a1.02.0NaNNaN
bNaNNaN7.08.0
c3.04.09.010.0
dNaNNaN11.012.0
e5.06.013.014.0

因为一些历史版本的遗留原因,DataFrame的join方法默认使用的是左连接,保留左边表的行索引。它还支持在调用的DataFrame的列上,连接传递的DataFrame索引:

left1.join(right1, on='key')
keyvaluegroup_val
0a03.5
1b17.0
2a23.5
3a33.5
4b47.0
5c5NaN

最后,对于简单的索引合并,你还可以向join传入一组DataFrame,下一节会介绍更为通用的concat函数,也能实现此功能:

another = pd.DataFrame([[7., 8.], [9., 10.], [11., 12.], [16., 17.]],
                           index=['a', 'c', 'e', 'f'],
                         columns=['New York',
'Oregon'])

another
New YorkOregon
a7.08.0
c9.010.0
e11.012.0
f16.017.0
left2.join([right2, another])
OhioNevadaMissouriAlabamaNew YorkOregon
a1.02.0NaNNaN7.08.0
c3.04.09.010.09.010.0
e5.06.013.014.011.012.0
left2.join([right2, another], how='outer')
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/pandas/core/frame.py:6369: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  verify_integrity=True)
OhioNevadaMissouriAlabamaNew YorkOregon
a1.02.0NaNNaN7.08.0
bNaNNaN7.08.0NaNNaN
c3.04.09.010.09.010.0
dNaNNaN11.012.0NaNNaN
e5.06.013.014.011.012.0
fNaNNaNNaNNaN16.017.0

轴向连接

另一种数据合并运算也被称作连接(concatenation)、绑定(binding)或堆叠(stacking)。NumPy的concatenation函数可以用NumPy数组来做:

arr = np.arange(12).reshape((3, 4))
arr
array([[ 0,  1,  2,  3],
       [ 4,  5,  6,  7],
       [ 8,  9, 10, 11]])
np.concatenate([arr, arr], axis=1)
array([[ 0,  1,  2,  3,  0,  1,  2,  3],
       [ 4,  5,  6,  7,  4,  5,  6,  7],
       [ 8,  9, 10, 11,  8,  9, 10, 11]])

对于pandas对象(如Series和DataFrame),带有标签的轴使你能够进一步推广数组的连接运算。具体点说,你还需要考虑以下这些东西:

  • 如果对象在其它轴上的索引不同,我们应该合并这些轴的不同元素还是只使用交集?
  • 连接的数据集是否需要在结果对象中可识别?
  • 连接轴中保存的数据是否需要保留?许多情况下,DataFrame默认的整数标签最好在连接时删掉。

pandas的concat函数提供了一种能够解决这些问题的可靠方式。我将给出一些例子来讲解其使用方式。假设有三个没有重叠索引的Series:

s1 = pd.Series([0, 1], index=['a', 'b'])

s2 = pd.Series([2, 3, 4], index=['c', 'd', 'e'])

s3 = pd.Series([5, 6], index=['f', 'g'])

对这些对象调用concat可以将值和索引粘合在一起:

pd.concat([s1, s2, s3])
a    0
b    1
c    2
d    3
e    4
f    5
g    6
dtype: int64

默认情况下,concat是在axis=0上工作的,最终产生一个新的Series。如果传入axis=1,则结果就会变成一个DataFrame(axis=1是列):

pd.concat([s1, s2, s3], axis=1)
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
012
a0.0NaNNaN
b1.0NaNNaN
cNaN2.0NaN
dNaN3.0NaN
eNaN4.0NaN
fNaNNaN5.0
gNaNNaN6.0

这种情况下,另外的轴上没有重叠,从索引的有序并集(外连接)上就可以看出来。传入join='inner’即可得到它们的交集:

s4 = pd.concat([s1, s3])
s4
a    0
b    1
f    5
g    6
dtype: int64
pd.concat([s1, s4], axis=1)
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
01
a0.00
b1.01
fNaN5
gNaN6
pd.concat([s1, s4], axis=1, join='inner')
01
a00
b11

在这个例子中,f和g标签消失了,是因为使用的是join='inner’选项。

你可以通过join_axes指定要在其它轴上使用的索引:

pd.concat([s1, s4], axis=1, join_axes=[['a', 'c', 'b', 'e']])
01
a0.00.0
cNaNNaN
b1.01.0
eNaNNaN

不过有个问题,参与连接的片段在结果中区分不开。假设你想要在连接轴上创建一个层次化索引。使用keys参数即可达到这个目的:

result = pd.concat([s1, s1, s3], keys=['one','two', 'three'])
result
one    a    0
       b    1
two    a    0
       b    1
three  f    5
       g    6
dtype: int64
result.unstack()
abfg
one0.01.0NaNNaN
two0.01.0NaNNaN
threeNaNNaN5.06.0

如果沿着axis=1对Series进行合并,则keys就会成为DataFrame的列头:

pd.concat([s1, s2, s3], axis=1, keys=['one','two', 'three'])
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
onetwothree
a0.0NaNNaN
b1.0NaNNaN
cNaN2.0NaN
dNaN3.0NaN
eNaN4.0NaN
fNaNNaN5.0
gNaNNaN6.0

同样的逻辑也适用于DataFrame对象:

df1 = pd.DataFrame(np.arange(6).reshape(3, 2), index=['a', 'b', 'c'],
                    columns=['one', 'two'])


df2 = pd.DataFrame(5 + np.arange(4).reshape(2, 2), index=['a', 'c'],
                       columns=['three', 'four'])

df1
onetwo
a01
b23
c45
df2
threefour
a56
c78
pd.concat([df1, df2], axis=1, keys=['level1', 'level2'])
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
level1level2
onetwothreefour
a015.06.0
b23NaNNaN
c457.08.0

如果传入的不是列表而是一个字典,则字典的键就会被当做keys选项的值:

pd.concat({'level1': df1, 'level2': df2}, axis=1)
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:1: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.

  """Entry point for launching an IPython kernel.
level1level2
onetwothreefour
a015.06.0
b23NaNNaN
c457.08.0

此外还有两个用于管理层次化索引创建方式的参数(参见表)。举个例子,我们可以用names参数命名创建的轴级别:

pd.concat([df1, df2], axis=1, keys=['level1', 'level2'],
            names=['upper', 'lower'])
/root/miniconda3/lib/python3.6/site-packages/ipykernel_launcher.py:2: FutureWarning: Sorting because non-concatenation axis is not aligned. A future version
of pandas will change to not sort by default.

To accept the future behavior, pass 'sort=False'.

To retain the current behavior and silence the warning, pass 'sort=True'.
upperlevel1level2
loweronetwothreefour
a015.06.0
b23NaNNaN
c457.08.0

最后一个关于DataFrame的问题是,DataFrame的行索引不包含任何相关数据:

df1 = pd.DataFrame(np.random.randn(3, 4), columns=['a', 'b', 'c', 'd'])


df2 = pd.DataFrame(np.random.randn(2, 3), columns=['b', 'd', 'a'])

df1
abcd
00.177684-0.3336670.8458282.385357
1-1.2236871.0566610.9001900.144737
20.0040820.694430-0.3141252.032626
df2
bda
01.0831061.116694-0.413869
1-0.6710380.8924960.414917

在这种情况下,传入ignore_index=True即可:

pd.concat([df1, df2], ignore_index=True, sort=False)
abcd
00.177684-0.3336670.8458282.385357
1-1.2236871.0566610.9001900.144737
20.0040820.694430-0.3141252.032626
3-0.4138691.083106NaN1.116694
40.414917-0.671038NaN0.892496

concat函数的参数

参数说明
objs参与连接的pandas对象的列表或字典。唯一必需的参数
axis指明连接的轴向,默认0
joininner,outer其中之一,默认是outer。指明其他轴上的索引是按交集(inner)还是并集(outer)进行合并
join_axes指明用于其他n-1条轴的索引,不执行并集/交集运算
keys与连接对象有关的值,用于形成连接轴上的层次化索引
levels指定用作层次化索引各级别上的索引,如果设置了keys的话
names用于创建分层级别的名称,如果设置了keys或(和)levels的话
verify_intergrity检查结果对象新轴上的重复情况,默认False允许重复
ignore_index不保留连接轴上的索引,产生一组新索引range(total_length)

合并重叠数据

还有一种数据组合问题不能用简单的合并(merge)或连接(concatenation)运算来处理。比如说,你可能有索引全部或部分重叠的两个数据集。举个有启发性的例子,我们使用NumPy的where函数,它表示一种等价于面向数组的if-else:

a = pd.Series([np.nan, 2.5, np.nan, 3.5, 4.5, np.nan],
              index=['f', 'e', 'd', 'c', 'b', 'a'])

b = pd.Series(np.arange(len(a), dtype=np.float64),
                  index=['f', 'e', 'd', 'c', 'b', 'a'])


b[-1] = np.nan
    
a  
f    NaN
e    2.5
d    NaN
c    3.5
b    4.5
a    NaN
dtype: float64
b
f    0.0
e    1.0
d    2.0
c    3.0
b    4.0
a    NaN
dtype: float64
np.where(pd.isnull(a), b, a)
array([0. , 2.5, 2. , 3.5, 4.5, nan])

Series有一个combine_first方法,实现的也是一样的功能,还带有pandas的数据对齐:

b[:-2].combine_first(a[2:])
a    NaN
b    4.5
c    3.0
d    2.0
e    1.0
f    0.0
dtype: float64

对于DataFrame,combine_first自然也会在列上做同样的事情,因此你可以将其看做:用传递对象中的数据为调用对象的缺失数据“打补丁”:

df1 = pd.DataFrame({'a': [1., np.nan, 5., np.nan],
                    'b': [np.nan, 2., np.nan, 6.],
                    'c': range(2, 18, 4)})
    
    
df2 = pd.DataFrame({'a': [5., 4., np.nan, 3., 7.],
                  'b': [np.nan, 3., 4., 6., 8.]})
df1
abc
01.0NaN2
1NaN2.06
25.0NaN10
3NaN6.014
df2
ab
05.0NaN
14.03.0
2NaN4.0
33.06.0
47.08.0
df1.combine_first(df2)
abc
01.0NaN2.0
14.02.06.0
25.04.010.0
33.06.014.0
47.08.0NaN

重塑和轴向旋转

有许多用于重新排列表格型数据的基础运算。这些函数也称作重塑(reshape)或轴向旋转(pivot)运算。

重塑层次化索引

层次化索引为DataFrame数据的重排任务提供了一种具有良好一致性的方式。主要功能有二:

  • stack:将数据的列“旋转”为行。
  • unstack:将数据的行“旋转”为列。

我将通过一系列的范例来讲解这些操作。接下来看一个简单的DataFrame,其中的行列索引均为字符串数组:

data = pd.DataFrame(np.arange(6).reshape((2, 3)),
        index=pd.Index(['Ohio','Colorado'], name='state'),
        columns=pd.Index(['one', 'two', 'three'],name='number'))


data
numberonetwothree
state
Ohio012
Colorado345

对该数据使用stack方法即可将列转换为行,得到一个Series:

result = data.stack()

result
state     number
Ohio      one       0
          two       1
          three     2
Colorado  one       3
          two       4
          three     5
dtype: int64

对于一个层次化索引的Series,你可以用unstack将其重排为一个DataFrame:

result.unstack()
numberonetwothree
state
Ohio012
Colorado345

默认情况下,unstack操作的是最内层(stack也是如此)。传入分层级别的编号或名称即可对其它级别进行unstack操作

result.unstack(0)
stateOhioColorado
number
one03
two14
three25
result.unstack('state')
stateOhioColorado
number
one03
two14
three25

如果不是所有的级别值都能在各分组中找到的话,则unstack操作可能会引入缺失数据:

s1 = pd.Series([0, 1, 2, 3], index=['a', 'b', 'c', 'd'])
    

s2 = pd.Series([4, 5, 6], index=['c', 'd', 'e'])

data2 = pd.concat([s1, s2], keys=['one', 'two'])


data2


one  a    0
     b    1
     c    2
     d    3
two  c    4
     d    5
     e    6
dtype: int64
data2.unstack()
abcde
one0.01.02.03.0NaN
twoNaNNaN4.05.06.0

stack默认会滤除缺失数据,因此该运算是可逆的:

data2.unstack()
abcde
one0.01.02.03.0NaN
twoNaNNaN4.05.06.0
data2.unstack().stack()
one  a    0.0
     b    1.0
     c    2.0
     d    3.0
two  c    4.0
     d    5.0
     e    6.0
dtype: float64
data2.unstack().stack(dropna=False)
one  a    0.0
     b    1.0
     c    2.0
     d    3.0
     e    NaN
two  a    NaN
     b    NaN
     c    4.0
     d    5.0
     e    6.0
dtype: float64

在对DataFrame进行unstack操作时,作为旋转轴的级别将会成为结果中的最低级别:

df = pd.DataFrame({'left': result, 'right': result + 5},
                    columns=pd.Index(['left', 'right'], name='side'))
df
sideleftright
statenumber
Ohioone05
two16
three27
Coloradoone38
two49
three510
df.unstack('state')
sideleftright
stateOhioColoradoOhioColorado
number
one0358
two1469
three25710

当调用stack,我们可以指明轴的名字:

df.unstack('state').stack('side')
stateColoradoOhio
numberside
oneleft30
right85
twoleft41
right96
threeleft52
right107

将“长格式”旋转为“宽格式”

多个时间序列数据通常是以所谓的“长格式”(long)或“堆叠格式”(stacked)存储在数据库和CSV中的。我们先加载一些示例数据,做一些时间序列规整和数据清洗:

data = pd.read_csv('examples/macrodata.csv')

data.head()
yearquarterrealgdprealconsrealinvrealgovtrealdpicpim1tbilrateunemppopinflrealint
01959.01.02710.3491707.4286.898470.0451886.928.98139.72.825.8177.1460.000.00
11959.02.02778.8011733.7310.859481.3011919.729.15141.73.085.1177.8302.340.74
21959.03.02775.4881751.8289.226491.2601916.429.35140.53.825.3178.6572.741.09
31959.04.02785.2041753.7299.356484.0521931.329.37140.04.335.6179.3860.274.06
41960.01.02847.6991770.5331.722462.1991955.529.54139.63.505.2180.0072.311.19
periods = pd.PeriodIndex(year=data.year, quarter=data.quarter,
                       name='date')
periods
PeriodIndex(['1959Q1', '1959Q2', '1959Q3', '1959Q4', '1960Q1', '1960Q2',
             '1960Q3', '1960Q4', '1961Q1', '1961Q2',
             ...
             '2007Q2', '2007Q3', '2007Q4', '2008Q1', '2008Q2', '2008Q3',
             '2008Q4', '2009Q1', '2009Q2', '2009Q3'],
            dtype='period[Q-DEC]', name='date', length=203, freq='Q-DEC')
columns = pd.Index(['realgdp', 'infl', 'unemp'], name='item')

columns
Index(['realgdp', 'infl', 'unemp'], dtype='object', name='item')
data = data.reindex(columns=columns)

data.head()
itemrealgdpinflunemp
02710.3490.005.8
12778.8012.345.1
22775.4882.745.3
32785.2040.275.6
42847.6992.315.2
data.index = periods.to_timestamp('D', 'end')

data.head()
itemrealgdpinflunemp
date
1959-03-312710.3490.005.8
1959-06-302778.8012.345.1
1959-09-302775.4882.745.3
1959-12-312785.2040.275.6
1960-03-312847.6992.315.2
ldata = data.stack().reset_index().rename(columns={0: 'value'})

ldata.head()
dateitemvalue
01959-03-31realgdp2710.349
11959-03-31infl0.000
21959-03-31unemp5.800
31959-06-30realgdp2778.801
41959-06-30infl2.340

这就是多个时间序列(或者其它带有两个或多个键的可观察数据,这里,我们的键是date和item)的长格式。表中的每行代表一次观察。

关系型数据库(如MySQL)中的数据经常都是这样存储的,因为固定架构(即列名和数据类型)有一个好处:随着表中数据的添加,item列中的值的种类能够增加。在前面的例子中,date和item通常就是主键(用关系型数据库的说法),不仅提供了关系完整性,而且提供了更为简单的查询支持。有的情况下,使用这样的数据会很麻烦,你可能会更喜欢DataFrame,不同的item值分别形成一列,date列中的时间戳则用作索引。DataFrame的pivot方法完全可以实现这个转换:

pivoted = ldata.pivot('date', 'item', 'value')


pivoted.head()
iteminflrealgdpunemp
date
1959-03-310.002710.3495.8
1959-06-302.342778.8015.1
1959-09-302.742775.4885.3
1959-12-310.272785.2045.6
1960-03-312.312847.6995.2

前两个传递的值分别用作行和列索引,最后一个可选值则是用于填充DataFrame的数据列。假设有两个需要同时重塑的数据列:

ldata['value2'] = np.random.randn(len(ldata))

ldata.head()
dateitemvaluevalue2
01959-03-31realgdp2710.349-0.201684
11959-03-31infl0.000-0.821067
21959-03-31unemp5.800-0.520952
31959-06-30realgdp2778.8011.085979
41959-06-30infl2.3400.879421

如果忽略最后一个参数,得到的DataFrame就会带有层次化的列:

pivoted = ldata.pivot('date', 'item')

pivoted[:5]
valuevalue2
iteminflrealgdpunempinflrealgdpunemp
date
1959-03-310.002710.3495.8-0.821067-0.201684-0.520952
1959-06-302.342778.8015.10.8794211.085979-0.013487
1959-09-302.742775.4885.31.1039060.4962490.645224
1959-12-310.272785.2045.6-1.825783-0.1907131.630975
1960-03-312.312847.6995.2-0.6254690.529104-1.600850
pivoted['value'][:5]
iteminflrealgdpunemp
date
1959-03-310.002710.3495.8
1959-06-302.342778.8015.1
1959-09-302.742775.4885.3
1959-12-310.272785.2045.6
1960-03-312.312847.6995.2

注意,pivot其实就是用set_index创建层次化索引,再用unstack重塑:

ldata.set_index(['date', 'item']).head()
valuevalue2
dateitem
1959-03-31realgdp2710.349-0.201684
infl0.000-0.821067
unemp5.800-0.520952
1959-06-30realgdp2778.8011.085979
infl2.3400.879421
unstacked = ldata.set_index(['date', 'item']).unstack('item')

unstacked[:7]
valuevalue2
iteminflrealgdpunempinflrealgdpunemp
date
1959-03-310.002710.3495.8-0.821067-0.201684-0.520952
1959-06-302.342778.8015.10.8794211.085979-0.013487
1959-09-302.742775.4885.31.1039060.4962490.645224
1959-12-310.272785.2045.6-1.825783-0.1907131.630975
1960-03-312.312847.6995.2-0.6254690.529104-1.600850
1960-06-300.142834.3905.2-1.478618-1.1890620.675593
1960-09-302.702839.0225.6-0.659115-0.0613520.118526

将“宽格式”旋转为“长格式”

旋转DataFrame的逆运算是pandas.melt。它不是将一列转换到多个新的DataFrame,而是合并多个列成为一个,产生一个比输入长的DataFrame。看一个例子:

df = pd.DataFrame({'key': ['foo', 'bar', 'baz'],
                      'A': [1, 2, 3],
                       'B': [4, 5, 6],
                       'C': [7, 8, 9]})

df
keyABC
0foo147
1bar258
2baz369

key列可能是分组指标,其它的列是数据值。当使用pandas.melt,我们必须指明哪些列是分组指标。下面使用key作为唯一的分组指标:

melted = pd.melt(df, ['key'])
melted
keyvariablevalue
0fooA1
1barA2
2bazA3
3fooB4
4barB5
5bazB6
6fooC7
7barC8
8bazC9

使用pivot,可以重塑回原来的样子:

reshaped = melted.pivot('key', 'variable', 'value')
reshaped
variableABC
key
bar258
baz369
foo147

因为pivot的结果从列创建了一个索引,用作行标签,我们可以使用reset_index将数据移回列:

reshaped.reset_index()
variablekeyABC
0bar258
1baz369
2foo147

你还可以指定列的子集,作为值的列:

pd.melt(df, id_vars=['key'], value_vars=['A', 'B'])
keyvariablevalue
0fooA1
1barA2
2bazA3
3fooB4
4barB5
5bazB6

pandas.melt也可以不用分组指标:

pd.melt(df, value_vars=['A', 'B', 'C'])
variablevalue
0A1
1A2
2A3
3B4
4B5
5B6
6C7
7C8
8C9
pd.melt(df, value_vars=['key', 'A', 'B'])
variablevalue
0keyfoo
1keybar
2keybaz
3A1
4A2
5A3
6B4
7B5
8B6

总结

现在你已经掌握了pandas数据导入、清洗、重塑,我们可以进一步学习matplotlib数据可视化。我们在稍后会回到pandas,学习更高级的分析。

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