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RSS订阅原创 在ubuntu下linux中，如何在shell脚本中使用conda activate？编写了shell代码无法自动加载.bashrc
前两天换了新主机，在主机中启用conda虚拟环境，无法启用，需要初始化conda，但是bashrc有初始化代码。这是为了防止bashrc在非交互界面自动启动的，于是将echo代码写在这里的前面。怀疑是没有启动bashrc，因此在bashrc中最后一行加入。运行shell脚本，没有输出，确定是无运行。检查bashrc文件，发现开头有。确实打印输出了，但是依然不完美。手动加载bashrc呢？
2024-11-15 14:04:22
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原创 gatk GetPileupSummaries报错：Exception in thread “main“ java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space
增加参数：--java-options -Xmx500G 来增加该程序的内存占用，调试后发现100G都不够，加到500G！f问题描述是内存溢出的问题（OOM）该程序也太吃内存了吧。
2024-02-05 16:01:31
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原创 mutect2报错：More than two reads with the same name found
今天跑mutect2出现报错：More than two reads with the same name found. Using two reads randomly to combine as a fragment.找到两个以上具有相同名称的读取。使用两次随机读取组合为片段。这个报错的意思是在bam文件中有相同名称的reads。果然大意了，写了两个DOX4A。最后顺便分享下mutect2。
2024-01-15 19:35:03
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原创 很奇怪，为什么使用git bash自带的open ssh 无法免密登录呢？
很奇怪，为什么使用git bash自带的open ssh 无法免密登录呢？
2024-01-04 13:46:32
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原创 解决VS code 远程连接ssh频繁掉线问题
正在本人眉头紧锁之际，突然发现我的远程服务器中有一vscode-sever隐藏文件夹，想那就把服务器上的vscode删掉重装试试。这种方法可以用于ssh正常但是vscode remote不正常的情况。刚开始登录很顺利，又是用了几个小时又开始频繁掉线，没用。开始排查原因，用cmd中的ssh登录，没有问题，登录顺利。）下载git，又将环境变量修改成默认git的ssh。再次登录发现需要用时比较久。
2024-01-02 08:47:51
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空空如也
空空如也
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