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RSS订阅原创 转录组分析流程
文章目录分析流程概述下载测试数据数据质量控制Tophat –> Cufflink –> Cuffdiff流程代码Subread -> featureCounts -> DESeq2流程代码DESeq2差异分析读取数据,提取表达矩阵表型数据读取,样本分组信息可视化样本间的相似性构建DESeqDataSet（dds）对象使用rlo
2018-12-31 16:33:59
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原创 转录组背景知识
RNA-seq 相关概念RNA-Seq具体来说，首先对生物样品中的RNA反转录为cDNA，而后，将这些cDNA打碎为较小片段后，上机进行测序转录组(transcriptome)是指特定类型细胞中全体转录本(transcript)的集合RNA种类RNAexplanationcoding RNA：mRNA信使RNAnoncoding RNA：rRNA核糖体RN...
2018-12-31 16:03:22
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原创 samtools用法详解
文章目录下载安装测试数据命令详解dictfaidxindexreheaderrmdupcatmergempileup查看参数mpileup生成的结果有参考序列的pileup使用生成一个简单的vcf文件sort查看用法主要参数释义：splitfastqfastabedcovdepthflagstatidxstatsstatsflagstviewviewbam文件转换为sam文件sam文件转换为bam...
2018-12-21 22:33:35
16212
原创 生物信息数据格式：sam,bam格式
数据获取首先安装bowtie短序列比对软件wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie2/2.3.4.3/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipunzip bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64.zipln -s ~/local/app/bowtie2-2.3.4.3...
2018-12-19 13:55:48
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原创 python生信编程6-10
文章目录Counting Point Mutations 统计点突变ProblemSample DatasetSample Output孟德尔第一定律/分离定律问题说明样本集结果输出Translating RNA into Protein/RNA翻译成蛋白质ProblemSample DatasetSample OutputFinding a Motif in DNA/在DNA中找模体Proble...
2018-12-18 22:14:17
1929
原创 python生信编程1-5
文章目录Counting DNA NucleotidesProblemSample DatasetSample OutputTranscribing DNA into RNAProblemSample DatasetSample OutputComplementing a Strand of DNAProblemSample DatasetSample OutputRabbits and Recu...
2018-12-16 17:38:40
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原创 bedtools指南
文章目录官方文档下载安装演示版的bed文件 (demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt）两侧的运算填充运算下载测试数据提取与genes.gff的间隔相对应的序列获取测试数据用这个间隔文件去分割bam文件实战案例获取数据bedtools intersect从注释文件中，选取启动子找到跟每个exon最近的启动子官方文档https://bedtools.readthedocs.io...
2018-12-16 12:09:30
8081
原创 生物信息数据格式：bed格式
文章目录BED format（基因组的注释文件）基本列附加列示例[Bedtools简介](https://bedtools.readthedocs.io/en/latest/index.html)下载安装演示版的bed文件 (demo.bed)我们的基因组文件（genome.txt）[bedtools slop](http://bedtools.readthedocs.io/en/latest/c...
2018-12-15 22:01:40
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原创 生物信息数据格式：gff,gtf格式
文章目录gff示例gtf示例gff和gtf的区别gffGFF(General Feature Format)是一种用来描述基因组特征的文件，现在我们所使用的大部分都是第三版（gff3）。gff文件除gff1以外均由9列数据组成，前8列在gff的3个版本中信息都是相同的，只是名称不同：第9列attributes的内容存在很大的版本特异性。这9列信息（以gff3为例）分别是：seqid so...
2018-12-15 14:00:08
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原创 sed编辑生物信息数据
文章目录stream editor 流编辑器sed工具工作原理及特性sed 命令NAMESYNOPSISOptionsAddressCommand地址定界常规方法基因组注释文件（gtf）数据示例：空地址：即对全文进行处理2 单地址3 地址范围4 步进地址表示法sed编辑命令d : 删除模式空间中的内容p : 显示被模式框定的内容a \line : 追加line行至匹配到行的后面，如果是多行可使用...
2018-12-15 13:52:00
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原创 生物信息数据格式：fasta格式
文章目录格式说明查看fasta实例演练读取fasta文件，并打印把每条FASTA序列连成一行然后输出把每条FASTA序列按一定长度输出提取fasta.name中名字对应的test2.fa的序列，并输出到屏幕。格式说明Fasta格式首先以大于号>开头，接着是序列的标识符，然后是序列的描述信息。换行后是序列信息，序列中允许空格，换行，空行，直到下一个大于号，表示该序列的结束。查看fasta...
2018-12-14 17:58:30
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原创 转录组分析R基础知识
数据wget https://ndownloader.figshare.com/articles/3219685?private_link=1d788fd384d33e913a2a -O 3219685.zip!ls -l 3219685/总用量 2588-rw-r--r-- 1 root root 1340161 12月 9 07:43 GSE60450_Lactation-Ge...
2018-12-09 11:58:39
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原创 生信人的linux考试20题解析
http://www.bio-info-trainee.com/2900.html一、在任意文件夹下面创建形如 1/2/3/4/5/6/7/8/9 格式的文件夹系列[sunchengquan 21:42:32 ~/test]$ mkdir -p 1/2/3/4/5/6/7/8/9[sunchengquan 21:42:55 ~/test]$ ls000.csv chrY_SNP_p...
2018-12-01 20:00:10
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原创 python面向对象编程
文章目录面向对象编程概述万物皆对象对象优越性类和对象类的创建普通方式特殊方式类的封装类的继承继承概念：继承语法：实例演示继承的传递性覆盖父类的方法多态对父类方法进行拓展访问限制获取对象信息type()isinstance()dir()反射反射实例演示多重继承类的属性实例演示实例练习类的方法`__init__``__del__``__doc__ ``__str__``__call__``__clas...
2018-12-01 14:45:31
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空空如也
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