mutect2报错：More than two reads with the same name found

最新推荐文章于 2024-07-19 10:48:28 发布

起个啥名捏

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文章标签：数据分析 ssh

本文链接：https://blog.csdn.net/sunjunaaa/article/details/135609106

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今天跑mutect2出现报错：More than two reads with the same name found. Using two reads randomly to combine as a fragment.找到两个以上具有相同名称的读取。使用两次随机读取组合为片段

这个报错的意思是在bam文件中有相同名称的reads

怀疑代码写错，把两个输入文件写成一样了，查看muect2脚本：

果然大意了，写了两个DOX4A

最后顺便分享下mutect2

gatk Mutect2 -R $genome -I $RNA_bam_list \
    -I $DNA_bam \
    -normal $normal \
    -O $prefix.temp.vcf

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mutect2报错：More than two reads with the same name found

今天跑mutect2出现报错：More than two reads with the same name found. Using two reads randomly to combine as a fragment.找到两个以上具有相同名称的读取。使用两次随机读取组合为片段。这个报错的意思是在bam文件中有相同名称的reads。果然大意了，写了两个DOX4A。最后顺便分享下mutect2。
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